最適メモリで動的更新可能な圧縮接尾辞配列に関する論文をarXivに公開しました。公開日：2024年4月11日（木）。 2024年4月1日付けでチームリーダーに昇進しました。引き続き、どうぞよろしくお願いいたします。 「機械学習による人間の選択行動とシミュレーションの新展開」と題した理研-AIPのミニワークショップを開催しました。このワークショップでは、機械学習が人間の選択行動の理解やシミュレーションにどのように貢献できるかについて、最新の研究成果と洞察を共有しました。ワークショップの内容は、以下のリンクから動画でご覧いただけます。最先端の研究に基づく知見や議論をぜひご覧ください。 ワークショップの動画を見る ワークショップページに行く 今後も理研-AIPでは、機械学習をはじめとする先進的な研究に関するワークショップを開催していきます。引き続きご注目ください。(２０２３年１２月５日（火）)

This is Redmine history in Rakuten, Inc in Japan. Rakuten Redmine is used 1000 employees.Read less

デブサミ2011の後に、Shibuya.tracの第10回勉強会で初LTをしました。テーマは「EnterpriseレベルのRedmine導入結果について」です。外の勉強会は緊張しますが、@yusuke_kokuboさんや@akipiiさん、アジャイルなゆかいな仲間たちにお会いすることができ、とても楽しい勉強会でした。また学びに行かせていただこうと思います。 はじめに 上の資料はそのときのものです（Slideshareはこちら）。5分間のLTだったため、あまり詳細をお話しすることができませんでしたが、勉強会の時に知り合った方と、今度、Redmine導入＆運用の情報交換会を企画しており、そこで共有するネタとして、まずは、Redmine導入時の経験をここにまとめようとおもいます。まずはその前に、私の仕事内容を少しだけ説明させてください。 標準化とか全社共通とかいう仕事 私は入社以来、サービス開発

もう3ヶ月以上前の話になりますが、日立製作所のライフサイエンス事業部が今年3月に解散され、バイオインフォマティクス業界に少なからぬ衝撃が走りました。 同時期には三井情報開発傘下のXanagenも解散しており、この二件のニュースはバイオインフォ業界の伸び悩みを象徴付けるものと業界では受け止められました。 出だしからして暗い話ですが、この上さらにバイオインフォ業界は、近い将来に必ず爆発する時限爆弾を抱えていたりもします。 バイオインフォマティクス系の学生さんには、将来に関わってくる問題なので、是非続きを読んでください。 バイオインフォ業界が抱える問題とは、タイトルにもあるようにずばり人余りです。 これはバイオ業界が抱える問題でもあるのですが… とりあえずまず問題の背景から説明します。 ◆問題の背景 2002年、国はバイオテクノロジー戦略大綱を策定して、これから先10年で発展する重点分野としてバ

(07/18)私はいかにしてニセ科学批判者と呼ばれるに至ったか (07/17)産総研がバイオインフォマティクスのワークショップを開催するようです (07/12)IBMがゲノムビジネスに本格参入するらしい (07/11)ホメオパシー助産師のビタミンK2の問題が裁判になった (07/04)日本トンデモ本大賞2010オープニングムービー (07/03)トゥーリオ・シモンチーニのがん治療についてのまとめ (03/29)『「トンデモ」批判の政治性と政治の未来』にコメントしてみる (03/24)ニセ科学商品バイオラバーについてのまとめ (03/23)正しい目薬のさし方 (03/21)科学なポッドキャストをまとめて紹介してみる はじめにお読みください(1) サイエンスニュース(122) 宇宙開発・天文ニュース(78) サイエンストピックス(57) バイオニュース(155) バイオインフォマティクス(17

(07/18)私はいかにしてニセ科学批判者と呼ばれるに至ったか (07/17)産総研がバイオインフォマティクスのワークショップを開催するようです (07/12)IBMがゲノムビジネスに本格参入するらしい (07/11)ホメオパシー助産師のビタミンK2の問題が裁判になった (07/04)日本トンデモ本大賞2010オープニングムービー (07/03)トゥーリオ・シモンチーニのがん治療についてのまとめ (03/29)『「トンデモ」批判の政治性と政治の未来』にコメントしてみる (03/24)ニセ科学商品バイオラバーについてのまとめ (03/23)正しい目薬のさし方 (03/21)科学なポッドキャストをまとめて紹介してみる はじめにお読みください(1) サイエンスニュース(122) 宇宙開発・天文ニュース(78) サイエンストピックス(57) バイオニュース(155) バイオインフォマティクス(17

