エイリアンのDNAを作ってみる - 蝉コロン
科学さっきテレビでやってた映画エボリューションで、エイリアンは10種類の塩基を持っているとされていました。一応書いておくと、我々地球上の生物は4種類の塩基です。AGCT。エイリアンは10種類もあるから進化が早いのだというお話でした。どういう理屈でそうなるのか知りませんが、実際に、この地球上において、塩基の種類を増やしてみようと思っている研究者がいます。 横浜理研の生命分子システム基盤研究領域核酸合成生物学研究チーム、平尾一郎先生の研究室では、新規の人工塩基対を開発しています。AとT、GとCに加え、ﾌﾆｬﾗﾗとﾎﾆｬﾗﾗの第三の塩基対を生み出す仕事。最初は新塩基の名前XとYとかだったみたいだけど、研究者がいろいろ作りすぎてもう1文字で表せなくなったので最新のはDsとかPaとかだそう。ちなみにこの新しい塩基対DsとPaはカタチ的にいい具合になってて水素結合してないそうですよ。あんなん別にいらん
コンピューターはクラッシュする。生物はしない。話のわかるやつだ。 - 蝉コロン
科学Linux vs. Genome in Network Challenge | Wired Science | Wired.comコンピューターのシステムは脆弱である。生物は頑強だ。エヘンエヘン。no titleゲノムをOSと見立てて、大腸菌(E.coli)とLinuxの情報ネットワークを比べてみた。 大腸菌の転写制御ネットワークはピラミッド型。少数のマスタースイッチ的な遺伝子がトップにあって、中腹にmiddle managersがいて、裾野には互いにindependentに働く多くの機能が存在する。Linuxのコールグラフ(プログラムコードのネットワーク)はどちらかというとひっくり返ったピラミッドであたまでっかち。トップにたくさんのプログラムがあって、そんなに多くないサブルーチンを呼び出している。モジュールがいっぱいあって高度にオーバーラップしている。船頭が多くてワーワー言ってるうち
感染症とマニュアルと政府 - 蝉コロン
関連：Togetter - まとめ「口蹄疫における政府批判に対する雑感」、Togetter - まとめ「「口蹄疫における政府批判に対する雑感」の補遺」 新型インフルエンザも口蹄疫も稀だけどいつかは来る感染症なので、それに備えて専門家らが指針ガイドラインを作ってます。今回の口蹄疫はまだ進行中の出来事で全然総括出来る段階に無いので、新型インフルエンザについて過去に起きたことを紹介したいと思います。 医療従事者ら備蓄ワクチン事前接種へ 新型インフル対策で６０００人 - MSN産経ニュース2年前の記事です。忘れている人もいるかも知れないけれど、去年ブタの新型インフルエンザが実際にやってくる前までは、トリインフルエンザに対する懸念が高まっていました。そこで、舛添要一厚労相は１５日、国家が備蓄しているワクチンの一部を医療従事者や検疫担当者ら約６０００人に事前接種する方針を明らかにした。１６日に開かれる
マウスの表情から痛がりぶりを読み取る - 蝉コロン
Access : Coding of facial expressions of pain in the laboratory mouse : Nature Methods 以前にマウスの尾静脈注射をする必要ができた。静注は基本といえば基本だけど習熟にはそれなりの練習が求められる技術で、学部時代に実習でやった時はまるっきり失敗だった。そんでまあtips的なのもいろいろ存在してて、そのひとつとして血管を見やすくするためにネズミのしっぽをお湯につけて怒張させたりする方法がある。このときお湯が50℃(テキストによっては55℃)を超えてるとネズミがやけどします、という注意書きもあった*1。それでぼやぼやとネズミにとってのいい湯加減ってどの辺だろうなあと夢の世界に旅立ったりしたものだ。ソロモンの指輪があれば「熱くない？」とか聞けるのに。「お風呂入る？」「いんや、入らない」 さてNature Meth
ダンゴムシゲノム - 蝉コロン
ぼやぼやお便りをいただきました。先日、三歳になる娘が庭で大きな石をひっくり返し「ダンゴムシがいるよかわいいねえ」と捕まえて見せてくれましたがどう見てもワラジムシです。いくらつついたところで丸まりません。嗚呼、ダンゴムシでいてくれたら。 そこで思ったのですが、ダンゴムシがクルッと丸まれるのに必要な遺伝子って何なのでしょう？とてもよく似ているのでダンゴムシ引くワラジムシをやれば丸まる遺伝子が見つかるのではないかと思うのですが。 これってNature、Scienceの種になりませんか？P.N. 便所虫便所虫さん、ありがとうございます。ダンゴムシとワラジムシのゲノムを比較してみたいですよね。あるいはcDNAのサブトラクションとか。なにか怪しげな遺伝子が見つかるかも。発生過程での遺伝子発現プロファイルまで見ないと決定的な因子はわからないかもしれないですけど。 ダンゴムシゲノムとか調べられてないのかな
極寒の地に生きていたマンモスの蛋白質を再現 - 蝉コロン
