公務員採用試験での過去の職歴の影響について

私は公務員を目指し勉強をしているものです。 先月、無事第一志望の試験をパスし、最終の結果待ちの状態です。 ひとつ心配な事があります。それは以前勤めていた会社の事なのです。 特に勤務態度は普通でしたが、経営者の社長と揉め事の末に辞めたということです。 背任や横領の言いがかりもつけられました。結果的には、懲戒免職ではなく、協議により自主退職という形になりましたが、後味はよいものではありませんでした。 公務員の採用の際、職歴について以前勤めていた会社に調査が入るなんてことはあるんでしょうか？ また、もし、その社長の話を聞いた採用担当が、私を採用からはずしてしまうという事はありえますか？ どんな情報でも構いませんので宜しくお願いします。