リクエスト予約希望条件をお店に申し込み、お店からの確定の連絡をもって、予約が成立します。 1 予約の申し込み ご希望の条件を当サイトよりご入力ください。 2 お店からのメール ご予約が承れるか、お店からの返信メールが届きます。 3 お店へ来店 予約が確定した場合、そのままお店へお越しください。
このシリーズは、Cytoscapeを使ってやIPython Notebook、Pandasなどのオープンソースツールを利用し、公開データを元に実際のグラフ可視化を行う過程を紹介する、可視化の実践者向けの記事です。 第一回 第二回 第三回 第四回 Cytoscapeを使った実際の可視化作業の流れ はじめに 誰にでも馴染みのある公開データを使って単純な例を作ろうと思い始めた今回の作業ですが、思いのほかデータ加工が面倒で、実際の可視化作業の解説まで時間がかかってしまいました。今回はいよいよPythonスクリプトから出力されたデータを使い、ファイル経由でCytoscapeにデータを読み込ませて可視化してみようと思います。 今回利用するソフトウェアとデータ 今回は、前回までに作成したデータとCytoscapeのみを利用します。 ソフトウェア Java 7 (現在、Java 8では動かないので注意)
toshiaki katayama @tktym ケンブリッジ大学のCambridge Systems Biology Centre (CSBC)のGosさんのラボに寄らせて頂き、滞っていたBH13論文のTODOを整理。これから軽く飲んで帰国へ。 2014-09-21 00:16:55 toshiaki katayama @tktym BioNode/Datの始め方やJSON-LDやNCBI連携や、、したかったこと色々やり残しつつ時間切れ。やはりハッカソンは最低5日間くらい欲しいな~。ともあれとても有意義でした!来年はISMB/BOSCと… instagram.com/p/tIlTKZo6Cs/ 2014-09-20 01:39:37
さて,前回までの直感RDF!でRDFの概要を学び,イカシタRDFを作成したり,情報収集する方法を紹介しました。今回は,外部のデータと繋げて検索する方法をご紹介します。 目的ー何するの? 今回は今まで作成したRDFのデータを使って,薬のターゲット情報や,特許情報を取得するまでを書いていきたいと思います。 外部のデータのことを知ろう。 外部のデータと繋げていくためには,外部のRDFデータについて知る必要があります。ここでは,薬のターゲット情報が知りたいので,bio2rdfで提供されているdrugbankの情報を見てみましょう。bio2rdfのトップページから,Vioxx [drugbank:DB00533 ]を選択します。右の検索窓に,drugbank:DB00143が表示されると思うのですが,これを自分の手持ちのデータのdrugbank ID - ここでは, drugbank:DB00864
直感シリーズ第二弾,その2です。えっと,次は書くといいながら,300日弱の時が過ぎました。なんやて!(エセ関西弁)。ある程度ネタが集まったので書いていくことにします。 手持ちのデータをRDF化しよう。 実際にRDFを他のRDFと統合しようと思ったら手元のデータのRDF化が必要です。RDF自体の説明は前回のエントリをご覧頂くとして,ここでは,こんなデータを用意してみました。ある薬のデータです。シチュエーションとしては,ある研究所の研究支援部(あくまでFictionにしてあげてください)が支援している薬のデータをRDF化したとします。中身は,ある薬を基準として,その名前,製品名,drugbankID,疾患名,疾患分類であるicd10のIDをつけています。rdf(記法はttl形式)の中身はこうなります。 @prefix drugbank: <http://bio2rdf.org/drugbank
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