まだ初動対応は終わっていない、という気持ちもあるけど、11日に震災が起きて一応は約三週間経過したというのもあって、個人的に考えていることの総括の項目出しでもしようと思います。ありがたいことに月刊誌からも寄稿のご依頼を頂戴していたのですが、この手の話題を披露して原稿料を貰うようなのは流儀じゃないのと、いますぐ書いてアップしてしまうことで一刻も早く自分の気持ちに整理をつけたいというのがありまして、ブログで書くことにしました。 最初に書いてしまいますが、理性では「大丈夫だろう」と思っていても、いまだにとても不安です。それも、誰かと分かち合えるような不安ではなく、また、自分の生命に対する不安ではなくてですね。 もし同じような災害に遭って、愛する家内や私の息子たちが冷たい波の下に沈んでしまったら私の人生のその後何を糧に暮らしていくのかとかいう、意味はないけど拭い去れない「たられば」の不安と、私たちが

mashable.com 2011.3.10のエントリ node使った商用サービスMockingbird（6万ユーザ）の存在を知れてよかった Why Everyone Is Talking About Node 以下斜め読んだ内容 低レイテンシのリアルタイムアプリ 敷居が低い ウェルカムなギスギスしてないコミュニティ rubyコミュを比較 ギーク色の薄いデザイナーに「も」魅力 Tom Hughes-Croucherにきいたりnode使ってるスタートアップ3社にきいたり ある特定のwebアプリ開発にはnodeとても向いてる event-drivenなプログラミングを一気に広めたnode event-drivenプログラミングの効用 リソースを低くできる 必要なサーバも減らせる nodeが向いてるアプリ 低レイテンシ event driven 大量の同時接続数 facebookのチャットサーバ

Accelrys といえば、バイオの研究者よりもケミカルの研究者に良く知られているかもしれませんね。 Pipeline Pilot というソフトウェアが有名です。　画面（デフォルト）はこんな感じです。 このソフトは、パイプラインと呼んでいる通り、解析の流れを先ず作ります。　GUIで作ります。 「解析の流れ」は様々なパーツ(コンポーネント)を組み合わせて作るのですが、一度作ってしまえば何度も解析のバッチ処理ができ、同じ作業を何十回もやらなければいけない時などに便利です。 で、このパイプラインにはオプションで、シーケンス解析のパーツがあるのです！！ このAccelrys社と、1分子シーケンサーのOxford Nanopore社が、パートナーシップを結んだそうです。 http://ir.accelrys.com/releasedetail.cfm?ReleaseID=557883 Oxford

* 2010/11/17 17:00追記 foursquareで誰もチェックインしない会社のMayerになってニヤニヤしている小山です。 最近、個人的にですが、`CacooViewer’というiPhoneアプリをリリースしました。 CacooViewer CacooViewerは、弊社と同じ福岡に本社を置くヌーラボさんの`Cacoo‘というリアルタイムなコラボレーションが可能なWebドローイングーサービスのモバイルビューワです。 CacooViewerは非常に簡単なアプリですが、Flashで作成されているCacooの「iPhoneやiPadで作成した画像を見れない」という弱点を若干ながら補完するアプリになっています。 で、 実はこのアプリ、Titanim Mobileを利用して作られています。 Titanium Mobileって何？ Titanium Mobileとは、大雑把に言うと「Ja

In 2022, Axway made all private source code of the Titanium SDK public in the open source Titanium SDK GitHub repository. For more information, please read the full announcement and what you need to know about  transitioning your apps. Amplify Enterprise Marketplace Today, Axway focuses on helping API development teams govern, secure, productize, and monetize APIs in a central marketplace—one you

2011/10/31 参考書籍を追記 また習得するころには新しいバージョンになってるんだろうな・・・ これだけ読めば本は要らない Ruby on Rails Guides (edge) 基本的な使い方から、コメント、タグつきのブログアプリケーションを作るまでのチュートリアル Ruby on Rails Tutorial　Learn Rails by Example　Michael Hartl Twitter風のアプリケーションをRailsのダウンロードからGithubへの登録、そしてHerokuでのデプロイを（しかも）TDDでチュートリアルしてくれるサイト。 Rails 3 in a Nutshell Rails3のリファレンス、書籍としても売っている Rails casts rails-3.0 episodes スクリーンキャストの配信サイト。テキストでも読める リファレンス系 Rail