科学, ゲノムScientists Untangle Woolly Mammoth Genome - ScienceNOWNature Geneticsで報告された。Substitutions in woolly mammoth hemoglobin confer biochemical properties adaptive for cold tolerance : Nature Genetics : Nature Publishing Group研究チームはマンモス(woolly mammoth)のヘモグロビンに着目した。ヘモグロビンは御存知の通り、血中で酸素を運搬する役割を持つ。酸素分圧の高い肺で酸素と結合し、酸素分圧の低い末梢組織で酸素を放出する。ヘムの脱酸素が吸熱反応だから低温環境だと放出できず、細胞に酸素を受け渡す能力が落ちる。つまり寒いとエネルギー効率が悪い。 シベリアの永久
査読とはいったい・・・・・うごごごごご - 蝉コロン
ぼやぼやこないだ話題になった某論文が一向に掲載されないので毎日PNASをチェックしてたらやっとでた。それはそれとしてPNASの論文見ててふと気づいたのが、Editorのところの注釈「*This Direct Submission article had a prearranged editor.」あれ、こんなの前からあったっけ？ PNAS。Proceedings of the National Academy of Sciences USA。新聞記事だと「米科学アカデミー紀要」とか表記されることもある。最近はPLoS ONEにその座(どの座？)を奪われつつあるけど、面白げで新聞受けの良さそうな論文が載ったりする( ジャーナリズムはPLoS ONEがお好き？ -朝日新聞編- - かたつむりは電子図書館の夢をみるか)。 PNASはIF*1がすごく高いというわけではないけれど、総合誌という見方で
ヒトとネアンデルタール人は交配してたかも - 蝉コロン
科学Neanderthals may have interbred with humans : Nature Newsニューメキシコで行われたannual meeting of the American Association of Physical Anthropologistsで。形質人類学会。 ご存知のようにネアンデルタール人は我々人類の直接のご先祖というわけじゃなくて、我々の祖先と共存していた時代があるらしい別系統の人類であることがわかっている。今回、DNA解析によりネアンデルタール人とヒトは交雑していた可能性が示された。我々のゲノムにその痕跡があるという。 研究者らはアフリカ、ヨーロッパ、アジア、オセアニア、アメリカからの99人種1983人のマイクロサテライトのデータから系統樹を作ってみた。するとネアンデルタール人との交雑が2回起きたとすると最も説明がつくんじゃないかっていう結果
Ph.D.コースはなんのためにあるのか？ - 蝉コロン
ぼやぼや以前のNatureの論説Do scientists really need a PhD? : Article : Natureに対するcorrespondenceがいくつか出ています。元の論説記事では、最近躍進が目覚ましい中国のゲノム研究所BGIの事情を紹介しています。中国では数百人の大学卒業生がそのままBGIに入り、バイオインフォマティシャンとして働いているようです。これは単なる技術補佐員ではなく、論文の1st authorになったり学会に出たりもするみたい。こういう過程を経ていっぱしの研究者になれるんだったらドクターコースいらなくね？ちゅう話。イケイケの中国は研究者の促成栽培もしてるんですねえ。 ところで中国のBGIって国の機関じゃ無いの？と思ったら"The Institute has both a private and a public character."という記述がW
トリュフゲノム - 蝉コロン
科学先月末にオンライン版は出ていたようだが、トリュフゲノムが解読された。黒トリュフ。Perigord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis : Article : Natureタイトルのペリゴールってのは、フランスの地名でフォアグラ、トリュフ、ワインが有名なんだって。 トリュフはこれまでに解析された真菌で最も大きく複雑な125Mbのゲノムである。解析の結果、そのうち58%がトランスポゾンだったんだって。うぜえ。タンパクをコードする遺伝子は7,500ほど。ファミリーになってる遺伝子は少ない。トランスポゾンばっかり飛び回ってて、遺伝子のduplicateは少ないんだな。 菌やら植物やらの性について全く無知で*1、雌雄同株の子嚢菌であるところのトリュフはさらにややこしくて（wi
マスクをしないで挑むインフルエンザウイルス - 蝉コロン
科学How 1918 flu antibodies fend off swine flu : Nature Newsより。 H1N1インフルエンザは2009年パンデミックインフルエンザソ連型の季節性インフルエンザ1918年パンデミックインフルエンザ（スペインかぜ）が知られている。このうち、1918株*1と今回の2009株は似ていて、お年寄りは2009株にも対応出来る抗体を持っているらしい、って話は御存知の通り。マウスの実験でも、1918株ワクチンは2009株にも効くし、逆もまた然りということが確かめられている。 （この段落、前のエントリ*2の使い回し）ウイルスv.s.免疫機構は、ウイルス表面の抗原を認識できる抗体があるかないかの勝負になる。ウイルスは自分の情報を書き換え続け、免疫はウイルス情報をアップデートし続ける。H1N1についてヒト集団の持っている抗原情報は大昔のスペインかぜウイルスの
