R言語でWaveファイル、録音、再生 - mikeo_410
C# で書いていたWavIO2.DLLを元に、R言語のエクステンションを作って見ました。 機能は、WAV形式ファイルの読み書きと録音再生です。 16ビットサンプルのモノとステレオを扱います。 制限は、 全てメモリ上の処理で、ファイルを分割して読み書きできません。 録音も直接ファイルへ格納することはできません。 ベクターにアップロードしました。 「R言語のスクリプトから録音再生、WAV入出力」 作成したエクステンションの詳細は、「WavIO DLL R言語 エクステンション」に書きました。 > r <- wav16record() > plot(r,type="l") > title(main="「あ」と言ってみた（全体ー2秒）") > wav16record function(ch=1, hz=11025, sec=2){ if(hz<8192)
Rによる最適化、パラメータ推定入門 - yasuhisa's blog
パラメータの推定、でもその前に optimize関数について 補足 パラメータの推定 ベルヌーイ分布 定式化(尤度関数) 尤度関数の実装 尤度関数の最適化(パラメータ推定) 正規分布におけるパラメータ推定 まとめ パラメータの推定、でもその前に統計におけるパラメータの推定というのは大体最適化問題に帰着します。「なんとか関数を(最大|最小)にするようなパラーメータほにゃららを求めたい」とまあこんな感じで。というわけで、パラメータ推定は置いておいて、Rで最大化問題、最小化問題をどう解くかというところを最初にやってみようと思います。最適化問題は離散最適と連続のほうの最適に分けられますが、ここでは連続についての最適化問題について考えることにします。 optimize関数について Rにおける最適化をするための関数はoptim関数、optimize関数があります(他にもnlsなどありますが、とりあえず
やまうちのネットワークのお勉強 - PukiWiki
←やまうちのページへもどる やまうちのネットワークのお勉強 † やまうちがネットワークのお勉強をすすめるためのメモやブックマークです。 勉強中なので、まちがったところもあるかもしれません。 R + igraph Cytoscape JSViz Graphviz ↑ Cytoscape + R + igraph † Rは統計計算のための言語・環境です。igraphはネットワークを取り扱うためのライブラリです。 Cytoscapeは、ネットワークを可視化・解析するためのプラットフォームです。 ↑ R + igraph † データの読み込み scan(file="filename")：データを読み込む テーブルの書き出し write.table(L, file="filename")：テーブルデータを書き出す データのあつかい方 データをいじる as.numeric() ：数値に変換す
やっちろ.Rの発表資料 - yasuhisa's blog
会場なう。ということで、資料を置いておきます。 やっちろ.R in 熊本 id:syou6162 今日のAgenda 自己紹介 Tsukuba.Rについて 事前調査 Rのぐぐり方、効率がよい(と思われる)勉強の仕方 Rのデータ構造とそれに関する関数 ベクトル、行列、データフレーム、リスト 因子型、層別分析 apply family はじめまして!! id:syou6162 吉田康久 please call me syou!! 筑波大学院の修士一年生 Tsukuba.Rを運営している中の人 普段使っている言語 R Ruby C++ Tsukuba.Rについて できた理由 RubyKaigi 当日スタッフで参加 Rubyのコミュニティ楽しそう!! Rにもこういうコミュニティがあったらいいなあ RubyKaigi打ち上げ Ruby札幌++ じゃあ、自分で作るか Tsukuba.Rでけた!! 事前
統計・データ解析
『Rで楽しむ統計』が出ました。サポートページ 『Rで楽しむベイズ統計入門』が出ました。サポートページ，第7章のRコードをStanで書き直したRで楽しむStan 全国学力・学習状況調査の個票の疑似データがこちらで公開されています。データ分析の練習に使えそうです。SSDSE（教育用標準データセット）も。 R 4.x では stringsAsFactors=FALSE がデフォルトになりましたが，本サイトの古い記事ではそうなっていないところがあるかもしれません（read.csv() などで as.is=TRUE は不要になります（あってもかまいませんが））。 R 4.2 ではWindowsでもMac同様UTF-8がデフォルトになりました。もう fileEncoding オプションに "UTF-8"，"UTF-8-BOM" を指定する必要はなくなりそうです。一方で、SJIS（CP932）データの場
Statistics: An introduction using R
Cell division decisions and cancer recommendations: News from Imperial
R -- 共分散分析
共分散分析 Last modified: Jun 29, 2004 目的 共分散分析を行う 使用法 covar.test(dat, cp1, cp2, cp3) 引数 dat データ行列（行がケース，列が変数） cp1 独立変数の列番号 cp2 従属変数の列番号 cp3 群変数の列番号 ソース インストールは，以下の 1 行をコピーし，R コンソールにペーストする source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/covar_test.R", encoding="euc-jp") # 共分散分析 covar.test <- function( dat, # データ行列 cp1, # 独立変数の列番号 cp2, # 従属変数の列番号 cp3) # 群変数の列番号 { dat <- subset(dat, complete.cases(dat[,c
