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伊達騒動「分類学・系統学・生態学」 イントロダクション：分類学者・系統学者への質問 （酒井聡樹） 分類学・系統進化学・生態学の接点を目指して：新大陸マメゾウムシ科の寄主植物利用から見た群集構造 （嶋田正和） 分類学と系統学：ある蜜月の終焉 （三中信宏） これから植物分類学はどこへ行くべきか？ （村上哲明） 分類体系・種と「分類学」 （横山 潤 ） 若手学生の感想
Cladistic Archaeology : Handouts and Other Materials
日時：2005年4月21日（木）から毎週木曜 13:00〜15:00 に開講（2006年1月5日閉講） 場所：農業環境技術研究所・地球環境部・環境統計ユニット（つくば市観音台 3-1-3） 教材：下記の本を教科書として用いる — Michael J. O'Brien and R. Lee Lyman (2003) Cladistics and Archaeology The University of Utah Press, Salt Lake City, xxiv+280 pp., ISBN:0-87480-775-1→書評・目次 シラバス 生物体系学において理論・実践の両面で進展してきた系統推定論（系統樹を推定する科学）は，変化を伴う由来という歴史的過程に対しては普遍的に適用可能である．このことは，系統推定論が単に生物の進化的系統関係の推定だけではなく，無生物の
http://sayer.lab.nig.ac.jp/~shinka/journal/shinka-3/Comment-Naomi.text
形質の極性決定は分岐分類学の根幹ではなくなったのか？ 三中信宏氏の書評へのコメント 直海 俊一郎 (Naomi Shun-Ichiro) 千葉県立中央博物館 動物学研究科 SHINKA (Vol.3, No.3) に掲載された三中信宏氏によるWiley et al. (1991)［宮正樹訳, 1992］の書評（三中, 1993）を読んでいたところ，「おや？」と思われる一文がありました。それは外群比較アルゴリズムについ て説明する項においてですが， 『形質の極性決定(polarization) すなわちどの形質が相対的に原始的／派生的であるのかの推定は，従来は分 岐分類学の根幹であると考えられてきた作業でした（“過去形”に注意してください）』 という文章です(p. 129)。この文章について古典分岐学や北欧分岐学（後述）を支持する立場から本稿にお いてコメントを試みたいと思います。 上述
胚発生過程と化石記録から解き明かされたカメの甲羅の初期進化 | 理化学研究所
胚発生過程と化石記録から解き明かされたカメの甲羅の初期進化 －カメの背中の甲羅は肋骨成分のみから進化してきたことが明らかに－ ポイント カメの背側の甲羅（背甲）は肋骨が拡張・変形してつくられ、皮骨の付加はない 三畳紀爬（は）虫類の一種にもカメと同様の背甲があった 発生学と古生物学の発見が結びつき、初期進化の過程がより鮮明に 要旨 理化学研究所（理研、野依良治理事長）は、カメの胚発生過程の組織学的な解析と三畳紀[1]の化石記録の調査を行い、カメの甲羅が他の脊椎動物に見られる皮骨[2]成分を含まず、純粋に肋骨が拡張し変形することで進化してきたことを明らかにしました。これは、理研発生・再生科学総合研究センター（竹市雅俊センター長）形態進化研究グループの倉谷滋グループディレクター、平沢達矢研究員と、新潟大学医歯学総合研究科の長島寛助教ら研究グループによる成果です。 脊椎動物の進化の歴史の中では、ア
Archaeopteryx no longer first bird : Nature News
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ゲノム解読から明らかになったカメの進化 | 理化学研究所
ゲノム解読から明らかになったカメの進化 －カメはトカゲに近い動物ではなく、ワニ・トリ・恐竜の親戚だった－ ポイント カメの祖先はワニ・トリ・恐竜のグループと約2億5千万年前に分かれ進化 特異な形態を持つカメも脊椎動物の「基本設計」を守りながら進化 爬虫類で初めて哺乳類に匹敵する数の匂い受容体を発見、陸上動物最多クラス 要旨 理化学研究所（理研、野依良治理事長）は、カメ類2種（スッポンとアオウミガメ）のゲノム解読を行った結果、カメの進化の起源と甲羅の進化に関して遺伝子レベルの知見を得ることに成功しました。これは、理研発生・再生科学総合研究センター（竹市雅俊センター長）形態進化研究グループの倉谷滋グループディレクターと入江直樹研究員、中国ゲノム研究機関BGI、英国ウェルカムトラストサンガー研究所、欧州バイオインフォマティクス研究所らをはじめとする国際共同研究グループによる成果です。 爬虫（はち
ふわふわ海面を漂う貝の進化 - 蝉コロン
科学, 動物アサガオガイ。朝顔みたいなキレイな紫色。英名purple snailです。こいつらの生活様式は変わっていて、粘液を分泌して泡を捕まえ浮き袋を作り、それにぶら下がってふわふわ海面を漂うんです。ふしぎ！同じく海を漂うクラゲを食べるそうで、カツオノエボシなんかも餌食になる。カツオノエボシってマンボウにも食べられてたよね。案外弱いな。動画：ARKive - Portuguese man o’ war video - Physalia physalis - 11b（埋め込めない）http://en.wikipedia.org/wiki/Janthina_janthina このアサガオガイの浮き袋が進化の過程でどうやってできてきたかってのが今回の報告。 Current Biology - Females floated first in bubble-rafting snails 彼らはD
パン袋クリップ（Occlupanida）の系統樹 - archief voor stambomen
HORG - The Holotypic Occlupanid Research Group : A Database of Synthetic Taxonomy なるヒミツ機関では，スーパーなどでパン袋の口を留めているクリップである「occlupanids」の分類と系統を日夜研究しているという： http://www.horg.com/horg/ https://www.facebook.com/occlupanid Occlupanida の語源は「Occlu=to close, pan= bread」である．汎世界的に分布するこの分類群は形態・分類・系統に関してすでに知見が蓄積されていて，上記サイトで公開されるとともに，査読誌にも掲載されている： Larisa M Lehmer, Bruce D Ragsdale, John Daniel, Edwin Hayashi, Robert
