住民票と現住所が違う場合の確定申告は？

ある事情により、現在住んでいる場所（A町）と住民票を置いている場所（B町）が異なります。（A町）と（B町）は近く、同じ市町村内にあります。 会社には現在住んでいる（A町）で登録しておりますので、源泉徴収票も（A町）の住所が記載されています。年末調整や確定申告などの税関係の申告の際、税務署の方から「住民票と住所が違う」と指摘されますか？ また税務署は、住民票がどこにあるのか調べますか？ 宜しくお願いします。