気の向くままに
ツールアップデートめんどいので、なるべく CUI からいけるように付記したバージョンを書き起こした。 FastQC http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/ FASTX-Toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/ Burrows-Wheeler Aligner http://bio-bwa.sourceforge.net/ https://github.com/lh3/bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.git bwa-0.6以降では SOLiD/colorspace 対応がなくなっている様子 (オプションとしては見えるが、README か NEWS にそう書かれている)。必要な場合は bfast や bwa-0.5.10な
XWiki Enterprise最新版登場、企業採用も期待できるWikiシステム | エンタープライズ | マイコミジャーナル
The XWiki Development Teamは17日(オランダ時間)、XWiki Enterpriseの最新版となるXWiki Enterprise 1.2を公開した。XWiki EnterpriseはJavaで開発されたエンタープライズクラスのWikiシステム。Wikiの機能以外にも全文検索、プラグインサポート、プログラミングサポート、スキンサポート、コラボレーション機能の提供といった特徴がある。GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE Version 2.1のもとでオープンソースソフトウェアとして公開されている。 XWiki Enterprise 1.2ではパフォーマンスが改善されているほか、Confluenceとの相互接続性の向上、XMLRPCインタフェースの改善、削除されたドキュメントに対するリサイクルbin機能の導入、ユーザ/グループ追加と権限管
ゆーすけべー日記: YourAVHost その後
サキとは彼女の自宅近く、湘南台駅前のスーパーマーケットで待ち合わせをした。彼女は自転車で後から追いつくと言い、僕は大きなコインパーキングへ車を停めた。煙草を一本吸ってからスーパーマーケットへ向かうと、ひっきりなしに主婦的な女性かおばあちゃんが入り口を出たり入ったりしていた。時刻は午後5時になる。時計から目を上げると、待たせちゃったわねと大して悪びれてない様子でサキが手ぶらでやってきた。 お礼に料理を作るとはいえ、サキの家には食材が十分足りていないらしく、こうしてスーパーマーケットに寄ることになった。サキは野菜コーナーから精肉コーナーまで、まるで優秀なカーナビに導かれるように無駄なく点検していった。欲しい食材があると、2秒間程度それらを凝視し、一度手に取ったじゃがいもやら豚肉やらを迷うことなく僕が持っているカゴに放り込んだ。最後にアルコール飲料が冷やされている棚の前へ行くと、私が飲むからとチ
東大理１の真実：ドラゴン桜 | On Off and Beyond
３巻までしか読んでないのですが、本当すぎて笑った。落ちこぼれを１年で東大理１に入れるべく特訓するというマンガ「ドラゴン桜」。 なぜ落ちこぼれなのに、面倒くさそうな数学やら化学やら物理やらがある理１なのか？ それは理１が東大の中で一番簡単だから。 多分いろいろな人が既に書いていることと思いますが、これ本当なんですよね。 私も理１だったのだが、自分が受かった時は、「あらら、あんなんでよかったの？」となんだか拍子抜けしました。というのも、私も受験勉強は「（ほとんど）教科書一本やり」だったから。 学校でもらった教科書と問題集を、ちゃんと読んで解く、というのが基本。後は月一くらいで受けてた模試の復習と、通信添削のZ会の国語だけ。 Z会はなぜ国語だったかと言 うと、一科目でもとると確か全教科の問題の解説がついた冊子を送ってくるので、どれでもいいから一個とろう、と。で、Z会の一番難しいレベルだと、受験に
Firefox3のクロスサイトXMLHttpRequestの仕様 - bits and bytes
