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BAM ファイルの読み込み | IGV ブラウザーの使い方
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BAM ファイルの読み込み | IGV ブラウザーの使い方
2021.04.16 IGV を利用して BAM ファイルを視覚化する例を示す。マッピング結果として SAM ファイルが得... 2021.04.16 IGV を利用して BAM ファイルを視覚化する例を示す。マッピング結果として SAM ファイルが得られた場合、まず最初に、これを BAM ファイルに変換する。(BAM ファイルならばこの変換作業を行う必要はない。) samtools view -bS align.sam > align.bam IGV に読み込ませるには、まず BAM ファイルを染色体順にソートし、インデックス付けを行う必要がある。 samtools sort align.bam align.sorted samtools index align.sorted.bam コマンドが正しく実行されると、align.sorted.bam ファイルと align.sorted.bam.bai ファイルが生成される。 次に IGV を起動し、リファレンスゲノムを予め読み込んでおく。次に、メニューから「File