タグ

ゲノムと研究に関するakirahsのブックマーク (21)

  • ギボシムシのゲノムから考察する新口動物の起源 : ライフサイエンス 新着論文レビュー

    川島武士1・Oleg Simakov 1・佐藤矩行1・田川訓史2 (1沖縄科学技術大学院大学 マリンゲノミックスユニット,2広島大学大学院理学研究科 附属臨海実験所) email:川島武士 DOI: 10.7875/first.author.2015.117 Hemichordate genomes and deuterostome origins. Oleg Simakov, Takeshi Kawashima, Ferdinand Marlétaz, Jerry Jenkins, Ryo Koyanagi, Therese Mitros, Kanako Hisata, Jessen Bredeson, Eiichi Shoguchi, Fuki Gyoja, Jia-Xing Yue, Yi-Chih Chen, Robert M. Freeman Jr., Akane Sasaki,

    akirahs
    akirahs 2015/11/19
    ギボシムシゲノムも使って無腸動物と珍渦虫の系統も調べたが、“まだ決定することができない”という結論とのこと。しかし調べるための材料(新口動物特異的な遺伝子群など)はだいぶ揃ってきたか。
  • 記事

    年度の「Faculty Excellence in Mentoring Award最優秀メンタリング賞」を受賞したパオラ・ラウリーノ准教授は、すべての生命に不可欠な「酵素」と呼ばれるタンパク質群の構造、機能、進化の研究を行っています。

    akirahs
    akirahs 2015/11/19
    ギボシムシゲノムがついに明らかに。新口動物の祖先は、鰓裂、繊毛、粘液によるろ過摂食を行う動物だったことを示唆。
  • 総合研究大学院大学 | 【プレスリリース】日本列島3人類集団の遺伝的近縁性

    国立大学法人 総合研究大学院大学電話 046-858-1590 FAX 046-858-1542 プレスリリース概要『日列島3人類集団の遺伝的近縁性』 ○記者会見出席者: 斎藤成也(さいとう・なるや) (総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻 教授 兼任/ 国立遺伝学研究所 集団遺伝研究部門 教授)Timothy Jinam(ティモシー・ジナム) (国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門 博士研究員/ 総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻 2011年9月博士課程修了)徳永 勝士(東京大学大学院医学系研究科人類遺伝学専攻分野 教授)尾 惠市(東京大学大学院理学系研究科・理学部 名誉教授) 【研究概要】 国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門(総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻教授兼任 )の斎藤成也教授、東京大学大学院医学系研究科人類遺伝学専攻分野の徳永勝士教授、東京大学大学院理学

    akirahs
    akirahs 2012/11/02
    アイヌ人、琉球人、本土人のゲノム解析による日本列島人のルーツの推定。アイヌ人の遺伝的多様性(北方人との交流によるらしい)が面白い。縄文人のルーツは、ゲノム解析でもまだはっきりと分からないのかな?
  • 「アンチセンスRNA」はタンパク質合成の阻害だけでなく促進もする - 理研

    理化学研究所(理研)は10月25日、これまで生体内におけるタンパク質合成を阻害すると考えられていた「アンチセンスRNA」の中に、タンパク質合成を促進する機能も持つものがあることを発見したと発表した。 成果は、理研 オミックス基盤研究領域 LSA要素技術開発グループ ゲノム機能研究チームのピエロ・カルニンチ チームリーダーらと、イタリアのInternational School of Advanced Studies(SISSA)との国際共同研究グループによるもの。研究の詳細な内容は、日時間10月15日付けで英科学雑誌「Nature」オンライン版に掲載された。 ほ乳類のゲノムのほとんどの領域はRNAに転写されて、タンパク質をコードするメッセンジャーRNA(mRNA)や、タンパク質をコードしないノンコーディングRNA(ncRNA)、「短鎖酸在反復配列(SINE)」のようにジャンクと呼ばれる同

    「アンチセンスRNA」はタンパク質合成の阻害だけでなく促進もする - 理研
    akirahs
    akirahs 2012/10/31
    mRNA(センス)の5'側に相補的なアンチセンスRNAがくっついて、そのアンチセンス中(非相補領域)にあるSINEB2配列が翻訳を促進する。反復配列であるSINEが機能しているというのが面白い!
  • 環境省による福島「全ゲノム解析」プロジェクトに賛同します - Fetal skeletal dysplasia forum

    akirahs
    akirahs 2012/09/28
    批判が多い中、数少ない賛成意見を見つけた:
  • 子どもの遺伝子の新たな変異、父親の年齢高いほど発生

