当センターの山本泰智特任准教授と山口敦子准教授、そしてNovartis Institutes for Biomedical Researchに勤務するAndrea Splendiani氏による論文、「YummyData: providing high-quality open life science data」がDatabase誌に掲載されました。 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 https://doi.org/10.1093/database/bay022 現在、生命科学分野においても多くのRDFデータがSPARQLエンドポイントを経由してアクセスできるようになりつつありますが、どこに、どのようなデータが収められ、そしてどの程度安定して動作しているのか、などの情報が不足しています。また、データベース提供者においては自身のデータがより多く利用されるために必要な
当センターの小野 浩雅 特任助教と坊農 秀雅 特任准教授による論文 RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes がScientific Data誌に掲載されました。 論文はオープンアクセスで、下記URLからご覧いただけます。 http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.105 Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes Scientific Data, 4:170105 DOI: 10.1038/sdata
統合TVは、生命科学分野の有用なデータベース(DB)やツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。 この統合TVの新機能として「ライフサイエンス 新着論文レビューの記事へのリンク」が掲載されるようになりました。これは、新着論文レビューの執筆依頼の際に、今回の研究をすすめる上で活用したデータベース・ウェブツールに関するアンケート調査にご協力いただき、それをもとに、統合TVのタグ分類されたキーワードに関連するレビュー記事へのリンクを設置したものです。 これによって、その研究がどのような分野のデータベース・ウェブツールを活用して行われたかを知り、それらの使い方についてより具体的な活用例をイメージしながら学習することができます。 また、「Togo picture gallery」で公開されていた誰でも自由に利用可能なライフサイエンス分野のイラストが、統合TVから閲覧、利用することができるように
2016年2月8日に東京大学 伊藤謝恩ホールで開催された情報・システム研究機構シンポジウム「~オープンサイエンスにおける研究データのオープン化~」の講演動画を統合TVより計3本公開しました。 極域科学とオープンリサーチデータ http://togotv.dbcls.jp/ja/20160301.html 生命科学とオープンデータ http://togotv.dbcls.jp/ja/20160302.html データの再現性と再利用を促進するデータジャーナル ~Scientific Dataを例に~ http://togotv.dbcls.jp/ja/20160303.html シンポジウムの一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。 « 既存データベースのRDF化を加速させる D2RQ Mapper が LODチャレンジ 2015 基盤技術部門で最優秀賞を獲得しました
既存データベースのRDF化を加速させる D2RQ Mapper が LODチャレンジ 2015 基盤技術部門で最優秀賞を獲得しました このたび、DBCLSが開発・運用している D2RQ Mapper がLOD (Linked Open Data)チャレンジ 2015の基盤技術部門において最優秀賞に選ばれました。 DBCLSではNBDCにおいて進められている統合化推進プログラムに参加している機関とともに生命科学分野のデータベースのRDF化を進めています。 RDF化することで、当該データベースに格納されているデータ及びデータ間の関係をより明確にでき、再利用性が高まります。 その一方で、新たにRDFデータベースを構築することは敷居が高いことから、すでにMySQLやPostgreSQLなどの関係データベースに納められているデータがあれば、それを効率良くRDFデータとしてもアクセス可能にできる環境を
DBCLSではNBDCにおいて進められている統合化推進プログラムに参加している機関とともに生命科学分野のデータベースのRDF化を進めています。 RDF化することで、当該データベースの再利用性が高まるとともに、格納されているデータ及びデータ間の関係をより明確にできる利点があります。 その一方で、関係データベース(RDB)など、RDFではないデータ表現モデルを採用したデータベースを既に運用している機関において、改めてそのRDF化を進めることは、開発や運用に必要な資源の確保などを踏まえると必ずしも容易ではないと考えられます。 このため、RDBを運用する機関向けに、少しでもRDF化に伴う作業量を減らし、かつ、既存のRDBを活用できる手段を提供することが、有用なRDFデータベースを増やすために必要であるとの認識に至りました。 この目的を実現するのに適しているD2RQと呼ばれるツールは、RDBをRDF
これまで DBCLS では、Web 上にてだれでも自由に閲覧・利用できる日本語コンテンツとして、生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイト「統合TV」 を公開し、多くの方にご利用いただいてきました。 このたび、生命科学分野における人材育成教材のポータルサイトとして機能させていくこと、およびさらなる利便性の向上を目的として、ウェブサイトを全面リニューアルしました。 ウェブサイトの構成および更新・管理体制を抜本的に見直すことによって、ウェブサイトの表示が軽快になりました。加えて、番組の分類を細分化することによって、利用者の興味ある番組について簡単に検索・表示ができるようになりました。 また、これまで MotDB で公開してきた統合データベース講習会 AJACS の講習資料・テキストについて、統合TVウェブサイトでも閲覧できるようになりました。 さらに、統合TV
これまでDBCLS では、Web上にてだれでも自由に閲覧・利用できる日本語コンテンツとして、「ライフサイエンス 新着論文レビュー」 および 「ライフサイエンス 領域融合レビュー」 を公開し、多くの方にご利用いただいてきました。 このうち、生命科学において注目される分野・学問領域における最新の研究成果について第一線の研究者が執筆する 「領域融合レビュー」については、公開開始からそれぞれのレビューに対し DOI (Digital Object Identifier) が付与されています。 このたび、もう一方、トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について論文の著者自身が執筆する 「新着論文レビュー」についても、新たに DOI を付与しました。これまでに公開したすべてのレビュー (2015年9月14日 現在 846本) に DOI が表示されています。引用などの際に、恒
TogoID 生命科学系データベースのさまざまなIDのつながりを探索的に確認しながらID変換をすることができるウェブツール
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