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ChEMBLのデータからMMP用のsdfセットを作成する
pychembldb使えば楽勝だというということの証明をしようと思ったが、意外に面倒くさかった。 ヒトのアッ... pychembldb使えば楽勝だというということの証明をしようと思ったが、意外に面倒くさかった。 ヒトのアッセイ系 信頼レベルマックス(Direct single protein target assigned) アッセイのタイプはBinding という条件でデータを引っ張ってくる。その後構造数<2のファイル（MMPにならない）を削除して、メタデータ(アッセイID, Uniprotのアクセッション番号、一般名称、データ元のジャーナル)を吐き出したあと、活性データをTSVに出力するようにしている。 最初はsdfのほうに活性情報も付けておけば楽勝じゃないかと思ったが、スキーマ見てたら測定タイプが正規化されてないうえに、AssayじゃなくてActivityのほうについてることに嫌な予感がしたので調べた。 やはり、pIC50とIC50が混在してたり、InhibitionとIC50が混在していた。
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