ChEMBLのアッセイのコンフィデンスレベル
IC50とKiのトレンドをChEMBLのデータセットから探るという論文を読んでいたら、データ抽出のフィルターにconfidence level == 9を入れていたので、これは何かなぁと。 >>> from pychembldb import * >>> for c in chembldb.query(ConfidenceScore).all(): ... print c.description ... Default value - Target unknown or has yet to be assigned Target assigned is non-molecular Target assigned is subcellular fraction Target assigned is molecular non-protein target Multiple homologou
iPSからどうやって臓器は作られるのか - 15日に台場の未来館で研究者が講演
日本科学未来館は、世界で初めてヒトiPS細胞から血管構造を持つ機能的なヒト臓器を創り出すことに成功した論文が7月4日付でNatureに掲載されたことを受け、7月15日に同論文の執筆者である横浜市立大学大学院医学研究科 臓器再生医学の谷口英樹 教授を迎え、「世界で初めての立体臓器作製」に関する説明を行うサイエンティスト・トーク「iPS細胞からヒト臓器を作る」を開催する。 これまでのiPS細胞を用いた研究は血液を作る細胞など1次元での開発、網膜や皮膚などシート状になる2次元での開発と進んできたが、臓器などの立体的な構造を持つ3次元での開発は、細胞の培養だけではなく血管など臓器を支えるあらゆる器官が必要でもっとも困難とされてきていた。 今回の成果で得られた肝臓は、ヒトの血管を持ち、薬物を分解する機能を持っており、トークショーではそれがどのような工夫によって成し遂げられたのか、再生医療はどこまで可
【書籍】パラグラフ・ライティングを基礎から訓練！『論理が伝わる 世界標準の「書く技術」』 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 【書籍】パラグラフ・ライティングを基礎から訓練！『論理が伝わる 世界標準の「書く技術」』 2013/7/9 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web パラグラフライティング, レポート, 書き方, 論文 投稿者: cosine [amazonjs asin=”4062577933″ locale=”JP” title=”論理が伝わる 世界標準の「書く技術」 (ブルーバックス)”] “文章力は経験では上達しないのです” 最近刊行された『論理が伝わる 世界標準の「書く技術」』(倉島保美 著)は、「論理的文章を書くための黄金律」であるパラグラフ・ライティングの基礎から実戦までを、徹底的に分かりやすく解説した書籍です。 今回は本書のエッセンスをもとに、パラグラフ・ライティングについて紹介してみたいと思います。 パラグラフ・ライティングとは何か？ パラグラフ(paragraph)に
ChEMBLのデータからMMP用のsdfセットを作成する
pychembldb使えば楽勝だというということの証明をしようと思ったが、意外に面倒くさかった。 ヒトのアッセイ系 信頼レベルマックス(Direct single protein target assigned) アッセイのタイプはBinding という条件でデータを引っ張ってくる。その後構造数<2のファイル（MMPにならない）を削除して、メタデータ(アッセイID, Uniprotのアクセッション番号、一般名称、データ元のジャーナル)を吐き出したあと、活性データをTSVに出力するようにしている。 最初はsdfのほうに活性情報も付けておけば楽勝じゃないかと思ったが、スキーマ見てたら測定タイプが正規化されてないうえに、AssayじゃなくてActivityのほうについてることに嫌な予感がしたので調べた。 やはり、pIC50とIC50が混在してたり、InhibitionとIC50が混在していた。
ダウンロードしっぱなし、重複ファイル...散らかったハードドライブを整理して空きスペースを取り戻す方法 | ライフハッカー・ジャパン
TOP家電ダウンロードしっぱなし、重複ファイル...散らかったハードドライブを整理して空きスペースを取り戻す方法 あなたのハードドライブ内は散らかっていませんか？ ダウンロードしたままのファイル、重複したファイル、古くてもう使わないファイル、何だかわからないファイルなどが、そこら中に散乱していませんか？ 今回はハードドライブを整理して空きスペースを取り戻す方法を紹介します。 なおこの記事で触れられているものは、OSがインストールされていないセカンダリードライブの整理方法です。OSのあるシステムドライブの場合は、今回のキャッシュの消去や一時フォルダの削除も行なってください。 容量の大きなファイルを見つける 急いでディスクスペースを空けたい場合は、容量の大きなファイルを見つましょう。ドライブスキャンツール『WinDirStat』を使えば、埋もれていた巨大ファイルをひと目で発見できます。ファイル
全プラットフォーム対応の重複ファイル検出アプリ『Duplicate Files Searcher』 | ライフハッカー・ジャパン
Windows／Mac／Linux（Java環境必須）：『Duplicate Files Searcher』は同じハードディスク上、複数のシステム、CDやDVD、その他のストレージシステムに保存しているファイルから、重複しているものを見つけ出してくれるパワフルなプログラムです。 インストールも不要なJavaベースのアプリです。検索を行いたい共有ネットワークや、その他の「取り出し可能なディスク」などのディレクトリを追加するだけで簡単に使えます。 デフォルトではそれぞれのファイルのハッシュ・インデックスを比較し、検出されたファイルをバイト単位で比較していきます。名前や日付が全く同じものを検索したり、将来的に重複を探すためにファイルのデータベースをあらかじめ作成しておいたりすることも可能です。 アプリの見映えや使用感をWindows、Mac、Linuxの環境に合わせて切り替えることも可能です。D
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