「アトピー慢性化の原因たんぱく質を発見」という報道の論文を読んでみました - 蝉コロン
科学アトピー性皮膚炎慢性化 原因を解明 NHKニュース個人的な事情でこういう脳天気な見出しには反射的に怒りを覚えるのですが論文は面白かったです。とは言っても基本的にはまだマウス実験なので、臨床的にはこれからですケド。 論文：Periostin promotes chronic allergic inflammation in response to Th2 cytokines Miho Masuoka, Hiroshi Shiraishi, Shoichiro Ohta, Shoichi Suzuki, Kazuhiko Arima, Shigehisa Aoki, Shuji Toda, Naoki Inagaki, Yuichi Kurihara, Sayaka Hayashida, Satoshi Takeuchi, Kenta Koike, Junya Ono, Hirokazu
14世紀にヨーロッパの人口を半分にした恐怖の黒死病。その細菌がまだいる。 - 蝉コロン
科学, ゲノムまたまたゲノム解析のお仕事です。ScienceShot: Europe’s Black Death Spawned Modern Plague Strains - ScienceNOW ペスト菌Yersinia pestisが引き起こすペスト。中世ヨーロッパで大流行があり黒死病と呼ばれた。ヨーロッパの人口の半分が犠牲になったとか。敗血症を起こして全身が出血斑で黒くなるから黒死病。検疫というものはこの時に始まった。検疫quarantineという英語は、イタリア語で「40日間」を意味するquarantinaからきている（人獣共通感染症連続講座 第159回）。ノミがペスト菌を運ぶ。このノミをネズミとかが運んで感染が広がるそうだ。ヒト-ヒト感染もあり。 http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1054
向井理さんと小飼弾さんの共通点 - 蝉コロン
ぼやぼや向井理さんは芸能人に疎いと名前だけではピンと来ないかもですが、ゲゲゲの女房の旦那（つまりゲゲゲ）として有名です。小飼弾さんは言わずと知れたアルファブロガーで、IT関係のすごい人です。この二人にイケメンという以外でどのような共通点があるというのでしょうか。詳細は続きを読むから。 向井理さんの経歴はwikipediaに詳しく載っていました。大学生活大学では遺伝子工学を専攻。「ニワトリ・オボアルブミン遺伝子をエストロジェンに応答し卵管組織においてのみ活性化させるコントロールエレメントの決定」という研究で、第29回 国際動物遺伝学会議（2004年9月開催）『ベストポスターアワード』を向井を含めた数名の研究メンバーで受賞した[3]。向井理 - Wikipedia明大のページによると農学部の生体制御学研究室（丸山公明教授）に所属していたようです。 賞をとった仕事はおそらく、遺伝子改変ニワトリの
3万年前のDNAから抗生物質耐性遺伝子が見つかる - 蝉コロン
科学, ゲノムSuperbugs Predate Wonder Drugs - ScienceNOW細菌「持ってたわー。その抗生物質への耐性3万年前から持ってたわー」面白いかと思ったセリフ改変が書いてみるとやたら説明的でがっかりした。ええと、言うまでもなく抗生物質は細菌感染の治療に多大な貢献をしているわけですが、一方で耐性菌の出現も問題になっております。今回の論文はそういう薬剤耐性菌が三万年前にすでにそこら辺にいた可能性を示しています。 http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10388.html "Antibiotic resistance is ancient" Nature, Published online 31 August 2011僕的には最近お気に入り*1のメタゲノム解析。カナダのユーコン準州
緑膿菌のシステムを使って緑膿菌を殺す - 蝉コロン