補足 2008.3.28 Cross Site XMLHttpRequest (XHR) Removed From Firefox 3 | Robert Accettura’s Fun With Wordageによると、最近XMLHttpRequestの仕様ドラフトに変更があり、Firefox3のリリース(今のところ6月の予定だとどこかで読みました)には実装が間に合わなそうなので、Firefox3の初期バージョンにはCross Site XMLHttpRequestは載らないことになったそうです。 Firefox3ではドメインが異なっていてもXMLHttpRequestでリクエストが出せるのをmal_blue@tumblrで知りました。 すごいじゃーんというわけでJohn Resig - Cross-Site XMLHttpRequestに書かれている使いかたを参考にちょっといじってみま
ガイジンが「萌え」を理解した瞬間に立ち会った - GAME NEVER SLEEPS
会社のラウンジで日本人の同僚とコーヒーを飲んでいると、米国人テスターでありアニメ・マンガオタクのSが話しかけてきた。 「ハイ、ガイズ、"MOE"についてちょっと聞きたいんだけど......」 「……何？『萌え』？」 同僚がメガネをクイとあげた。目が光った。何を隠そう、彼は萌えにはちょいとうるさい男なのである。俺は彼を「師匠」と呼ぶ。人によっては「アニオタ」と呼ぶ。 「女の子に使う"MOE-RU"てのは、どういう意味だい？"KAWAII"とは違うの？」 師匠がメガネを拭きはじめた。おそらく、今、彼の頭の中は、「萌え」についての大量の言説や独自の解釈が渦巻いているのだろう。 「ふむ、"MOE"か……。その単語は一般的に言えば、『行動を好ましく感じる』という意味であるな。ただし、言葉の定義よりもSが自分で『萌え』を感じることが大事だと思う。」 なるほど、たしかに。 「うーん……、でも、みんなが盛
2008-01-17
java-jaと同じのりで参加だけしてみるか？とも思いましたが、冷静に考えるとStrutsのコードもまともに読んだ事の無いとか、Pythonとかそもそもプログラミングの基礎について驚くほど無知な（未経験でこの業界に入って以来、体で覚えるSIerだったせいか、実はビット演算もちゃんと理解していないorz）僕なんかが、Apache Wicketのソースコードによるコントリビュートのお手伝いなんか出来る訳が無い。 という訳で、以前書いた2008年目標の中にWicket勉強も追加する。 多分、僕がWicketに感じた魅力とTeedaに感じた魅力は同じものです。 Coldfusionを鬱陶しく思いつつ、それでもその仕事から某メソッド*1を使って逃げ出さないのは、画面のイメージとソースコードの乖離を防ぎたいという想いから、だと思ったです。 お客様にお伺いをたてる場合、最も手っ取り早く、かつ強力なツール
巷で話題の anything.el を使ってみた ― ありえるえりあ
anything.el って何？ 「open anything」できるようになるらしいのですが、少し抽象的で分かりづらいと思います。簡単に言えば、複数の機能をひとつのインターフェースに統合してしまうということです。例えば、 M-x anything RET emacs と入力すれば、 find-file の候補として ~/.emacs 、 Info の候補として Emacs などが列挙され、さらに絞りこんだり、十字キーで直接選択して実際の機能を利用したりします。 動作原理 antyhing は入力されたパターンと anything-sources に定義されている複数の機能を使ってインクリメンタルに候補を生成します。つまり文字を入力してパターンを更新するたびに新しい候補が出てくるのです。 anything-sources は基本的に名前と候補関数のリストで構成されており、具体的な機能は候補
今anything.elがアツい - http://rubikitch.com/に移転しました
Anythingというelispが活発に開発されている。それは、ひとつのキーであらゆる動作をまとめてしまうもの。たとえば、find-file, bookmark-jump, switch-to-buffer, recentfなどの情報源をひとまとめに。 M-x anythingして開きたいファイルの部分文字列を入れると、あらゆる情報源からマッチするものを選択できるようになる。 anything.elは汎用的にできているので「ファイル」に関する操作ばかりではない。ユーザ定義次第で「なんでも」まとめてしまえるとのこと。 1ヶ月前にプロトタイプが出て以来、普段は静かなgnu-emacs-sourcesメーリングリストが祭りになっている。これはちょっとした事件だ。 最初、「open anything」という説明だけを見てどうせwindozeのファイル関連づけとかそんなんだろとタカをくくっていたが、
MOONGIFT: � Facebook発のアニメーションJavaScriptライブラリ「FBJS/Animation」:オープンソースを毎日紹介
