概要 2017年8月9日に国立がん研究センターは、がん治療拠点の約半数にあたる全国188の病院について、癌患者の5年後の生存率データを初めて公表しました（毎日新聞の記事）。報告書は国立がん研究センターが運営するウェブサイトからダウンロードできます（ここ）。報告書をダウンロードしようとすると注意点を記したポップアップが表示されます。大切な部分を抜粋すると以下です。 本報告書には、施設別の生存率を表示していますが、進行がんの多い少ない、高齢者の多い少ないなど、施設毎に治療している患者さんの構成が異なります。そのため、単純に生存率を比較して、その施設の治療成績の良し悪しを論ずることはできません。 一般に高齢者が多い病院ほど、進行癌（ステージが進んだ癌）が多い病院ほど、その病院の生存率は下がるわけです。それならば、統計モデリングで年齢と進行度（ステージ）の影響を取り除いて（専門的な言葉で言えば「調

比較的読みやすい本を中心に紹介します。今後は毎年このページを更新します。 微分積分 高校数学をきちんとやっておけばそんなに困ることないような。偏微分とテイラー展開は大学演習のような本でしっかりやっておきましょう。ラグランジュの未定乗数法のような、統計・機械学習で必要になる部分は、ネット等で学べばいいかなと思っています。 線形代数 tensorflowなどのおかげで順伝播部分（行列積および行列とベクトルの積）さえ書ければ線形代数の知識はそこまでいらないんじゃないかという流れを感じます。しかし、主成分分析やトピックモデルなどの行列分解や、ガウス過程などのカーネル法のような様々なデータ解析の手法に一歩踏み込むと、きちんとした勉強が必要になります。理解しやすくて使いやすくて、統計や機械学習への応用を主眼においた線形代数の本はまだ見たことないです。機械学習シリーズとかで基礎から「The Matrix

タイトルの本を頂きました。ありがとうございます。僕は原著を少し読んだことがあり、こちらで非常に評判が高い本です。翻訳にもかかわらず原著とほぼ同じ値段で購入できます。 先にJAGSになじみのない方へ説明しておきますと、JAGSはRコアメンバーの一人でもあるMartyn Plummer氏によってC++で開発されたMCMCソフトウェアです。Rから使うのが多数派ですが、PythonからもPyJAGSによって使うことができます。 複雑なモデルでなければStanより収束が早く、離散値をとるパラメータも使えるため、プログラミングがそんなに得意でない人がベイズ統計モデリングをはじめるには一番向いていると思います。最近、再び活発に開発され始めたようで、先日JAGS 4.3.0がリリースされました。 JAGS 4.3.0 is released https://t.co/3jExabWcPI— Martyn

特長 Pythonユーザが待ちに待ったPythonによるMCMC本ではないでしょうか。原著タイトルが『Bayesian Methods for Hackers』だけあって、プログラマ・エンジニア向きだと思います。数式はびっくりするほど出てこない代わりに、Pythonコードは非常にたくさんでてきます。そしてPyMCの使い方が基礎から説明してあって丁寧です。自分でコーディングする際は原著のGitHubリポジトリを活用しましょう（なんとStarが10000個を超えてる！）。 Pythonで体験するベイズ推論 PyMCによるMCMC入門 作者: キャメロン・デビッドソン=ピロン,玉木徹出版社/メーカー: 森北出版発売日: 2017/04/06メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログを見る 購入を迷っている人の一番の心配は、本書のPyMCのバージョンが1つ前のPyMC2であることだと思

この記事はゲルマン先生（Andrew Gelman）の許諾を得て、Handy statistical lexiconを日本語訳したものです。元記事の用語集は現在も更新中です。英語に抵抗がない人はぜひ元記事を読んで下さい。訳語に関しては親しみやすさを重視し、多くの日本人にあまりなじみのないと思われる言葉や地名は変え、難しい熟語は避けました。また、訳注はリンク先の要約をしばしば含みます。 ここで取り上げるものはすべて重要な手法や概念である。それらは統計学に関連しており、よく知っておくべきにもかかわらずあまり知られていないものだ。それらに名前を与えることで、そのアイデアがもっと親しみやすいものになってほしいと思う。 ミスターP: マルチレベル（階層モデル）で回帰し、事後層別化（poststratification）する手法のこと。 秘密兵器: ある統計モデルを複数の異なるデータセットに繰り返しあ

この記事では階層ベイズモデルの場合のWAICとは何か、またその場合のWAICの高速な算出方法について書きます。 背景 以下の2つの資料を参照してください。[1]に二種類の実装が載っています。[2]に明快な理論的補足が載っています。 [1] 階層ベイズとWAIC (清水先生の資料です、slideshare) [2] 階層ベイズ法とWAIC (渡辺先生の資料です、pdf, html) モデル1 資料[1]にあるモデルを扱います。すなわち、 ここでは人数、は人のインデックスです。は個人差を表す値になります。このモデルにおいてはを解析的に積分消去することができて、負の二項分布を使う以下のモデル式と等価になります。 ここでは予測として（WAICとして）2通り考えてみましょう。 以降では事後分布による平均を、分散をと書くことにします。 (1) を持つが、追加で新しく1つのサンプルを得る場合 この場合に

僕が筆者なので、この記事は書評ではなく紹介になります。まずこの本はRのシリーズの一冊にもかかわらずStanという統計モデリングのためのプログラミング言語の方がメインです。このようなわがままを許してくれた、ゆるいふところの深い石田先生と共立出版には感謝しかありません。 StanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R) 作者:健太郎, 松浦発売日: 2016/10/25メディア: 単行本 目次と概要 共立出版のページを見てください。GitHubのリポジトリもあります。 前提とする知識 「はじめに」の部分で触れていますが、確率と統計の基本的な知識はある方、R（やPython）で簡単なデータ加工や作図が一通りできる方を想定しています。そのため、確率分布なんて聞いたことがない、プログラミングがはじめて、Rがはじめて、という方が読み進めるのは厳しいかもしれません。なお、Rの基本的な関数し

