ma_koのブックマーク / 2010年5月21日

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2010年5月21日のブックマーク (4件)

まっくでまったり MacPorts on Snow Leopard (その2)
しばらく戦ってみた感想としては、デフォルトのアーキテクチャをi386にしておくか、+universalでコンパイルすることにして、x86_64とi386のファットバイナリ化するのが良さそうです。特にライブラリ系のものは、MacPorts以外のソースをコンパイルする際にリンクすることもあるので、後者が安全という気がしました。ちなみに、上に書いた設定を変えるには、/opt/local/etc/macports/macports.confを書き換えます。デフォルトのコンパイル対象アーキテクチャを変えるのは build_arch i386 で、universalにするときに含めるアーキテクチャは universal_archs x86_64 i386 で設定できます。
ma_ko 2010/05/21
maqコンパイル時に出た"ld: warning: in /opt/local/lib/libz.dylib, file is not of required architecture"をこれで解決。なんでデフォでx86_64になってないんだろう、自分のMac pro

OSX
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TechCrunch | Startup and Technology News
Hello and welcome back to TechCrunch Space. What a week! In the same seven-day period, we watched Boeing’s Starliner launch astronauts to space for the first time, and then we…
ma_ko 2010/05/21
google
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次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ - Loud Minority
2010/5/25．EST assem blerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました．少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります．主に2つの用途があると思います．ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
ma_ko 2010/05/21
bioinformatics

ngs

まとめ
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Maqの使い方まとめ - BioPerlの駄文
自分用まとめです下調べ GCOEテクニカルセミナーのレジメがすごく役立った(ここ) S.pombe分裂中さんの記事もわかりやすかったです(ここ) 参考にさせていただきましたありがとうございますレファレンスのシークエンスをとってくる Humanのレファレンス配列をUCSCからとることにする UCSC Genome Browser: DownloadsのHuman Genome (hg19, GRCh37) Data set by chromosomeにある染色体毎の配列（chr1.fa.gzなど）をダウンロード解凍して、一つのファイルにまとめておく cat chr*.fa > allchr.fa シークエンサーのデータをとってくるウチには次世代シークエンサーは無いので(^^;)、NCBIのSRA(Short Read Archive)からとってくる今回の目的に合いそうなものとし
ma_ko 2010/05/21
bioinformatics

ngs
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