IGVのtips その２ - macでインフォマティクス
2021 2/17 tips追記 IGVをより便利に使う方法はないでしょうかという質問があったので、今日は自分が知っているIGVのtipsをいくつか紹介します。 IGVの公式動画チャンネルがあります。 統合TVでもIGVの基本的な使い方について分かりやすく説明されています インストール IGVのCUIへの導入はcondaで出来ます。ここでは高速なmambaを使います。 mamba install -c bioconda -y igv > igv --help Command line options: Space delimited list of data files to load --preferences, -o Path or URL to a preference property file --batch. -b Path or url to a batch comman
BAM ファイルの読み込み | IGV ブラウザーの使い方
2021.04.16 IGV を利用して BAM ファイルを視覚化する例を示す。マッピング結果として SAM ファイルが得られた場合、まず最初に、これを BAM ファイルに変換する。（BAM ファイルならばこの変換作業を行う必要はない。） samtools view -bS align.sam > align.bam IGV に読み込ませるには、まず BAM ファイルを染色体順にソートし、インデックス付けを行う必要がある。 samtools sort align.bam align.sorted samtools index align.sorted.bam コマンドが正しく実行されると、align.sorted.bam ファイルと align.sorted.bam.bai ファイルが生成される。 次に IGV を起動し、リファレンスゲノムを予め読み込んでおく。次に、メニューから「File
Wetな研究者のための、IGV (Integrative Genomics Viewer) を用いたBamファイルの確認方法 - Qiita
Wetな研究者のための、IGV (Integrative Genomics Viewer) を用いたBamファイルの確認方法igvbioinformaticsngsRNA-seq はじめに 本稿では、IGV (Integrative Genomics Viewer) を用いて、生シーケンスデータ (.fastq) をリファレンスゲノムにマッピングしたファイル、Bamファイルを直感的に確認する方法について解説する。 ワークフロー IGVをインストール samtoolsを用いてBamファイルのソートおよびインデックスの作成 IGVを用いてBamファイルを確認 1.IGVのインストール まず初めに、お使いのパソコンにIGVをインストールする。公式サイト(https://software.broadinstitute.org/software/igv/download 2022年８月22日アクセス
Download PuTTY: latest release (0.81)
Download PuTTY: latest release (0.81) Home | FAQ | Feedback | Licence | Updates | Mirrors | Keys | Links | Team Download: Stable · Snapshot | Docs | Changes | Wishlist This page contains download links for the latest released version of PuTTY. Currently this is 0.81, released on 2024-04-15. When new releases come out, this page will update to contain the latest, so this is a good page to bookmark
Genome Browser Custom Tracks
group=<group> Defines the annotation track group in which the custom track will display in the Genome Browser window. By default, group is set to "user", which causes custom tracks to display at the top of the track listing in the group "Custom Tracks". The value for "group" must be the "name" of one of the predefined track groups. To get a list of allowable group names for an assembly, go to the
Primer designing tool
An official website of the United States government Here's how you know The .gov means it’s official. Federal government websites often end in .gov or .mil. Before sharing sensitive information, make sure you’re on a federal government site. The site is secure. The https:// ensures that you are connecting to the official website and that any information you provide is encrypted and transmitted sec
FTPサイトに置かれているmd5sumとは
FTPサイトからファイルをダウンロードする際に、md5.sumとかSUMS.md5sumといった「md5sum」という単語を含んだファイルを見かけたことがある人もいるだろう。 これは、「メッセージダイジェスト」というファイルの指紋（fingerprint）を記録したファイルだ。メッセージダイジェストは、128bitのチェックサム（ファイル内に含まれるデータの合計）で、FTPサイトに置かれているメッセージダイジェストとダウンロードしたファイルのメッセージダイジェストを比較することで、正常にダウンロードできたかどうかを確認できる。メッセージダイジェストを記録したファイル（ここではSUMS.md5sum）の内容は、以下のようになっている。 f46d8080b45c71db47e77d0281a08c0a BugReport d3c32e2637e2f91baf98daf635efec92 Ins
