※ header=F とすると， 1行目に列名が書かれている場合はTを指定する． 1行目から値が書かれている場合にはFを指定する
Rの使いかた - Miya×２@wiki
※ header=F とすると， 1行目に列名が書かれている場合はTを指定する． 1行目から値が書かれている場合にはFを指定する
igraphパッケージの使い方 2.グラフオブジェクトのプロット - もうカツ丼はいいよな
プロット igraphパッケージにはグラフオブジェクト(igraphクラス)をプロットするためのplot.igraph()関数が用意されている．勿論，使う場合はplot()関数にグラフオブジェクトを渡すだけでいい． > ## plot.igraph()が用意されている > g <- graph.tree(15) > plot.igraph(g) > ## plot()にigraphクラスのオブジェクトを渡せば呼び出される > plot(g) デフォルトではノードの配置は毎回変わる(後述)． レイアウト デフォルトではプロットの際にノードはランダムに配置される．ノードの配置はplot()のlayout引数にノードの座標を与えることで操作できるが，この座標をアルゴリズムによって決定し出力する関数がいくつか用意されている．これらの関数はlayout.から始まる名前を持っている． > ## lay
やまうちのネットワークのお勉強 - PukiWiki
←やまうちのページへもどる やまうちのネットワークのお勉強 † やまうちがネットワークのお勉強をすすめるためのメモやブックマークです。 勉強中なので、まちがったところもあるかもしれません。 R + igraph Cytoscape JSViz Graphviz ↑ Cytoscape + R + igraph † Rは統計計算のための言語・環境です。igraphはネットワークを取り扱うためのライブラリです。 Cytoscapeは、ネットワークを可視化・解析するためのプラットフォームです。 ↑ R + igraph † データの読み込み scan(file="filename")：データを読み込む テーブルの書き出し write.table(L, file="filename")：テーブルデータを書き出す データのあつかい方 データをいじる as.numeric() ：数値に変換す
各種のランキングをRでためしてみよう(1)—隣接行列と原始的なPageRank - プログラマーになりたい。
前エントリにひきつづき、研究のための体制立て直しの様子を、垂れ流していきたいと思います！ 隣接行列 こんどは隣接行列 (adjacency matrix) からグラフをつくる。前エントリでみたRion778さんのページを、ひきつづき参考にします。 graph.adjacency()関数により，隣接行列 (adjacency matrices) からグラフオブジェクトを作成できる．対角成分が0でなければループになる． そこでまず、 > n <- c( + 0,1,0,0,0,0, + 0,0,1,1,0,0, + 0,0,0,0,0,0, + 0,0,1,0,0,1, + 0,0,0,1,0,0, + 0,0,0,0,0,0) > n <- t(matrix(n, nrow=6)) > n [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [1,] 0 1 0 0 0 0 [2,]
iGraphでTwitterのネットワークを表してみる - yasuhisa's blog
今年の経営工学基礎演習ではRを使ったネットワークの可視化と分析をやっているということを聞きつけました。なんだか面白そうなので、僕もやってみることにしました。ただ、データを集めるのにみんな苦労しているようなので、僕はお手軽にTwitterのfollowersのつながりを見てみることにしました。Twitterのデータ200人分くらいをぶっこぬいてきたのですが、たくさんありすぎてよく分からなかったので50人分くらいにしときましたwww。 見づらかったり間違ってるっぽいところはあるんですが、今日はこんな感じで。plotにTkとかを使うと、見づらいところを動かしたりすることもできます。 コード コードは以下のとおり。01からなる隣接行列を作って、そこからグラフを生成しています。 #最初の行はperlで生成させといた users <- c("nipotan","uta","lurker_","tack
Cytoscape + R + igraph
2011年11月(1) 2011年01月(1) 2010年06月(1) 2010年04月(1) 2010年03月(3) 2009年12月(2) 2009年10月(1) 2009年08月(3) 2009年04月(3) 2009年03月(5) 2008年10月(2) 2008年09月(2) 2008年08月(1) 2008年07月(8) 2008年05月(1) 2008年04月(12) 2008年03月(5) 2008年02月(5) 2007年11月(5) 2007年10月(4) Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタ
Rのtwitterクライアント使ってフォローしている人を分類してみた - sheephead
Rのtwitterクライアント使ってフォローしている人を分類してみた 2009.07.27 【統計】R twitter ESS, google, twitter, ubuntu とりあえず使ってみる というわけで、早速インストール。ちなみに、ubuntuの場合は、Rcurlのインストールにlibcurl4-gnutls-devがいるみたいなので先にapt-getでいれときましょー [cpp] install.packages("RCurl") install.packages("twitteR") [/cpp] 使うときに少しハマったのがproxyの設定。実はtwitteRではproxyの設定ができないのです。ただ、twitteRで設定を保存するinitSession()は、RcurlのgetCurlHandle()のラッパーなので、getCurlHandle()でproxyを設定すれば良
igraphでTwitterのネットワークを描いてみる３ - bob3’s blog
こんどは違うコミュニティに属する（と思われる）人々を種にして、うまくクラスタを分割できるか試してみる。 account <- c("kazuyo_k", #勝間和代 "kohmi", #広瀬香美 "takapon_jp", #堀江貴文 "hmikitani", #三木谷浩史 "kirakira954", #TBSキラキラ "shakase", #水道橋博士（TBSキラキラ） "senochin", #妹尾匡夫（TBSウィークエンドシャッフル） "2dawn", #古川耕（TBSウィークエンドシャッフル） "room66plus", #高橋幸宏 "skmt09", #坂本龍一 "HikaruIjuin", #伊集院光 "Kitsch_Matsuo") #松尾貴史 想定したのは、カツマー、IT長者、TBSラジオ「キラキラ」、TBSラジオ「ウィークエンドシャッフル」、YMO周辺、お笑い、の６クラ