いつまでも落ち着けないクシクラゲ | 5号館を出て
Natureという雑誌は進化の話題が好きで、しょっちゅう取り上げるのですが、新しい研究成果は話題性を狙いがちになることが多いものなので、時間がたってみると反論や否定する説が出てしまうこともまた多いということになります。 2008年には、私もこのブログで取り上げたのですが、もっとも原始的な多細胞生物とされることが多いカイメンよりも、2本の触手を持って左右相称動物の先祖と思われるようなクシクラゲ（上の写真参照：これは一般に「海のグースベリー」と呼ばれるクシクラゲ）がより原始的なグループであるという論文が出ています。 しかし、残念ながらその翌年にはCell Pressから出ているCurrent Biologyにやっぱりカイメンのほうがクシクラゲよりも原始的だという反論の論文が出ています。そして、ここではクシクラゲはクラゲと同等のカイメンの後に出現した動物という位置に落ち着いています。 いずれも遺
系統樹を混乱させるペニスウォーム:科学ニュースの森
2012年10月28日 系統樹を混乱させるペニスウォーム 背景： 科学技術は日々発展しているため、それまで正しいと考えられていたものが実は間違っていたということはしばしば起こる。進化生物学においては遺伝的な研究技術の発展が定説を覆す大きな要因の1つとなっている。 要約： 生物は発生学的・形態学的な特徴から分類されている。動物の胚の成長時での小さな変化は後に大きな変化となって現れる。例えば進化の過程での大き な前進の1つに、胚が成長するときに2つのくぼみを作ることにあり、それによって口と肛門が分けられるようになり、動物は原始的なクラゲやイソギンチャク から進化した。 その後口と肛門が分けられたグループは更に、殆どの無脊椎動物を含む口が最初に形成されるグループから、脊椎動物を含む肛門が最初に形成されるグループへと別れ、1908年にそれぞれ旧口動物・新口動物として分類された。 しかしそれぞれの細
生物種固有のはずの「16S rRNA」が異種生物のものと置換可能 - 産総研など
産業技術総合研究所(産総研)は10月30日、大阪大学(阪大)の協力を得て、生物種に固有と考えられてきた「16SリボソーマルRNA(rRNA)遺伝子」を異種生物由来のものにより置き換えることが可能であることを発見したと発表した。 成果は、産総研 生物プロセス研究部門 合成生物工学研究グループの宮崎健太郎研究グループ長、同・安武義晃主任研究員、阪大大学院 情報科学研究科の北原圭研究員(前・産総研特別研究員)らの研究グループによるもの。研究の詳細な内容は、日本時間10月30日付けで米国科学雑誌「米科学アカデミー紀要(PNAS)」にオンライン掲載された。 画像1。リボソーム30Sサブユニットの立体構造。リボソーム30Sサブユニットは、16S rRNA(緑)と21のタンパク質(白)から構成される超分子複合体だ リボソームは全生物が持つ細胞小器官であり、核酸にコードされた遺伝情報を機能(タンパク質)へ
New Study Reveals Evolution of Lizards and Snakes
New Study Reveals Evolution of Lizards and Snakes Sep 18, 2012 - 7:00:00 PM STONY BROOK, NY, September 18, 2012 – A new study, published online in Biology Letters on September 19, has utilized a massive molecular dataset to reconstruct the evolutionary history of lizards and snakes. The results reveal a surprising finding about the evolution of snakes: that most snakes we see living on the surfa
ウイルスは退化しているもののやはり生物だった | 5号館を出て
私は持論として「ウイルスは生物」です。もちろん教科書にははっきりと「生物ではない」と書かれたものがまだまだ多いですから、試験に出た時には「ウイルスは生物ではないと考えられている」と書いておいたほうが無難なのですが、その「常識」を根底から覆すような論文が出ました。 Giant viruses coexisted with the cellular ancestors and represent a distinct supergroup along with superkingdoms Archaea, Bacteria and Eukarya Arshan Nasir, Kyung Mo Kim and Gustavo Caetano-Anolles BMC Evolutionary Biology 2012, 12:156 doi:10.1186/1471-2148-12-156 Pub
全ゲノムで系統樹を描く意味？ - 啐啄同時
ひとつの遺伝子の塩基配列データで系統樹を描いても、誤差が大きく、ブーツトラップ値がなかなか高く出てきません。したがって、遺伝子をふたつにし、三つにし・・と増やしていっての究極が全ゲノムとなります。つまり、全ゲノムの塩基配列データを用いれば、真実の系統樹を描くことができるはずと思ってしまいます。しかし、まさに、これが幻想の始まりなのです。 コアレッセンス理論が示すように、全ゲノムを用いたとしても、系統関係はある確率でしか決まらないのです。
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Defining and redefining monophyly: Haeckel, Hennig, Ashlock, Nelson and the proliferation of definitions
Le coelacanthe : un « presque fossile vivant » : : Le Dinoblog
Scientists had fossil backbone backwards
諸言語の源「祖語」をコンピューターで復元
－中国の吉祥文様－ 龍袍
http://www.arcvision.jp/bukiken2004.html