Discovering disease-disease associations by fusing systems-level molecular data - Scientific Reports
Pathview: An R package for pathway based data integration and visualization
Pathview: An R package for pathway based data integration and visualization The pathview project is hosted at http://r-forge.r-project.org/projects/pathview/ as part of R-Forge. Note that if the new pathview package failed to build on R-forge server, You may always check out either the stable release or the latest development version from Bioconductor. More details on installation and use of pathv
BH11.11/LOAD - TogoWiki
LOAD (Linked Open Alzheimer's disease Data) 晩期発症型アルツハイマー病(Late Onset Alzheimer's Disease)のLinked Open Dataを構築する。 コンセプト http://www.slideshare.net/ogishima/linked-open-alzheimers-disease-data-load-10298597 TODO RDF形式のデータの生成 データソース 遺伝子変異データ: AlzGene (http://www.alzgene.org/) 遺伝子発現データ: NCBI GEO/EBI ArrayExpress - 臨床情報・検査値 シグナル伝達系: AlzPathway (http://alzpathway.org/) 薬剤データ: DrugBank 文献情報: 共起情報 既存のオントロジ
AlzPathway
AlzPathway is a publicly available pathway map that comprehensively catalogs all signaling pathways in the field of Alzheimer's disease (AD). We collected and manually curated over 100 review articles involving in AD, and have built an AD pathway map by utilizing CellDesigner. AlzPathway is composed by thousands of molecules and reactions in neuron, brain blood barrier, presynaptic, postsynaptic,
Cytoscape を使い倒す!〜応用発展編〜
Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。 今回は応用発展編として、大量データの読み込みの仕方、フィルターのかけ方、ネットワークの可視化について説明します。 見どころダイジェスト 00:00 1. Cytoscape で読み込めるファイル形式の説明 00:32 2. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の内容説明 01:08 3. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の読み込み 02:42 4. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の内容説明 03:
Resources for Pathway Analysis, Functional Annotation, and Interactome Reconstruction with Omics Data
Resources for Pathway Analysis, Functional Annotation, and Interactome Reconstruction with Omics Data I just read a helpful paper on pathway analysis and interactome reconstruction: Tieri, P., Fuente, A. D., Termanini, A., & Franceschi, C. (2011). Integrating Omics Data for Signaling Pathways, Interactome Reconstruction, and Functional Analysis. In Bioinformatics for Omics Data, Methods in Molecul
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NETWORK ANALYSIS | Laboratory of Cell Trafficking and Signal Transduction
Cytoscape app · GeneMANIA
Docs - Reactome Pathway Database
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