この記事は 自分でNextflowスクリプトを書きたい人の記事です。例えばRNA-Seqをやりたい場合、自分でスクリプトを書くよりもnf-core/rnaseq の使い方を調べましょう。 Nextflowとは ワークフロー言語の一つ。AWS, GCP, Azureなどの計算資源をシェルスクリプトのように使う。 その中身はGroovyのDSL。Groovyは、Javaプラットフォーム上で動く言語。Rubyの影響が強い。 Groovyは、Githubトレンドでは、GradleとNextflowに使われている。Gradleはビルド自動化ツールで、Nextflowと似ている。Groovy言語はこういうのが得意みたい。 スペインのPaolo Di Tommasoさんら、バルセロナのSeqera Labs社が中心に開発。 EU圏の人が多く利用している印象でヨーロッパ色が強い（≠アメリカ）。 なぜ雑であ

西田孝三 当時 理化学研究所生命機能科学研究センター 現在 東京農工大学 石井学 株式会社ゲノムアナリティクスジャパン 丹生智也 当時 国立情報学研究所クラウド基盤研究開発センター 現在 国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ センター 大田達郎 ライフサイエンス統合データベースセンター Pitagora NetworkとWorkflow Meetupの目的　Pitagora NetworkとWorkflow Meetupは、今や研究者が独学するには手に負えないほどに膨れ上がったワークフロー関連技術の学習をピアサポートで解決することを目的としたコミュニティである。本稿におけるワークフローという言葉の定義には、バイオインフォマティクスのプログラムの実行手順を想定していただきたい。ある程度バイオインフォマティクスの経験のある読者は「Taverna（Oinn et al. 2004）やmyExpe

BioContainersは生命データの解析のためのさまざまなツールを擁したDockerコンテナのコレクションで、開発が終了したソフトを利用したり、自身の解析の再現性を高めるために自由に利用することができます。現在は1000を超えるコンテナが利用可能です。 しかしDockerは実行に管理者権限が必要とされるなど、セキュリティのリスクが懸念されることから、最近Singularityに移行を進めています。そこで、移行の際の備忘録を置いておきます。 M2 MacでSingularityを使う 結論：動きませんでした。 2023年2月9日現在、VirtualBoxのM1/M2対応のDeveloper previewが公開されています。 これをダウンロードし、Homebrewでvm-singularityなどを公式のアナウンスの通りに入れたのですが、VB上でAbortしてしまい原因がわからないため断

こんにちは。UIデザイナーのカヒブンです。 皆さんAnt Designが知っていますか？ 中国のAlibabaが開発したUIフレームワークです。日本だとMaterial UI(MUI)がメジャーでよく使われています。 今回はAnt Designを使ってダッシュボードを作ってみました。 新型コロナウイルス感染症情報ダッシュボード（架空）新型コロナウイルス感染症情報について架空のダッシュボードを作りました。このダッシュボードを作るために、Ant Designで下記のコンポーネントを参考してみました。 ✨LayoutAnt DesignにはそれぞれのLayoutがありますが、今回は左下のLayoutを使いました。 ✨Menuそれぞれの画面へ移動する際の画面遷移の仕方のことで、Ant Designには5種類のナビゲーションがあります！今回はSide navigationを使いました！ ✨ Radi

この記事から得られること この記事では、Google社提供の「マテリアルデザイン」UIガイドラインの「Data visualization(データビジュアライゼーション)」の概要を日本語解説で学ぶことができます。 Material Design : Design section “Data visualization” URL：https://material.io/design/communication/data-visualization.html 今回は「Data visualization(データビジュアライゼーション)」の章の全3回の第3回目です。 なお、この記事は「約7〜9分」で読める内容となっています。 また、「Data visualization(データビジュアライゼーション)」の過去の内容を確認したい場合は、こちらの記事をご確認ください。 1回目： https://ui

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The Fundamentals All things R & Python In fact, all things open source data science, because our mission matters. Whether you’re just starting your data science journey, a skilled professional, or a data science leader, posit::conf(2024) has it all, with four talk tracks, community events, updates on product enhancements, all-day workshops, and keynotes from your favorite data scientists.

こちらのページでは、コード進行を締めくくるための概念である「終止（しゅうし）」について、その詳細と種類、および使用例などについて解説していきます。 あわせて、記事最後には動画での解説も行います。 終止の概要 終止とは？ 「終止」とは、広い意味で「ハーモニー＝コード進行（和声）がある程度展開したのち一旦落ち着くこと」を表す言葉です。 ポップス・ロックにおいて、通常コードは機能的な流れに沿ってつながり、どこかでその流れは一旦落ち着きます。 その「落ち着くこと」そのものを指して「終止」と呼んだり、「落ち着かせ方」の手法をいくつかの種類に分けて「〇〇終止」と呼んだりします。 ダイアトニックコードとコード機能の理解が必要 終止を理解するためには、「ダイアトニックコード」とそれぞれのコードが持つ機能について把握しておく必要があります。 ▼関連ページ 2023.10.04ダイアトニックコードとスリーコー

1台の物理サーバ上で複数のDockerコンテナが稼働する環境では、限られたハードウェア資源の利用制限は非常に重要です。 特定のユーザーが使用するコンテナがホストマシンのハードウェア資源を食いつぶすようなことがあれば、他のユーザーのハードウェア資源の利用に支障をきたします。 こうしたことを防ぐためにDockerでは、CPU、メモリ、ディスク、ネットワーク等の資源を管理する仕組みが備わっています。 今回はCPUとメモリの利用制限の方法を紹介したいと思います。 DockerのCPU資源管理 Dockerは、1つのCPUコアを複数のコンテナで利用しますが、そのCPUを割り当てる時間の割合をコンテナ実行時に指定するという方法を採っています。そしてコンテナにはCPUの割当時間の割合を示すための相対値が与えられています。 CPUの資源管理の例 それぞれのコンテナのCPUの相対値には、標準では1024とい

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