WSL上のcronで時刻を定期的に修正する
を実行する必要があります。-sは--hctosysの短縮オプションで、システムクロックをハードウェアクロックに合わせるものです。で、これを毎回気が付いた時にやるのは面倒なので、cronで定期実行したいですね。でも、WSLはデフォルトでcronが動いていません。これをなんとかしましょう、という話です。 sudo hwclockをパスワードなしに まず、hwclockによるハードウェアクロックへのアクセスにはroot権限が必要なので、sudo hwclockする必要があります。すると、パスワードが要求されてしまいます。これではcronに載せられないので、パスワードなしに実行できるようにしましょう。事前にhwclockのパスを調べておきます。 場合によって/usr/sbin/だったりするようです(18から20に上げたりすると場所が違う？)。 次に/etc/sudoersを編集します。編集に失敗す
スパコンによる大規模分子動力学計算の現状
はじめに 最近、以下の新しい論文を投稿しました。 Effects of polymers on the cavitating flow around a cylinder: A Large-scale molecular dynamics analysis 高分子が円柱を過ぎる流れに対して与える影響を分子動力学法で解析したものです。私も共著者には入っていますが、筆頭著者である浅野さんが中心となって計算、解析したものです。 計算規模は、概ね100ノード20万コア5億原子100時間/1ランを複数回実行するくらいです。この論文は物理の論文ですが、本稿ではこの計算の「大きさ」についてつらつら書いてみようと思います。 分子動力学法の計算コスト この論文で用いられている計算手法は分子動力学法(Molecular Dynamics method, MD)と呼ばれるもので、原子の間に働く力を計算し、位置を
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