Rhマイナスのジェームス・ハリソンさんとAnti-Dワクチン - 蝉コロン
科学はてなブックマーク - らばQ:珍しい血液型の男性、半世紀で200万人の赤ちゃんを救う…半世紀で1000回近くの献血id:yu-kuboさんの言う通り、いい話なんだけど何が起きているのかいまいちわからなかったので調べてみた。 珍しい血液型を持つジェームス・ハリソンさんが長年に渡り献血し続けたおかげで、多くの赤ちゃんが救われたという話。 Rh因子は妊娠中に生じる危険因子として知られる*1。母体の血液型がRh(-)で、胎児の血液型はRh(+)である場合に起こる。 母体には本来無いRh因子を胎児の赤血球が持つことで、免疫システムが異物とみなしてこれを攻撃する。母体が抗Rh抗体を作ってしまう。胎児の赤血球が攻撃されれば貧血を引き起こす。これは胎児の造血速度と母体免疫の赤血球破壊速度との勝負になる。抗Rh抗体の抗体価が高い場合、胎児への輸血が必要になる。 妊娠期間中は、胎児の血液は母体に大量には
狭い視野のまま歩いて視界を稼ぐ - Ockham’s Razor for Engineers
Perspective半径は、たかだか凡人の私の場合1m〜3mぐらいなので、であればそのまま歩き回ってその面積を稼いで、視野を広げるのがこつではないかと。最近、学会とか出歩くことが増えまして、やっぱり外を歩き回って見聞を広めることが大切ではないか、という当たり前のことに気づいたこのごろです。
六ヶ所村再処理工場の１９兆円がとんでもない件 - rkentablog
rh2循環研が主催する「いま六ヶ所で何が起こっているか−再処理工場と核燃料サイクルの問題点」という勉強会で、原子力資料情報室(http://cnic.jp/)の澤井さんの話を聞いてきました。 https://secsvr.com/nord-ise.com/junkan/seminar/Seminar_100209.html目から鱗な発見がたくさんありましたが、核燃料サイクル（核燃料の再処理事業）の全体コスト、１９兆円について聞いてきたことを共有したいとおもいます。まず驚いたのは、この１９兆円という費用のうち、再処理費１１兆円（建設費、運転/操業費、解体/廃棄物)とHLW処分(高レベル放射性廃棄物処分費用)２兆５５００億円については、すでに我々が普段支払っている電気代の中に含まれているということです。約0.3〜0.4円/kWh* (*kwh = キロワットアワー。電力量の単位。1Wが一時間続
コウモリとイルカに共通するDNA配列 - 蝉コロン
科学毎号表紙が好きなCurrent Biologyから。Current Biology - The hearing gene Prestin unites echolocating bats and whales 厳密には「(小型)コウモリ亜目」と「ハクジラ亜目」なのかもしれませんが、ここではコウモリとイルカで通します。こいつらの共通点は、超音波を出してその反響で周囲の物の位置関係を知るエコーロケーション能力を持っていることです。 種の系統樹的には、イルカ（Bottlenose dolphin）はウシやブタに近く、一方のコウモリは当然その辺からはちょっと離れてます。そしてコウモリ内ではエコーロケーションができる小型コウモリと、できないオオコウモリに分けられます。ところが、この論文によりますと、プレスチン遺伝子のみに注目してtreeを書いてみたら小型コウモリとイルカはすごく近い。同じグループ
3D映画上映方式の違い - まどぎわ通信
週アスプラスの「『アバター』は3Dの方式を知ってから観ないともったいない」があまりにDolby 3Dに偏重しており，その「カンタン一覧表」も意図的なのかあまりもカンタンすぎるため（IMAX 3Dデジタルに言及せず，XpanDのメリットが上映館数だけのような書き方になっている．筆者はドルビー3Dしか見たことがないのか，あるいは商売上ドルビー3Dに色をつけているのかと疑問に思うほど偏向している），「アバター」で採用された代表的な3D上映形式を挙げます．一応全方式の3D映画を代表スクリーンを中心に見た経験がありますが，「アバター」に関しては現時点ではまだIMAX 3DデジタルとIMAX 3Dしか観ていません．下記表には誤りもあるかと思いますので，ご教授いただければ幸いです．方式スクリーン3Dメガネ方式3Dメガネ回収長所短所代表スクリーン（関東圏）Real Dシルバースクリーンパッシブ・円偏光持ち
iPhoneが便利になる！まとめ記事のまとめ - Mikatty@hatena
Mikatty はてブやコメント付けて下さった方、 どうもありがとうございました。 今はこっちで色々やってます。 http://d.hatena.ne.jp/mikatty810/ サイトも作ったよ！ http://www.mikatty.com/
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