Ruby on Rails 2.0になって何が変わったのか俯瞰してみるには、とりあえずscaffoldを作ってコードを見てみるのがよかろう、と思ったので作ってみた。 ありがちで恐縮だが、Personモデルのscaffoldを作る。要素は名前（name）と年齢（age）の二つだけ。シンプル。 まず、アプリケーションの初期化を行う。DBはお手軽に扱いたいのでsqlite3を使うことにした。これだとconfig/database.ymlの編集も不要なので楽。 $ rails trial -d sqlite3 （略） $ cd trial で、Rails 1.2であれば、まずはmigrationファイルを作ってDBにmigrateし、その後でおもむろにscaffold生成を行うところである。しかし、Rails 2.0ではここでいきなりscaffoldの生成を始める。 $ ruby script/g

今年もGoogle Summer of Codeの時期がやってきた。もう受付が始まっているが、応募したいと思っている人にアプリケーションを書く上で一般的な注意点を。 ゴールを明確に 最初にどんな機能を実装したいのか、明確／簡潔に書く。難しい英語の表現など使わなくていいので、ワンパラグラフくらいで、最初に明確なゴールを定義する。 具体的に どんな機能をどのように作るか。ここで具体性を欠くと、応募しているそのプロジェクトに対する理解度を疑われる。ソースコードをチェックアウトしてビルドし、全体像を眺めるくらいはやっておいて欲しい所。 ダメな例：　Add a cool visualization engine to this JavaScript library. いい例：　To solve rendering performance issue in current engine, add We

code school という学習サイトがあります。現在は、Ruby on Railsに特化したコンテンツがありますが、確認する限りでは、jQueryやHTML5 & CSS3のコンテンツが近いうちに公開される予定です。 なにが、いまどきなのか？ Ruby on Rails（rails3に対応してる）が無料で学習できる Rails for Zombies をやってもらえば、すぐにわかるのですが、rails環境を一切つくることなく、Webブラウザだけで完結しているコンテンツなんです。 つまり、ブラウザにコードを打ち込んでいくと、動作する結果を返してくれるのです。環境作りに苦労することなく、学習に専念できるのです。 初心者向けのコンテンツだからこそ、こういった配慮は大事だなぁと考える。 Rails for Zombies は5章構成になっていて、1章ずつ動画で丁寧に説明されている。英語が聞き取

Ebook Store の商品が期間限定ですべて半額という被災者支援キャンペーンが26日0時をもって終了した。ワタシ自身はキャンペーン期間を勘違いしていたためこのビッグウェーブに乗り損ねるというマヌケぶりだが、ともかく大変話題となり被災者支援キャンペーンとして成功したのは間違いない。 しかし、こういうときも容赦しないのがただただし氏で、オライリー・ジャパンが販売する ebook の問題を指摘している。 今回のこのキャンペーンで初めてオライリーのebookを買った人も多いと思うけれど、たぶんコピペも印刷もできないという制約を知らなかった人も多いだろう。ちなみに本家オライリーではPDFだけでなくEPUBなど複数のフォーマットで、しかもDRMフリーでの提供なので、こういうひどい制約をかけているのはオライリー・ジャパンだけの悪習だ。せっかくなので今回購入した人は、こういう客を信用しない出版社にはち

エープリルフールネタではないので，少しフライングで公開します． 3月31日で丸5年間お世話になったお茶の水女子大学を退職し，4月1日より東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻の准教授として赴任する事になりました．ただし，通常の異動ではなく，お茶の水女子大学と東京工業大学との間で結ばれた教員の人材交流協定に則っての「転籍出向*1」となります．期間は3年間．2011年4月から2014年3月までです．新しい環境で，気持ちも新たに研究及び教育をしていきたいと思いますので，今まで同様，そして，今まで以上にお付き合いくださいますようよろしくお願い致します． 修士，博士の学生の受け入れ(東工大の学生として)も行いますので，瀬々研で研究したい学生さんはコンタクトをください．場所は大岡山キャンパスです． 各所先生方には，住所や電話番号など決まってから連絡しようと思っておりますので，先にブログ上で