僕はベイズ統計モデリングをはじめる前（5年ほど前）までは主に機械学習をしていました。その頃は平易な成書はあまりなくて、サポートベクターマシンの理論の難しい本を読んだり、Weka本（当時はこれ）を読みながら実装していたことを思い出します。PythonでもSVM-RFEを書いたりしてました。しかし、時は流れ、Pythonからscikit-learnという機械学習用ライブラリや深層学習を手軽に使うことができるようになり、気づいたらPythonは機械学習に必要不可欠な言語になっていました。この本はそんな機械学習に特化したPythonの使い方を理論と実装の両面から平易に丁寧に説明しています。理論は理系学部生なら理解できるぐらいで、実装はPythonやnumpyを少し触ったことがある人なら分かるぐらいのレベルです。いつの間にかこのような読みやすい機械学習の和書が出ているのは感慨深いです。 Python

あとがきと6章のあとにあるQ&Aの節が熱い思いに満ちていてオススメです。2.7節「論文・レポートでの報告文例」もユニークです。学生思いの教育者としての一面を垣間見た気がします。 あとがきに書いてあるように、たしかに初級向けの授業で伝統的な統計学と検定のラッシュを学び、中級以上向けの授業でベイズ統計モデリングを学ぶとしたら、内容の一貫性が乏しく、学ぶ側は（教える側も）違和感を覚えるかもしれません。その点、この本ではt検定に相当するような簡単なものから一貫してベイズ統計です。 また、各例題に対してリサーチクエスチョン（RQ）をきちんと設け、それに対してMCMCサンプルを使った生成量と予測分布を用いてシンプルに回答していくスタイルは、分かりやすくて読みやすいです。ベイズ統計の長所と思います。 はじめての 統計データ分析 ―ベイズ的〈ポストp値時代〉の統計学― 作者:豊田 秀樹発売日: 2016/

とある勉強会で「TensorFlowで統計モデリング」というタイトルで講義をしました。聴衆はPythonユーザが多く、データ量が大きい問題が多そうだったので、StanよりもTensorFlowで点推定するスキルを伸ばすとメリットが大きいだろうと思ってこのようなタイトルになりました。 発表資料は以下になります。 TensorFlowで統計モデリング from . . 発表資料の途中に出てくるtf_tutorial.htmlとmodeling.htmlの内容は、以下のipynbをhtmlで出力したものです（見づらかったらプログラム名のところをクリックしてGitHubに移動して見てください）。 ちなみに僕が紹介しているTensorFlowの書き方はEager Executionではなく、Define and Runのやや古い書き方です。あまり気にしていませんけど。 ここではTensorFlowを

先日の西浦先生のニコ生の発表を聞いていない人はぜひ聞いてください。 モデルとデータを以下のリポジトリでオープンにしていただいたので、モデルについて僕が分かる範囲内で少し解説を加えたいと思います。 github.com 実効再生産数を推定するコードが2種類ありまして、最尤推定（Maximum Likelihood Estimation, MLE）を使ったMLE版（Sungmok Jungさん作成）と 、ベイズ推定版（Andrei Akhmetzhanovさん作成）があります。どちらもコンセプトはほぼ同じで、実装が若干異なります。この記事では、ベイズ推定版（以降、元コードと呼びます）の流れを簡単に説明し、その後でその拡張を試みます。 ベイズ推定版の流れ 大きく分けて「データの集計」「back projection」「実効再生産数の推定」の3つの部分からなります。 データの集計 まずは日付ごとの

日本国内の潜在的な陽性者数を推定することは有益ですが、簡単ではありません。PCR検査がランダムになっていないことが推定を難しくしています。有症状者が検査されやすいというselection biasがあるからです。この記事ではいくつか仮定を置いて潜在的な陽性者数を推定したいと思います。 仮定 全国民のうち潜在的に陽性になっている割合 この割合は年代によらず一定と仮定します。ここでは と書きます（posはpositiveの略）。例えば0.0001なら日本人約1億2千万人中、おおよそ12000人が潜在的に陽性になっている計算です。 なお、国民の年代別人口の値はこのページの令和2年3月報 （令和元年10月確定値，令和2年3月概算値） （PDF：301KB） の「2019年10月1日現在（確定値）」の総人口 男女計の値を使用しました。 陽性者中の有症状者の割合 若年層で無症状が多いなど、年代で異なる

僕が中谷さんと初めて会ったのはみどりぼんの読書会で、初めて話したのは岩波DSの打ち合わせだったと思います。今でもそんなに親しくはないと思います。しかし、中谷さんのブログは10年ぐらい前から読んでいました。自然言語処理を中心とする機械学習に関連する理論（の解釈）・論文レビュー・数値実験の記事が多く、他のブログでは見られない独特かつ理解の深い内容で、毎日勉強させてもらっていました。今でも何度も読むべきブログです。その中谷さんが機械学習についてまるごと一冊書いたものが本書になります。もともと買うつもりでしたが、献本いただいたので簡単にご紹介いたします。 わけがわかる機械学習 ── 現実の問題を解くために、しくみを理解する 作者: 中谷秀洋出版社/メーカー: 技術評論社発売日: 2019/08/28メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を含むブログを見る 目次は以下になります。 0章： はじめ