生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
The NCBI Handbook - NCBI Bookshelf
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boscoh.com
There is a huge opportunity for a smart young bioinformatician willing to experiment with a new language. Face it: the future is concurrency and most of the old fogey bioinformaticians of the last generation are not equipped to deal with it. They even have trouble dealing with dual cores on their brand new Macs. Unfortunately, most scientists were trained in ALGOL-based languages, from FORTRAN to
bio2rdf
The Bio2RDF project aims to transforms silos of life science data into a globally distributed network of linked data for biological knowledge discovery. Bio2RDF creates and provides machine understandable descriptions of biological entities using the RDF/RDFS/OWL Semantic Web languages. Using both syntactic and semantic data integration techniques, Bio2RDF seamlessly integrates diverse biological
Cytoscape デベロッパー 大野圭一朗 氏 講演 H264
Cytoscape デベロッパー 大野圭一朗 氏 講演 H264 - 64 min - Sep 20, 2008 () Rate: 資料はslide shareにてご覧になれます。http://www.slideshare.net/kozo_ni/cytoscape-seminar-presentation 2008年9月8日に奈良...all » 資料はslide shareにてご覧になれます。http://www.slideshare.net/kozo_ni/cytoscape-seminar-presentation 2008年9月8日に奈良先端科学技術大学院大学にて行われたGCOEセミナーの模様です。« Download video - iPod/PSP | Embed video Download is starting. Save file to your computer
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました - はてなの告知
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました 以下のエントリの通り、今年末を目処にはてなグループを終了予定である旨をお知らせしておりました。 2019年末を目処に、はてなグループの提供を終了する予定です - はてなグループ日記 このたび、正式に終了日を決定いたしましたので、以下の通りご確認ください。 終了日: 2020年1月31日(金) エクスポート希望申請期限:2020年1月31日(金) 終了日以降は、はてなグループの閲覧および投稿は行えません。日記のエクスポートが必要な方は以下の記事にしたがって手続きをしてください。 はてなグループに投稿された日記データのエクスポートについて - はてなグループ日記 ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。 2020-06-25 追記 はてなグループ日記のエクスポートデータは2020年2月28
講義資料 配列解析アルゴリズム特論I 情報生命科学基礎/演習 他 -渋谷哲朗
平成20年度 東京大学大学院 情報理工学系研究科・コンピュータ科学専攻 配列解析アルゴリズム特論I 4/10 4/17 4/24 5/1 5/8 5/15 5/22 5/29 (The problem to be reported - in English) 6/5 6/12 6/19 7/3 7/10 7/17 東京大学 理学部・情報科学科 情報科学特別講義３ （情報科学とバイオインフォマティクス） 6/10 7/15 7/22 東京大学大学院 新領域創成科学研究科・情報生命科学専攻 情報生命科学基礎/演習 5/27 6/17 京都大学大学院 薬学研究科・医薬創成情報科学専攻 情報科学概論 6/3 中央大学大学院 理工学系研究科・物理学専攻 物理学特別講義第二 TBA 創価大学工学部 生命情報工学科 TBA TBA 戻る Copyright (c) 2004- Tetsuo
Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview System
Examples Example 1: Diseases and drugs related to APP (amyloid precursor protein) [Gene ID: 351] Example 2: Difference and similarity between type 1 and type 2 diabetes [OMIM ID: 222100, 125853] News, Announcements, Discussion, ... Gendoo Reports: The blog of Gendoo Ver. 2.206 ('12-04-06): The 2012 version of allelic and non-allelic heterogeneity data are available. Ver. 2.205 ('11-01-26): The 201
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました - はてなの告知
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました 以下のエントリの通り、今年末を目処にはてなグループを終了予定である旨をお知らせしておりました。 2019年末を目処に、はてなグループの提供を終了する予定です - はてなグループ日記 このたび、正式に終了日を決定いたしましたので、以下の通りご確認ください。 終了日: 2020年1月31日(金) エクスポート希望申請期限:2020年1月31日(金) 終了日以降は、はてなグループの閲覧および投稿は行えません。日記のエクスポートが必要な方は以下の記事にしたがって手続きをしてください。 はてなグループに投稿された日記データのエクスポートについて - はてなグループ日記 ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。 2020-06-25 追記 はてなグループ日記のエクスポートデータは2020年2月28
「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」サポートサイト
講習会、ひきうけます 本書を執筆した講師陣によるバイオインフォマティクスの講習会を計画しております。そのほか、ご要望があれば出張講習会も開催可能ですので、open-bio-book (@lists.sourceforge.jp) 宛にご連絡ください。 2008/9/25 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターにて「オープンバイオ講習会」を開催致しました。 KNOBインストール方法 KNOB は本書の付録 DVD から起動するだけで使用することができますが、それ以外にも VMware などのバーチャル PC 環境での実行や、HDD へのインストールも可能で、メリットとして DVD 起動よりも高速に動作するようになります。 VMware player (Windows PC 用; 無償) / VMware Fusion (Mac OS X 用; 有償) での起動 KNOB-4.0.1-DV
Searching PubMed with Python
[Update 30Nov09] The Bio.EUtils module has been replaced by Bio.Entrez. This means that the following code and links will no longer work. However, see the comments at the end of the email where readers have posted updated code. Given a DOI or PMID, how can you find metadata for a publication using Python? The EUtils module of BioPython, by Andrew Dalke, is your friend. For a DOI, you need to do a
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http://blogs.scientifik.info/bioinformatics/?p=81
Cation-π interactions in structural biology
Abhishek Tiwari
統合ぐらし - NAR 2009 Database Issue
奈良でのプレゼンテーションの動画
Using Bloom filters for large scale gene sequence analysis in Haskell
hon p.1 [100%] YAKUGAKU ZASSHI 127(1) 103―112 (2007) 2007 The Pharmaceutical Society of Japan 103 ―Reviews― バイオインフォマティクスとドッキング研究の接点 白 井 宏 樹， 小 堀 正 人 Interface between Bioi
Beginning Python for Bioinformatics » Blog Archive » Obtaining overrepresented motifs in DNA sequences, part 1
Beginning Python for Bioinformatics » Blog Archive » Still on merging Pfam alignments …