PyMolで3D PSAを計算しようとする話 - magattacaのブログ
先日の記事で、下記文献を例に3次元構造の指標であるRadius of gyrationについて取り上げました。 論文1) Solution Conformations Shed Light on PROTAC Cell Permeability Yoseph Atilaw, Vasanthanathan Poongavanam, Caroline Svensson Nilsson, Duy Nguyen, Anja Giese, Daniel Meibom, Mate Erdelyi, and Jan Kihlberg ACS Medicinal Chemistry Letters Article ASAP DOI: 10.1021/acsmedchemlett.0c00556 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsmedchemlett.0c00556
PyMOL 基本操作
タンパク質を表示する ファイルを開く File → Open からpdbファイルを開く リボン図を表示する 最初の状態では水分子を含めたすべての分子が表示されており、タンパク質はlines表示となっています。そこで、一度すべて非表示にしたうえでリボン図を表示します。 オブジェクトパネルより 1.Hide → all 2.Show → cartoon 非タンパク質分子を表示する cartoon表示ではタンパク質分子しか表示されないので、非タンパク質分子を選択して別途表示します。 External GUIより 1.Display → Sequence 2.目的の分子をクリックして反転 3.(sele)の Show → sticks セッションの保存、画像の保存 セッションの保存 External GUIより 1.File → Save session as 2.ファイルの種類PyMOL Ses
Unicodeでは濁点や半濁点を別扱いしてることがあるので結合した - はてなの鴨澤
PDFをテキストに変換して使うことがときどきあります。 今日処理してたPDFな電子書籍の中に、テキストデータは持っているのに、なんかしらんけど検索がうまくかからないことが多い、という変なファイルがありました。ぜんぜん検索できないならまだわかるんだけど、できる検索語とできない検索語があるかんじ。 pdftotextでテキストファイルにしてみたところ、なんとこのテキストファイルが同じように検索できたりできなかったりする。さすがにちょっと不思議。 で、「が」という文字が入ってると検索がかからないのに気がついたので、「が」だけ切り出したテキストファイルを作り、ほかに普通のエディタで「が」だけ入力したテキストファイルを作って、PythonでUnicodeコードポイントを見てみました。ga.txtが検索のかからないもの、ga2.txtがかかるものです。 >>> for line in open('ga
Pipenvを使ったPython開発まとめ - Qiita
はじめに 今年は複数人でいっしょにPythonを使って開発を行う機会があったのですが，そのときに導入したPipenvがいい感じでしたので一通りの基本操作についてまとめてみようと思います．個人での開発でも有効だと思いますが，複数人で開発するときに便利かなと感じたところも多かったので，そういう視点も入れながらまとめてみました． ※個人的にチームでの開発でよかった内容にをつけています． Pipenvとは Pythonで開発するときに，プロジェクト毎のパッケージ管理や仮想環境の構築を簡単に自動で行ってくれるツールです．Node.jsのnpmなんかを使ったことがあればイメージがわきやすいと思います． パッケージのインストールならpip，仮想環境の構築ならvirtualenv（venv）を使えば対応できますが，pipenvはそれらをまとめてより簡単に扱えるようにサポートしてくれます．またnpm-scr
自然な日本語ダミーテキストを生成するWebアプリを作りました
こんな感じの文章を自動生成できます。 二人の男女を一様に観察していました。私は仕方なしに立って、再び封の中へ、自分の左右前後を見廻して母の頭は陛下の病と父の病と父の病とを結び付けて考えるのが変に気味が悪かったのです。固よりそこにはまるで解りませんけれど、おそらくそんな意味じゃないでしょう。私の考えは行き詰まればいつでも両方が同時に奥さんのいる事をとうから自覚していました。先生の附近で盗難に罹ったものが、僻んだ私の眼を擦りました。それでも鷹揚に育った私は、もっと海の中で遊んでいられるか、宅へ帰って食卓に向った時、両親の死に断えた私の卒業する前に、また一種の弛みができても、決して強い言葉で説明しました。 モチベーション 同じようなツール・サービスはいくつも公開されていますが、ほとんどが以下の 3 つの方式を採用しており、個人的にはあまり満足できていませんでした。 短い定型文の繰り返し: 一種の
PDFからテキストデータをうまく抜けるか実験（pdfminer.six)／Pythonサンプル - SE_BOKUのまとめノート的ブログ
目次 PDF形式のデータから、テキストを抜き出す Pythonで使えるPDFライブラリ比較 pdfminer.six pdfminer.six付属のツールpdf2txt.py pdfminerを使ったPythonプログラム シンプルなレイアウトのPDFで試す 2段組みの複雑なPDFで試す 結論：プログラムのインプットにPDFは不適 理由１：うまくいくPDFとうまくいかないPDFがある 理由２：特にうざい2バイト文字が化ける問題 PDF形式のデータから、テキストを抜き出す PDF形式のデータから、テキストを抜き出して、何か処理する時のインプットデータにできないかと試してみた結果のご報告です。 一口にPDFと言っても、様々なバージョンがあります。 暗号化もできます。 ja.wikipedia.org そいういうバリエーションを吸収しないといけないなどと考えると、プログラミングでデータで使うには
PDFをPython（PyPDF2）で操作する - PDF・暗号化PDFファイルの読み込み