科学クオラムとバクテリオシンです。モジャモジャ頭の人とおしんを連想しますが違います。 クオラム「議決に必要な定数」とかいう意味。昆虫のフェロモンのように細菌同士も化学物質でなんらかの情報を伝達していて、仲間が一定の密度以上になったなと感じ取ることができる奴らがいます。これをクオラムセンシングという。オートインデューサーと呼ばれる化学物質を放出している。細菌が低密度のときはすぐに拡散され薄まるが、高密度のときは各細菌内で十分に働ける濃度になる。緑膿菌の場合では3OC12HSLというのがオートインデューサーで、細胞内のlasRタンパク質とくっついて「高密度の時に働くべき遺伝子群」のプロモーターを活性化させる。例えばバイオフィルムを形成したりして、薬剤や免疫に抵抗性を持ったりする。 バクテリオシン緑膿菌の場合はピオシンというのがそれなんだけど、バクテリオシンと総称されるタンパク質がある。細菌がプ
ダーウィン漸進的進化説を支持する定量的な証拠 - 蝉コロン
進化は小さな遺伝的変化の蓄積によって起きる。 遺伝子のちょっとの違いで大きな形態変化を引き起こす場合もある生物はその形態の多様性のわりには案外同じような遺伝子を使いまわしていて、特定の遺伝子発現のタイミングとか、どこの細胞でとか、発現量とかの違いが、大きな形態の変化に関わっていたりします。肋骨にするのはやめて甲羅にしとくか、みたいな（2009年7月10日 カメの甲羅にまつわる100年来の謎を明らかに）。 でも、遺伝子がどれだけ変わったらどれほどの形態変化を及ぼすのか、という定量的なとこまではなかなか分かりませんでした。 で、今回をそれを確かめた一例。「Highlights： 進化：進化過程で見られた徐々に進む変化」 http://www.natureasia.com/japan/nature/updates/index.php?id=83821&issue=7353この研究は、ダーウィンが
HIVがいなくなったわけ - 蝉コロン
科学, ウイルスCNN.co.jp：ＨＩＶ感染の独男性、幹細胞移植で「完治」の研究報告の件。 バナナにHIV予防成分 - 蝉コロンでも書いたけれど、HIV感染のメカニズムはこんな感じ。HIVは免疫を担当するT細胞(とMΦ)を標的にします。T細胞はCD4というタンパク質を細胞表面にニョッキリ出しています。HIVが細胞内にエントリーするにはCD4との結合が不可欠です。CD4発現T細胞は免疫系の司令塔みたいなもんなのだけれど、HIVはよりにもよってこの細胞を叩くようにできている。しかし実はCD4だけではウイルスの侵入には不十分で、さらにコレセプターとしてCCR5もしくはCXCR4を必要とします。はじめのほう、何か細胞側に二つの受容体があるでしょう。CD4とCCR5もしくはCD4とCXCR4がウイルス侵入のターゲット。 んで、HIV感染抵抗性のある人を調べると、CCR5遺伝子に32 bpの欠損が見
海は巨大ウイルスでいっぱいだー - 蝉コロン
科学, ウイルスここ数年、巨大ウイルスの存在がちらほら報告されている。巨大ウイルスはただおっきいだけじゃない - 蝉コロン ウイルスに感染するウイルス - 蝉コロン 一般的に言ってウイルスは、ゲノムサイズが小さく最低限の遺伝子セットしか持っていない。複製には宿主細胞の機構を利用するので、自分自身はわりとコンパクトにまとまっている。遺伝子10個とかそんな感じ。B型肝炎ウイルスなんて全長3kbくらいで遺伝子4つ。こんなシンプルな(ように見える)構造のウイルスをなかなか排除できないってのも一つの興味ではあるけれども、今回は巨大ウイルスの話。 ゲノムサイズ最大のウイルスであるミミウイルスの仲間、ママウイルスは淡水に棲むアメーバに感染するウイルスで、ゲノムサイズ1200kbで1200個以上の遺伝子を持っている。どうですHBVと桁違いすぎでしょう。で、こういうでっかいのは極めてレアなケースなのか、ある
HIV予防にブレークスルー - 蝉コロン
HIV感染防ぐ膣用ジェルの開発に大きな進展、米科学誌 国際ニュース : AFPBB News まあ記事タイトル見たときは、つい最近のバナナにHIV予防成分 - 蝉コロンみたいなもんかなくらいに思っていたら、Science誌のホットトピックだった。Science/AAAS | Science Magazine: Prevention of HIV Infection in Women。ScienceExpressなのにFree accessになってる。けっこう本気か。 調査の対象は南アフリカKwaZulu-Natalって所のHIVに感染してない18から40歳の女性。Tenofovirジェルの効果をplaceboジェルと比較して調べている。30ヶ月間の追跡調査。Tenofovirはレトロウイルスの逆転写酵素阻害剤でこれ自身は以前から使われている。この辺も薬剤の開発と耐性株出現の追いかけっこなん
