Mac OS Xの場合、JDKがインストールされている場所は、/System/Library/Framework/JavaVM.framework/内になります。この中に、Classes、Home、Libraries、Resources、Versionsといったディレクトリがあり、それらにそれぞれ必要なファイル類がまとめられています。これは、WindowsなどのJDKのファイル構成とはまったく違いますので、一般のJDKの構成などを参考にしても無意味です。また、ここはSystem下にありますから、これらのディレクトリにファイルを入れたりすることは禁止されています。 ユーザがライブラリなどを追加する場合には、/Library/Java/Extensions/を利用します。これが、通常のJDKのlib/extフォルダに相当するものと考えてください。 ちなみに、これらについてはアップルの開発者向け