Internship at Schneider Lab | ISCB Student Council
News Organization Events Art Exhibition NYC Meeting Initiatives Publications Regional Student Groups Forums Contact The ISCB Student Council is pleased to announce an internship at Schneider Group at EMBL-Heidelberg. This internship is exclusively arranged by the Student Council in collaboration with Dr Schneider for a student from a developing nation. The goal is to train an undergraduate student
Unix コマンドで２つのファイルの共通行を抽出する方法
このドキュメントの内容は、以下の通りです。 ２つのファイルの共通部分を抽出する 重複行をカウントする方法 注意事項 ログファイルなどのを分析しているときに、差分を調査したいことがあります。そういったときに Unixコマンドで２つのファイルの共通部分を抽出する方法について紹介します。 ２つのファイルの共通部分を抽出する やり方 ２つのファイルをソートする(結果をユニーク処理してはいけません) uniqコマンドを使って、繰り返されている行だけを抽出します。 sort a b | uniq -d 重複行をカウントする方法 重複行をカウントするには、sortコマンドとuniqコマンドの結果を wc コマンドでカウントするだけです。 sort a b | uniq -d |wc -l これで、２つのファイルの共通する行の個数を調べることができます。 注意事項 それぞれのファイルがユニークなデータでな
DBCLS ｜ ライフサイエンス統合データベースセンター
TogoID 生命科学系データベースのさまざまなIDのつながりを探索的に確認しながらID変換をすることができるウェブツール
BioRuby の使い方
BioRuby は国産の高機能オブジェクト指向スクリプト言語 Ruby のための オープンソースなバイオインフォマティクス用ライブラリです。 Ruby 言語は Perl 言語ゆずりの強力なテキスト処理と、 シンプルで分かりやすい文法、クリアなオブジェクト指向機能により、 広く使われるようになりました。Ruby について詳しくは、ウェブサイト http://www.ruby-lang.org/ や市販の書籍等を参照してください。 BioRuby を使用するには Ruby と BioRuby をインストールする必要があります。 Ruby のインストール Ruby は Mac OS X や最近の UNIX には通常インストールされています。 Windows の場合も１クリックインストーラや ActiveScriptRuby などが 用意されています。まだインストールされていない場合は http:
Open Data Sponsorship Program | AWS
The Amazon Web Services (AWS) Open Data Sponsorship Program covers the cost of storage for publicly available high-value cloud-optimized datasets. We work with data providers who seek to: Democratize access to data by making it available for analysis on AWS Develop new cloud-native techniques, formats, and tools that lower the cost of working with data Encourage the development of communities that
5分で分かる正しい会社の辞め方
著者プロフィール：山崎元 経済評論家、楽天証券経済研究所客員研究員、1958年生まれ。東京大学経済学部卒業後、三菱商事入社。以後、12回の転職（野村投信、住友生命、住友信託、シュローダー投信、バーラ、メリルリンチ証券、パリバ証券、山一證券、DKA、UFJ総研）を経験。2005年から楽天証券経済研究所客員研究員。ファンドマネジャー、コンサルタントなどの経験を踏まえた資産運用分野が専門。雑誌やWebサイトで多数連載を執筆し、テレビのコメンテーターとしても活躍。主な著書に『会社は2年で辞めていい』（幻冬舎）、『「投資バカ」につける薬』（講談社）、『エコノミック恋愛術』など多数。ブログ：「王様の耳はロバの耳！」 “サブプライム不況”の中とはいえ、転職を決める人はいる。先日も筆者の本の読者から、「転職が決まった」というお便りを頂いた。この便りの中で、会社を辞めるまでの日々の過ごし方についてご質問があ
DOE Joint Genome Institute: A DOE Office of Science User Facility of Lawrence Berkeley National Laboratory
Researchers looked at plant-fungi interactions in one of the first cross-kingdom spatially-resolved transcriptomics studies to date. More Scientists have shed light on both when and how eelgrass adapted and evolved throughout its history. Knowing more about how eelgrass evolved can help inform conservation efforts for at-risk populations. More Scientists have discovered flagella in an unexpected p
EggNOG Database | Orthology predictions and functional annnotaion
eggNOG 6.0: Enabling comparative genomics across 12,535 organisms. Ana Hernández-Plaza, Damian Szklarczyk, Jorge Botas, Carlos P. Cantalapiedra, Joaquín Giner-Lamia, Daniel R Mende, Rebecca Kirsch, Thomas Rattei, Ivica Letunic, Lars J. Jensen, Peer Bork, Christian von Mering, Jaime Huerta-Cepas Nucleic Acids Res. 2022 Nov 18:gkac1022. doi: 10.1093/nar/gkac1022.