コンピューターはクラッシュする。生物はしない。話のわかるやつだ。 - 蝉コロン
科学Linux vs. Genome in Network Challenge | Wired Science | Wired.comコンピューターのシステムは脆弱である。生物は頑強だ。エヘンエヘン。no titleゲノムをOSと見立てて、大腸菌(E.coli)とLinuxの情報ネットワークを比べてみた。 大腸菌の転写制御ネットワークはピラミッド型。少数のマスタースイッチ的な遺伝子がトップにあって、中腹にmiddle managersがいて、裾野には互いにindependentに働く多くの機能が存在する。Linuxのコールグラフ(プログラムコードのネットワーク)はどちらかというとひっくり返ったピラミッドであたまでっかち。トップにたくさんのプログラムがあって、そんなに多くないサブルーチンを呼び出している。モジュールがいっぱいあって高度にオーバーラップしている。船頭が多くてワーワー言ってるうち
感染症とマニュアルと政府 - 蝉コロン
関連：Togetter - まとめ「口蹄疫における政府批判に対する雑感」、Togetter - まとめ「「口蹄疫における政府批判に対する雑感」の補遺」 新型インフルエンザも口蹄疫も稀だけどいつかは来る感染症なので、それに備えて専門家らが指針ガイドラインを作ってます。今回の口蹄疫はまだ進行中の出来事で全然総括出来る段階に無いので、新型インフルエンザについて過去に起きたことを紹介したいと思います。 医療従事者ら備蓄ワクチン事前接種へ 新型インフル対策で６０００人 - MSN産経ニュース2年前の記事です。忘れている人もいるかも知れないけれど、去年ブタの新型インフルエンザが実際にやってくる前までは、トリインフルエンザに対する懸念が高まっていました。そこで、舛添要一厚労相は１５日、国家が備蓄しているワクチンの一部を医療従事者や検疫担当者ら約６０００人に事前接種する方針を明らかにした。１６日に開かれる
Ph.D.コースはなんのためにあるのか？ - 蝉コロン
ぼやぼや以前のNatureの論説Do scientists really need a PhD? : Article : Natureに対するcorrespondenceがいくつか出ています。元の論説記事では、最近躍進が目覚ましい中国のゲノム研究所BGIの事情を紹介しています。中国では数百人の大学卒業生がそのままBGIに入り、バイオインフォマティシャンとして働いているようです。これは単なる技術補佐員ではなく、論文の1st authorになったり学会に出たりもするみたい。こういう過程を経ていっぱしの研究者になれるんだったらドクターコースいらなくね？ちゅう話。イケイケの中国は研究者の促成栽培もしてるんですねえ。 ところで中国のBGIって国の機関じゃ無いの？と思ったら"The Institute has both a private and a public character."という記述がW
ニュートリノ検出しようと海底調べたらクジラだらけだった - 蝉コロン
動物, 科学http://www.nature.com/news/2009/091202/full/462560a.htmlとか。日本語版もある。イタリア国立核物理学研究所(INFN)の素粒子物理学者Riccobeneと、同じくイタリアはパビア大学の海洋生物学者Pavanのお話。 僕はニュートリノについては「ほら、あれでしょ、スーパーカミオカンデ。ノーベル賞の。」としかコメントできる知識がないんだけど、がんばってざっくり説明すると、ニュートリノは質量がゼロに近くて物質と相互作用することは非常にまれで地球を通り抜けて行ってしまう。でも超々まれに他の物質と衝突することがある。スーパーカミオカンデはでっかいプールで、ニュートリノが水分子の電子と衝突すれば、それによって放出されるチェレンコフ光として検出でき、ああこれはどこそこの超新星爆発で出てきたニュートリノだな、とか言ってみたりなどでき
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