brmsというStanのラッパーパッケージで遊ぶ。 概要 例えば、rstanを使う場合はStanコードを別ファイルの.stanに記述してそれを呼び出す形でbayes推定をおこなう。一方、brmsを用いるとStanコードをわざわざ書かなくてもbrmsパッケージの関数を用いればbayes推定ができる。正確には、関数を介して内部的にStanコードを走らせているらしい。そのため、brmsを用いて書いたbayes modelが内部的に持っているStanコードはどうなっているか知りたい場合はそのコードを出力することも可能。 また、指定するための事前分布が豊富に存在するので、例えばStanで記述するのが面倒なゼロ過剰ポアソン分布なども簡単に使えるらしい。 ちなみに、brmsははBayesian Regression Models using Stanの略。 今回、brmsの練習のために「StanとRでベ
はじめに 本記事は、Stan Advent Calendar 2018 16日目の記事です。brmsパッケージを用いたモデリングの方法や、便利機能、ちょっとしたtipsを紹介します。 brmsパッケージのコンセプトは、 ベイズで(Bayesian)、回帰モデルを(Regression Model)、扱おう、 Stanを使って(using Stan) です。 読み方はそのまま「ビー・アール・エム・エス」です(僕は勝手にブラムスと呼んでいますが)。 その名の通り、Stanのラッパーパッケージですが、ユーザは自身でStanコードを書く必要はなく、モデルを指定すると自動的に内部でStanコードが生成され、サンプリングが実行されます。 最近は、brmsを用いて分析した論文も見かけるようになってきました。例えば難波修史さんのこの論文とか Dynamic Displays Enhance the Abi
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