md5sum【コマンド】とは｜「分かりそう」で「分からない」でも「分かった」気になれるIT用語辞典
簡単に書くよ md5sum【コマンド】とは コンピュータさんに対する命令文（コマンド）のひとつ であり MD5チェックサム（ハッシュ関数のMD5から返ってくる値）を計算するときに使うコマンド です。 MD5（ハッシュ関数のひとつ）を動かすコマンド と言っても良いかもしれませんね。 順番に見ていきましょう。 まずは予備知識として ・ハッシュ関数 ・MD5 ・MD5チェックサム について簡単に説明します。 「そんなの説明されなくても知ってるよ！」な人は適当に読み飛ばしてください。 ハッシュ関数は「入力に対応する適当な値（適当に見える値）を返してくれる関数」です。 例えば、ハッシュ関数に「愛媛みかん」を入れると「3」が返ってくるとしましょう。 同じように「青森りんご」を入れると「4」が返ってきます。 「栃木苺」を入れた場合は「5」が返ってきます。 ハッシュ関数は同じ物を入れれば必ず同じ値が返って
tabix(1) manual page
NAME tabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files SYNOPSIS tabix [-0lf] [-p gff|bed|sam|vcf] [-s seqCol] [-b begCol] [-e endCol] [-S lineSkip] [-c metaChar] in.tab.bgz [region1 [region2 [...]]] DESCRIPTION Tabix indexes a TAB-delimited genome position file in.tab.bgz and creates an index file (in.tab.bgz.tbi or in.tab.bgz.csi) when region is absent from the command-line. The inp
tabix/Mayumi - データサイエンス研修
(base) [mayumi@dumbo ~]$ cd tabix-0.2.6/ (base) [mayumi@dumbo tabix-0.2.6]$ make make[1]: Entering directory '/home/mayumi/tabix-0.2.6' gcc -c -g -Wall -O2 -fPIC -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -DBGZF_CACHE bgzf.c -o bgzf.o bgzf.c: In function ‘bgzf_close’: ... make[1]: Leaving directory '/home/mayumi/tabix-0.2.6' (base) [mayumi@dumbo tabix-0.2.6]$ ./tabix Program: tabix (TAB-delimited file
VCFtools - アメリエフの技術ブログ
tokunagaです。 今日はVCFtoolsについてご紹介したいと思います。 URL:http://vcftools.sourceforge.net/ VCFToolsは、NGSのデータ解析で出力されたVCFファイルを加工するのに役に立つツールです。 VCFtoolsを使用する際にはbgzip、tabixの使用が必要となります。 例えばマージする場合 まずbgzipで固めます。 bgzip $FILE1.vcf bgzip $FILE2.vcf 次にtabixでインデックスを付けます。 tabix $FILE1.vcf.gz tabix $FILE2.vcf.gz これでVCFToolsを実行することが出来ます。 vcf-merge $FILE1.hetero.gz $FILE2.hetero.gz|bgzip -c > $OUT.vcf.gz 前処理はちょっと手間はかかりますが、複数の
Quick-R: Home Page
About Quick-R R is an elegant and comprehensive statistical and graphical programming language. Unfortunately, it can also have a steep learning curve. I created this website for both current R users, and experienced users of other statistical packages (e.g., SAS , SPSS , Stata ) who would like to transition to R. My goal is to help you quickly access this language in your work. I assume that you
R ベクトルxからベクトルyに含まれる要素を抽出%in%と，共通集合intersect()の比較
%in%の実行例 > x <- c(1:10, 3, 6, 7, 9, 2 ,4 ) > x [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 3 6 7 9 2 4 > y <- c(2, 4, 5, 7) > y [1] 2 4 5 7 > a <- x[x %in% y] > a [1] 2 4 5 7 7 2 4 このように，ベクトルxからyに含まれる要素が除かれて，残りはもとの順番に並んでいます． intersect()の実行例 >x <- c(1:10, 3, 6, 7, 9, 2 ,4 ) > x [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 3 6 7 9 2 4 > y <- c(2, 4, 5, 7) > y [1] 2 4 5 7 > a <-intersect(x, y) > a [1] 2 4 5 7
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Pacific Biosciences Glossary of Terms
https://chipster.csc.fi/manual/minimap2.html
Read mapping to a reference — de.NBI Nanopore Training Course latest documentation
Very Early Error
How to use `tabix`.
Homo_sapiens - Ensembl genome browser 112
パスウェイデータベースとは？ – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）