今回はPDFファイルをPythonで操作する方法を紹介したいと思います。 事前準備まずは事前準備を行いましょう。 なお、実行環境との依存モジュールのバージョンは以下として話を進めます。 python 3.6PyPDF2 1.26.0PyPDF2のインストールPythonでPDFファイルの操作をする時には PyPDF2 を使います。 PyPDF2 は PDFファイルからの情報の抽出既存のPDFを操作し、新しいファイルを生成するを得意としています。 それでは、 pip コマンドでモジュールをインストールしましょう。 PDFファイルの準備読み込めそうなPDFファイルを入手しましょう。 今回は アメリカ大統領からの大統領令のページ から任意の大統領令のPDFファイルをダウンロードします。 見た目はこんな感じです。全部で3ページほどありました。 PDFファイルを読み込むファイル読み込みを早速やってみ
Python, pypdfでPDFのパスワードを設定・解除（暗号化・復号） | note.nkmk.me
Pythonのサードパーティライブラリpypdf（旧PyPDF2）を使うと、PDFファイルのパスワードの設定や解除（暗号化・復号）ができる。 py-pdf/pypdf: A pure-python PDF library capable of splitting, merging, cropping, and transforming the pages of PDF files 既存のPDFファイルにパスワードを設定して保護したり、パスワード付きの暗号化されたPDFファイルをパスワードなしのPDFファイルとして保存したりすることが可能。あくまでも既知のパスワードを使って解除するだけで、パスワードが分からない場合は解除できない。 ここでは以下の内容について説明する。 pypdfのインストール pypdfによるパスワード処理の制約 PDFファイルが暗号化されているか確認 PDFファイルにパス
動画の無音部分を自動でカットする – なんてこったい
動画内に一定時間無音が続くシーンがあったら自動でカットするプログラムをPython(Google Colab)でプロトタイピングしてみることにした。 方針 下記のステップで、無音シーンの自動カットを試してみることにした。 動画ファイルの音声トラックを抜き出す音声トラックを分析して、「カットしても良さそうな箇所」を探す元の動画ファイルから、「カットしても良さそうな箇所」以外の箇所を抜き出してつなげる なお、検証にはじんぼくんがTwitter / TikTokにアップロードしているこちらの動画の編集前の素材を使わせてもらった。 【30秒でペラッペラ英会話 道案内編】 日本語でも難しいんだから英語でなんかムリよ。そんな時は文明の利器。 pic.twitter.com/CfwsrALIUK — じんぼぼんじ(ジョージP)@DJ新橋のお友だち (@jimbobonji) May 30, 2020 動
ExcelのPythonJupyter Notebook
ExcelのPythonJupyter Notebook JupyterをMicrosoftExcelに埋め込み、VBAの代わりにPythonを記述します 以前は、ExcelとPython JupyterNotebooksの間の「どちらか/または」の選択でした。PyXLL-Jupyterパッケージの導入により、両方を並べて使用できるようになりました。 この記事では、Excel内で実行されるJupyterNotebookをセットアップする方法を紹介します。2つの間でデータを共有し、ExcelワークブックからJupyterノートブックに記述されたPython関数を呼び出すこともできます。 入門 まず、ExcelでPythonコードを実行するには、PyXLLアドインが必要です。PyXLLアドインを使用すると、PythonをExcelに統合し、VBAの代わりにPythonを使用できます。PyXLL
Chainer - Wikipedia
Chainer（チェイナー）は、ニューラルネットワークの計算および学習を行うためのオープンソースのソフトウェアライブラリである。バックプロパゲーション（誤差逆伝播法）に必要なデータ構造をプログラムの実行時に動的に生成する特徴があり[4]、複雑なニューラルネットワークの構築を必要とするディープラーニング（深層学習)で用いられる[3][1]。Python 2.x系および3.x系から利用でき[要出典]、GPUによる演算をサポートしている[3][5]。株式会社Preferred Networks（PFN）からリリースされている[5][1]。2019年12月5日、開発元のPFNはフレームワーク開発を終了してChainerはメンテナンスフェーズへ移行すること、自社はChainerからFacebookが主導するPyTorchに順次移行することを発表した[1]。 Chainerは"define-by-ru
簡単にモザイク処理を無効化できる「Depix」でモザイクをかけた文字列を突き止めてみた
シリアルナンバーやパスワードが写った画像の公開時によく利用される「モザイク処理」は、文字を判読不能にするため安全に思えます。しかし、実はモザイク処理には元画像の文字列を突き止めることができる「落とし穴」が存在します。画像の文字列に施されたモザイクを簡単に外せるツール「Depix」は、その落とし穴からモザイク処理によるセキュリティを突破しています。 GitHub - beurtschipper/Depix: Recovers passwords from pixelized screenshots https://github.com/beurtschipper/Depix Recovering passwords from pixelized screenshots https://www.linkedin.com/pulse/recovering-passwords-from-pixel
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CID問題 - 西尾泰和のScrapbox
なぜ多くの若いフリーランスは、C#やJavaのような優れた言語ではなく、Pythonのような信頼性が低い言語を使いたがるのでしょう？
無料で曲からボーカルが抜ける音楽素材分離エンジン「Spleeter」公開 iZotope RX 7との違いは？ | block.fm