    【8月23日 AFP】子どもの遺伝子変異で親から受け継いだものではない、まったく新たな変異が起きる最大の要因は、受胎時の父親の年齢にあるとする研究論文をアイスランドのゲノムデータ企業「デコード(deCODE)」などのチームが22日、英科学誌ネイチャー(Nature)に発表した。 アイスランド、デンマーク、英国の共同チームは、親の遺伝子にはないゲノム配列の変化を見つけるために、両親と子どもの親子3人計78組と対照群数百組のゲノム解析を行った。その結果、遺伝子に起こる新生突然変異の発生率の増加は、要因の97.1%が受胎時の父親の年齢にある可能性が示された。一方、新生突然変異の発生率の増加と、受胎時の母親の年齢には関連は見いだされなかった。 論文の分析部分を執筆した米ミシガン大(University of Michigan)のアレクセイ・コンドラショフ(Alexey Kondrashov)氏によ

    子どもの遺伝子の新たな変異、父親の年齢高いほど発生
    akirahs
    akirahs 2012/09/26
    deCODEらがde novo変異について調べた研究についての解説記事。
  • 3・11後のサイエンス:福島ゲノム解析の疑問=青野由利- 毎日jp(毎日新聞)

    男性の「高齢出産」にもリスクがある。先月、アイスランドのバイオ企業「デコード・ジェネティクス社」が発表した研究結果はインパクトがあった。 生殖細胞の遺伝子に生じる突然変異によって、子どもは新しい変異を持って生まれてくる。父親の年齢が上がるとその変異が増え、子どもが障害を持つリスクが高まることがわかったというのだ。 この結果は父親になるかどうかの決断を左右するほどのものではない。一方で見逃せない事実もある。次世代に伝わる遺伝子変異を集団で調べようと思えば、父親の年齢も考慮しなくてはならないということである。 低線量被ばくの影響を調べるため福島県で遺伝子解析を行う。そんな計画を細野豪志・環境相が明らかにしたのは先月末のことだ。環境省の概算要求によると、対象は5年間で両親と新生児500組(1500人)。血液やさい帯血を採取して全遺伝情報(ゲノム)を解析し、精子や卵子の被ばくによる新しい変異が子ど

    akirahs
    akirahs 2012/09/26
    両親と「新生児」500組を調べるということなので、やはり生殖系列のde novo変異を調べるらしい。deCODEの解析は親子78組+対照群。仮に父親の加齢による変異増と同レベルの上昇が起きていれば検出可能ということか?
  • ヒトゲノムの80%に役割 NHKニュース

    アメリカなどの国際プロジェクトは、6日、ヒトのゲノムと呼ばれる遺伝情報のうち、少なくとも80%に何らかの役割があることを解明したと発表しました。 エンコード計画と名付けられたこの国際プロジェクトは、ヒトの染色体にあるゲノムと呼ばれる遺伝情報のうち、どの部分がどのような働きをしているか明らかにしようというもので、日からは理化学研究所が参加しています。 プロジェクトは、147種類の細胞を使ってゲノムを解析した結果、たんぱく質を作り出す遺伝子のスイッチを必要なときに必要な場所で入れるなど、少なくとも全体の80.4%に何らかの役割があることを解明したとしています。 ヒトの遺伝情報は、9年前にすべて解読されましたが、遺伝子として働くのは2%程度で、残りの部分がどのような役割を果たしているのか分かっていませんでした。 生命の維持に必要なたんぱく質が正しく作られないと、がんや認知症といったさまざ

    akirahs
    akirahs 2012/09/06
    「役割がある=配列に意味(情報)がある」なのかが疑問。たとえば、ある長さのDNA(配列は何でも良い)がある場所にあることが必要、みたいな場合も広い意味では「役割」になるよね。
  • 原発事故:ゲノム調査で環境省が予算要求 専門家は疑問視- 毎日jp(毎日新聞)