2007年、最も勢いがあったWebサービスと言えば、Facebookではないだろうか（twitterもあるが、金銭的な話も含めるとやはりFacebookかと）。このFacebookでは各所に楽しいJavaScriptアクションが仕込まれている。 先日のFaceboxは、そんなFacebookのアクションを真似た物だったが、今日紹介するのはFacebookオリジナルだ。 今回紹介するオープンソース・ソフトウェアはFBJS/Animation、Facebook内でも使われているアニメーションライブラリだ。 FBJS/Animationの特徴は、何といってもそれ単体で動作する点にある。prototype.jsやjQueryのような統合ライブラリは必要としない。圧縮して12KBと若干大きめではあるが、単一ファイルで提供できるのは素晴らしい。 使い方としてはjQueryライク（恐らく）なメソッドをチ
2008-01-17
java-jaと同じのりで参加だけしてみるか？とも思いましたが、冷静に考えるとStrutsのコードもまともに読んだ事の無いとか、Pythonとかそもそもプログラミングの基礎について驚くほど無知な（未経験でこの業界に入って以来、体で覚えるSIerだったせいか、実はビット演算もちゃんと理解していないorz）僕なんかが、Apache Wicketのソースコードによるコントリビュートのお手伝いなんか出来る訳が無い。 という訳で、以前書いた2008年目標の中にWicket勉強も追加する。 多分、僕がWicketに感じた魅力とTeedaに感じた魅力は同じものです。 Coldfusionを鬱陶しく思いつつ、それでもその仕事から某メソッド*1を使って逃げ出さないのは、画面のイメージとソースコードの乖離を防ぎたいという想いから、だと思ったです。 お客様にお伺いをたてる場合、最も手っ取り早く、かつ強力なツール
注目集める「Ubuntu Linux」，デスクトップ版とサーバー版の違いを探る
写真2 Ubuntu Server Editionのインストーラ。インストールはテキスト・ベースで行う。また，LAMP構成でWebサーバーを簡単に構築することが可能だ。 デスクトップ用Linuxとして注目を集めるLinuxディストリビューションに「Ubuntu」がある。国内でもUbuntuをプリインストールしたパソコンが発売される（関連記事）など，今後の利用拡大が見込まれるが，実はUbuntuには「デスクトップ版（Ubuntu Desktop Edition）」と「サーバー版（Ubuntu Server Edition）」の2種類がある。デスクトップLinux用途などで普及しつつあるのはその名の通りデスクトップ版だが，改めてサーバー版に着目し，デスクトップ版との違いを調べた。 サーバー版のISO形式のイメージ・ファイルをダウンロードしてインストール・メディア（インストールCD）を作成してみ
Yahoo!が「OpenID」に対応，「Yahoo! ID」で外部サイトを利用可能に
米Yahoo!は米国時間1月17日，シングル・サインオン（SSO）技術「OpenID 2.0」に対応すると発表した。これにより，同社の各種サービス向けID「Yahoo! ID」でさまざまなOpenID対応Webサイトにログインできるようになる。 まず1月30日にベータ運用を開始し，外部サイトでYahoo! IDを利用可能とする。その後，OpenID対応サービスを拡充していく。全世界で発行アカウント数2億4800万個のYahoo! IDがOpenIDに対応すると，OpenIDアカウント数は現在の3倍に相当する3億6800万個に増える。 外部のOpenID対応Webサイトで認証を受ける際，電子メール・アドレスやインスタント・メッセージング（IM）ユーザー名などの情報を入力する必要はない。また，Yahoo!ユーザー向けセキュリティ機能「sign-in seal」も併用できるので，フィッシング・サ
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Seamのネスト化されたカンバセーションとタイムアウトを理解する
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TechCrunch | Startup and Technology News
http://kengo.preston-net.com/archives/003521.shtml
Apache Wicket 1.3 Released
blog:dashorst • Wicket news roundup