R/Bioconductor で BAC アレイ解析をしてみた - 気の向くままに
疾患と染色体構造異常の研究においてもデータの相互比較は重要だと考えています。 しかし実際どうすれば出来るのかという情報がなさそうだったので、自前で公開してみます。 つーことでこんなのあるよ、という情報は全力でお待ちしております。 # まだ少しづつ手を加えると思います。 http://d.hatena.ne.jp/ma_ko/20090204/p1 の実践編です。 目的 自分の研究に用いている染色体の構造異常解析という手法があります。 今回は自分のデータと過去に論文として報告されているデータとの比較解析が出来る環境を整備することが目的です。 背景 自分の実験データの中で、過去に論文としてしっかりと報告されていない染色体領域に注目することが最近ありました。 これは後述する染色体構造異常データベース DECIPHER と自分のデータを比較することで明らかにできたものです*1。 しかし DECIP
Rによるポストスクリプト画像のLaTeXでの利用 - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですR のグラフィックスを適当な画像形式で保存する基本は postscript() デバイス関数等の画像ファイル出力専用の関数を使うことである。 R でポストスクリプト画像を作る方法 R のポストスクリプトデバイス postscript() 関数で作った EPS 画像は、気をつけないと真正の EPS ファイルにならず、xdvi で表示したり、pdf ファイルに取り込む際トラブルを引き起こす可能性があるので注意が要る。以下の注意を参照。 data(Titanic) # ポストスクリプトデバイスを開く。出力 EPS ファイル名を指定 # horizontal=FALSE を指定しないと、LATEX に取り込んだ時横にひっくり返る # オプション onefile = FALSE, paper = sp
CRAN: R News
The R Journal R News has been superseded by the new R Journal . These pages are being retained for historical and archival purposes. R News (ISSN 1609-3631) was the newsletter of the R project for statistical computing from 2001--2008. It featured short to medium length articles covering topics that might be of interest to users or developers of R, including Changes in R: new features of the lates
農学生命情報科学実習I（マイクロアレイ）
農学生命情報科学実習I －マイクロアレイ解析－ はじめに DNAマイクロアレイ（DNAチップ）とは 公共遺伝子発現データベース 実習で用いるマイクロアレイデータ 実習で行うマイクロアレイ解析手法 Rを用いたマイクロアレイデータ解析 参考文献およびマイクロアレイデータベース 0. 予めチェック！ Rを立ち上げて、以下をコピー＆ペーストしてみてください。エラーメッセージが出る方は、スタッフに声を掛けてください： ------ ここから ------ library(pvclust) #おまじない library(som) #おまじない library(genefilter) #おまじない ------ ここまで ------ 1. はじめに 統計解析フリーソフトR 実習用ノートPCには「R version 2.4.1」および「実習で用いる解析用パッケージ群」が予めインストールされています。自分
Momma's Wiki: R/rimage - Rで画像を扱うためのパッケージ Rで画像解析でもこれの使用が前提となってい...
概要 imagematrixオブジェクトが基準となり、画素値を埋め込んだ配列と"rgb"か"grey"を定めるtypeによって構成される。 配列は"rgb"だと行x列x3(r,g,b)、"grey"だと行x列になる。 imagematrix Generate an imagematrix, i.e. primary data structure of rimage 2次元配列(行列)があればimagematrixへの変換は容易で img<-imagematrix(行列,type="grey") でimgが画像となる。 plot(img) とすれば画像になった行列がプロットされる。 但し、濃度値は0から1の範囲を色に割り振るのでオーバーしている場合はnormalize(最大を1、最小を0に変換)やclipping(上下の閾値を指定してクリップ)を使う。 clippingのexampleが分か
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[連載]フリーソフトによるデータ解析・マイニング 第 12 回 R と分散分析 1．分散分析 実験、観測、調査などでは同じの条件であっても、計測の誤差やノイズなどが混入され、得 られてい��
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