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Bergey's Manual Trust
Bergey's Manual Trust was established in 1936 to sustain the publication of Bergey's Manual of Determinative Bacteriology and supplementary reference works. The Trust also recognizes individuals who have made outstanding contributions to bacterial taxonomy by presentation of the Bergey Award and Bergey Medal, jointly supported by funds from the Trust and from Springer, the publishers of the Manual
CellDesigner
Headlines CellDesigner 4.4.2 Mac installer updated for Catalina Support (2020/3/30) CellDesigner 4.4.2 is now available (2019/05/20) CellDesigner on Garuda platform (2017/2/14) Garuda enabled Ver4.4 is available as Ver4.4.1 Win / Mac. PhysioDesigner 1.0 is available. PhysioDesigner can embed CellDesigner's SBML model into its multilevel physiological PHML model. (2014/08/01) CellDesigner 4.4 is no
Main Page - sbgn.org
SBGN.org is the global portal for documentation, news, and other information about the Systems Biology Graphical Notation (SBGN) project, an effort to standardize the graphical notation used in diagrams of biochemical and cellular processes studied in systems biology. Standardizing the diagrammatic notation is crucial for more efficient and accurate transmission of biological knowledge between di
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云わずと知れた自然科学の総合誌。自然科学の最先端の話題を追いかけるには必読の雑誌。 特に自然史、ナチュラルヒストリーへの関心が強い印象が有る。登録すれば目次、摘要が無料で読める。
ハーバード大学医学部留学・独立日記 ... 研究者が仕事をする上で知っておくべき１０の原則
ボストンで１３年働いた研究者が、アカデミック・キャリアパスで切磋琢磨する方法を発信することをめざします。 2024/02 « 12345678910111213141516171819202122232425262728293031» 2024/04 BioInfoDesignの村磯さんの招請でキャリアプランニングプログラム2008＠ボストンで、「研究者が仕事をする上で知っておくべき１０の原則」という講演をさせていただきました。「１０の原則」は実験医学のプロフェッショナル根性論の最終回でとりあげた「研究者の成長のプロセスへの１０のステップ」がもとになっています。会場で約束しましたようにサマリーのせておきます。 －研究者が仕事をする上で知っておくべき１０の原則－ 1. 興味を持てる分野を発見する 「好き」よりも「強い」を優先しましょう。自分で自分の強みはわかりにくいものなので、推薦状の開示、
Nonnegative matrix factorization(NMF)でconsensus clustering
NMFを追っかけてたらMetagenes and molecular pattern discovery using matrix factorizationという論文を見つけたので、週末はこの論文を読みながら色々やってみた。NMFの便利なところは元の特徴(この論文の場合は遺伝子発現量)からより少ない任意の特徴量(論文中ではmetagene)に変換できるところであり、さらにそのままクラスターの分割に利用できる。 たとえば2つのmetageneで表現した場合、より発現量の大きいmetageneで分割すれば2つのクラスに分けられる。(QSARだったらdescriptorからmeta discriptorが導かれてそれに基づいてクラス分類ができるでしょう) 続いて、重要なのがクラスの安定性である。要するに最適なクラスタの数はいくつなのかということである。これに対して、この論文ではConsensu
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