[連載]フリーソフトによるデータ解析・マイニング第61回 統計的テキスト解析(6)～語のネットワーク分析～
[連載] フリーソフトによるデータ解析・マイニング 第61回 統計的テキスト解析(6)～語のネットワーク分析～ 1．ネットワーク分析とは ネットワーク分析は、社会学や通信ネットワークなどの分野で多く用いられている。数学のグラフ(Graph)理論に基礎を置いている。したがって、分野によってはグラフ分析とも呼ぶ。ネットワークは、頂点(V: Vertex)と辺(E: Edge)を基本構成要素とする。頂点を「点」「ノード」、辺を「線」とも呼ぶ。ネットワークは、線で点と点の関係を示す。線が方向性を持つグラフを有向グラフ(Directed Graph)、線が方向性を持たないグラフを無向グラフ(Undirected Graph)と呼ぶ。図１に、有向グラフと無向グラフの例を示す。
R でグラフ理論 - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですgraph [vignette: y; demo: n] グラフデータ構造を取り扱うパッケージ. † ↑ RBGL [vignette: y; demo: n] Interface to boost C++ graph library (based on graph objects from the graph package). † ↑ gRain [vignette: y; demo: y] An alternative interface to graphs. Uses the graph and RBGL and implements additional graph operations. † ↑ dynamicGraph [vignette: n; demo: y] Provid
Welcome to igraph's new home
igraph – The network analysis package igraph is a collection of network analysis tools with the emphasis on efficiency, portability and ease of use. igraph is open source and free. igraph can be programmed in R, Python, Mathematica and C/C++. igraph R package python-igraph IGraph/M igraph C library python-igraph 0.9.6, the fourth bugfix release of the 0.9 series, has arrived. The preferred way of
igraphパッケージの使い方 1. グラフオブジェクトの作成と取り扱い - もうカツ丼はいいよな
近頃Rのigraphパッケージで遊んでるんだけど割と面白いので使い方を忘れないうちにメモっておく． グラフはプロットした方が理解しやすいんだけどとりあえず今回はグラフオブジェクトの作成と要素へのアクセスとかその辺．プロットは次回． グラフって何ぞとか用語の意味とかはグラフ理論 - Wikipedia． グラフオブジェクトの作成 基本 エッジをベクトルにまとめてgraph()関数に与えることでグラフオブジェクトが作成される．デフォルトで有向グラフ．有向，無向の制御は引数directedにTRUEかFALSEを与えることで可能．ループや多重エッジも含める事ができる． > ## エッジの一覧をgraph()関数に与える > edge <- c(0,1, 0,2, 0,3, 1,2, 2,2, 1,3, 1,3) > g <- graph(edge, directed=FALSE) > g Ver
ああああ igraph
前回のネタ、 エロゲー類似性ネットワークを複雑ネットワークで解析してみた のデータ解析方法についてのメモです。 ネットワーク解析をUbuntu Linux上のRとigraphを使って行いました。そのときのメモです。 RはSynapticからインストールします。 $ R と入力するとRが立ち上がります。 R上で、 > install.packages("igraph") と入力すると、igraphがインストールされます。 続いて、igraphのパッケージを使用します。 > library("igraph") データファイル(gml形式)の読み込みは、 > g <- read.graph("mygml.gml","gml") ここで、gmlファイルに directed 1 を記入しておかないと、有向グラフとみなしてくれないようです。 グラフの可視化は、 > plot(g) と入力。ただし、ノー
統計ソフトRのブログ ネットワーク図の描画part2
前回のネットワーク図の描画では、 隣接行列からのネットワーク図の描画を説明しましたが、 今回は、ノード間のエッジを直接定義することから ネットワークを定義したいと思います。 前回と同様に、 ＡさんはB,Cと友達 Bさんは、DとEと友達という関係をみます したがって、今回のエッジの定義はこんな感じです。 A--B A--C B--D B--E 手順は以下の通りです。 0.igraphライブラリの呼び出し library(igraph) インストールしていない場合には、 install.packages("igraph") 1.ノード番号を振る。 AからEまで0から4の番号を振ります。 igraphでは、基本的には0から始まるので注意。 2.エッジの定義 下の図のようにエッジX_Yを作ります。 これくらいならＲ上で作ってもよいですが、 多くなった時はCSVファイルで用意した方が便利です。 ファ
GraphvizR
Download Rdoc (0.5.0) SVN gem What’s this? GraphvizR is graphviz adapter for Ruby, and it can: generate a graphviz dot file, generate an image file by means of utilizing graphviz, interprete rdot file and generate an image file, and, generate a graph image file in rails application as a rails plugin. How to install gem install graphviz_r Additionaly, if you want to use this in rails: script/plugin
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