    環境省が福島県内でゲノム(全遺伝情報)調査を計画していることに、専門家から「被ばくの健康影響は分からず、意味がないのでは」と疑問視する声が出ている問題で、同省は6日、13年度予算の概算要求に11億9200万円を計上することを明らかにした。細野豪志環境相は記者会見で「さまざまな低線量被ばくのリスクに備える意味で有効な手段」と述べた。 来年度から5年間に、県内500組の父母子計1500人に協力を依頼。血液やさい帯血を採取し、専用の装置でゲノムを解読する。さらに、スーパーコンピューターでゲノムデータを解析する。了解が得られれば、祖父母からもゲノムデータを収集する。環境省は「原発事故の放射線の影響で遺伝子が変異しているかを調べる」としている。 計画を巡っては、中村祐輔シカゴ大教授ら複数の専門家から、「遺伝子に変異があっても放射線の影響かどうかは分からない」「通常の変異が原発事故と結びつけられ、差別

  • Wmの憂鬱、放射線影響の不安を抱える被災者にゲノム解析がもたらす複音は【個の医療メール Vol.447】

    トップWmの憂PremiumWmの憂、放射線影響の不安を抱える被災者にゲノム解析がもたらす複音は【個の医療メール Vol.447】 現在、すっかり修復された仙台空港から博多に向かう飛行機の上におります。夏の終わり。日列島上にぼこぼこと背伸びする入道雲をかいくぐる飛行はなかなかスリリングです。さすがの残暑も朝晩は急速に熱を失いつつあります。心なしか、東北の蝉の音も悲しさの色を増していました。日は秋色に染まり始めたのです。津波の被害地に背を向ける格好で離陸したのですが、眼下には撓わに稔る黄金色の絨毯が敷き詰められています。東北大学病院の1号館の修復もやっとですが、始まりました。壁には不気味な灰色のコーキングがひび割れに沿って塗られています。ひょっとしてこの上に板でも渡して修理完了にするのか?心配になりましたが。ともあれ、復興の歩みも決して早くはないが、動き出したようです。中央政界の混乱

    Wmの憂鬱、放射線影響の不安を抱える被災者にゲノム解析がもたらす複音は【個の医療メール Vol.447】
  • 国際プロジェクト「ENCODE」がヒトゲノム機能の80%を解明 | 理化学研究所

    国際プロジェクト「ENCODE」がヒトゲノム機能の80%を解明 ―日から唯一参加の理研OSCは、CAGE法で機能解析に大きく貢献― ポイント 32研究機関442名が参画、最大級の国際プロジェクトからの大規模ゲノム研究成果 理研OSCは独自技術のCAGE法による遺伝子の転写開始点解析で貢献 タンパク質をコードしていないDNA領域でも生命維持に重要な機能保持 要旨 理化学研究所(野依良治理事長)が参加する国際プロジェクト「ENCODE(エンコード)※1」は、5年間をかけて、DNAエレメントデータ※2と呼ばれる遺伝子由来の膨大なデータを収集して解析し、ヒトゲノムの80%の領域に機能があることを明らかにしました。その中で理研オミックス基盤研究領域(OSC:林崎良英領域長)は、独自の遺伝子解析技術CAGE法※3を用いて、DNAからRNAが合成されるときに重要な役割をもつ領域である「遺伝子転写開始点

    akirahs
    akirahs 2012/09/06
    ENCODEプロジェクトで理研はCAGE法による遺伝子転写開始点の解析を担当、とのこと。個人的には「CAGEデータのうち18%は繰り返し配列と重な」ったという話が面白そう。
  • Targeted RNA Sequencing for Gene Expression Analysis Using NGS | Thermo Fisher Scientific - US

    Fast and simple gene expression method with Ion AmpliSeq RNA panels Comprised of targets selected from over 20,000 well annotated RefSeq genes, Ion AmpliSeq RNA panels help to empower high-throughput gene expression analysis with high sensitivity and specificity. Ion AmpliSeq RNA panels are straightforward to implement as they take advantage of the simple and fast sequencing workflow of the Ion S5

  • http://blog.dbcls.jp/portal/20110222.html

    akirahs
    akirahs 2011/02/25
    DDBJは登録受付継続。NCBIも受付は中止するけどデータの交換は続ける、とのこと。
  • 時事ドットコム:ミジンコのゲノム解読=甲殻類初、環境評価に応用期待-東京薬科大など国際チーム

