良いもの。悪いもの。: Processingで分子動力学計算Processing面白いなぁ。以前はhttp://proce55ing.orgが公式サイトだったことから、Proce55ingとしても知られている。Java仕様のビジュアルデザイン用プログラミング言語なのだが、とても簡単に扱うことができる。プログラミングでアートする感じ。 そこで今回はなんちゃって分子動力学計算プログラムを作ってみた。もちろん原子をリアルタイムに計算しながら表示させている。ただし、コードを短くするために分子ではなく疑似原子単体同士の相互作用にしている。そのため計算している相互作用はvdW力とクーロン力のみだ。また特に工夫をしているわけでもなく全原子同士のすべての相互作用をそのまま計算している。分子動力学計算の詳細についてはPEACHによる生体分子の分子動力学シミュレーション(1)原理と方法あたりを参考にすると良いと思う。 実際のプログラムを以下に示す。num_atomsで