    ミジンコのゲノム解読=甲殻類初、環境評価に応用期待−東京薬科大など国際チーム ミジンコのゲノム解読=甲殻類初、環境評価に応用期待−東京薬科大など国際チーム 淡水の湖沼などに生息するミジンコの全遺伝情報(ゲノム)を解読したと、米インディアナ大や東京薬科大などの国際研究チームが4日付の米科学誌サイエンスに発表した。甲殻類のゲノムが解読されたのは初めて。DNAのサイズは約2億塩基対と小さいのに、たんぱく質を作る遺伝子は少なくとも約3万900個と、これまでゲノムが解読された動物の中で最も多かった。  ミジンコは湖沼の物連鎖の底辺近くに位置し、水中の昆虫や魚類にとって大事な餌となる。このため、長らく湖沼の環境を評価する指標とされてきた。東京薬科大の山形秀夫名誉教授によると、農薬などの化学物質がミジンコの遺伝子の働きに及ぼす影響を調べることで、環境への毒性をより正確に評価できる。同じ甲殻類のエビやカ

    akirahs
    akirahs 2011/02/04
    "DNAのサイズは約2億塩基対と小さいのに、たんぱく質を作る遺伝子は少なくとも約3万900個と、これまでゲノムが解読された動物の中で最も多かった"
  • News Story not available

  • 文部科学省特定領域研究「ゲノム研究のホームページ」

    ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。 2024年8月19日その他 2024年度公募の支援課題一覧を公開しました NEW!! 2024年8月8日ニュース 2024年度先進ゲノム支援最終審査結果につきまして 2024年8月2日プレスリリース [ゲノム支援成果公開]昆虫からほ乳類まで保存的な遺伝子がオサムシの適応放散に関わる 202

    akirahs
    akirahs 2010/08/06
    支援課題公募。"「ゲノム支援」はゲノム科学のすそ野拡大とピーク作りをめざします"。
  • お知らせ : 京都新聞

    File Not Found. 該当ページが見つかりません。URLをご確認下さい。 お知らせ 事件・事故のジャンルを除き、過去6年分の主な記事は、インターネットの会員制データベース・サービスの「京都新聞データベース plus 日経テレコン」(http://telecom.nikkei.co.jp/public/guide/kyoto/)もしくは「日経テレコン」(社・東京 http://telecom.nikkei.co.jp/)、「ジー・サーチ」(社・東京、 http://www.gsh.co.jp)のいずれでも見ることができます。また、登録したジャンルの記事を毎日、ネット経由で会員に届ける会員制データベース・サービス「スカラコミュニケーションズ」(社・東京、http://scala-com.jp/brain/) も利用できます。閲読はともに有料です。 購読申し込みは下記のページから

    akirahs
    akirahs 2010/07/09
    佐藤さん、ホヤ研究の大先輩であるコンクリンの名前のついた賞を受賞。おめでとうございます。
  • johokanri.jp

    johokanri.jp 2019 Copyright. All Rights Reserved. The Sponsored Listings displayed above are served automatically by a third party. Neither the service provider nor the domain owner maintain any relationship with the advertisers. In case of trademark issues please contact the domain owner directly (contact information can be found in whois). Privacy Policy

    akirahs
    akirahs 2010/06/22
    "3つのパイロットプロジェクトが完了し、研究コミュニティでデータを自由に利用できるようにしたことを明らかにした"
  • AAAS

    akirahs
    akirahs 2010/04/30
    ツメガエルゲノム、Scienceの記事。Bombina(スズガエル)のゲノムもやるの? だとしたらすごく嬉しいのだけど。
  • 地球上で一番ありがちな遺伝子 - 蝉コロン

    科学, ゲノム遺伝子名をワードクラウドにした図を論文に載せてみたいものですね。雑誌Nucleic Acid Researchの論文。生化学のJBCと双璧なイメージなんだけど、近年はどうなのかな。NARの方がちょっと格調高いかしら。http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkq140v1 近頃はゲノム情報もだいぶんたまってきたので*1そろそろナンバーワンを決めようやないか。と誰かが言って始まりました世界一遺伝子決定戦。ウイルス(1336)、細菌(725)、古細菌(47)、真核生物(29)を合わせて2137ゲノム。蛋白質をコードする遺伝子一千万ほどがエントリー。果たして一番多い(abundance and ubiquity)遺伝子はどれか、ってのを競います。以前にご紹介したルビスコでしょうか、そこのブコメでご指摘のあったATPase

    akirahs
    akirahs 2010/04/27
    トランスポゼースが1位。面白いけど、順位はカテゴリの分け方にも依存する気が。相同性というより機能の類似性で分けているようなので。