3万年前のDNAから抗生物質耐性遺伝子が見つかる - 蝉コロン
科学, ゲノムSuperbugs Predate Wonder Drugs - ScienceNOW細菌「持ってたわー。その抗生物質への耐性3万年前から持ってたわー」面白いかと思ったセリフ改変が書いてみるとやたら説明的でがっかりした。ええと、言うまでもなく抗生物質は細菌感染の治療に多大な貢献をしているわけですが、一方で耐性菌の出現も問題になっております。今回の論文はそういう薬剤耐性菌が三万年前にすでにそこら辺にいた可能性を示しています。 http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10388.html "Antibiotic resistance is ancient" Nature, Published online 31 August 2011僕的には最近お気に入り*1のメタゲノム解析。カナダのユーコン準州
ウイルスだけを殺すボルバキアかよ！ - 蝉コロン
科学, 動物, ウイルス蚊に細菌注射、デング熱ウイルスを封じ込め : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）熱帯地方に多いデング熱を媒介する蚊の体内に、病原ウイルスの活動を抑える共生細菌を感染させることで病気拡大を防ぐ予防法を豪クイーンズランド大などの研究チームが開発した。（中略）研究チームは、蚊やハエの体内に生息する共生細菌「ボルバキア」に着目。デングウイルスの働きを抑えるショウジョウバエのボルバキアを、デング熱を媒介するネッタイシマカに注射し、感染が確認された約３０万匹を、今年１〜３月、豪クイーンズランド州の野外に放った。約２週間後に細菌を持つ蚊の割合を調べると、１５％以上が細菌感染の蚊で、３か月後には９０％以上に増えていた。"デングウイルスの働きを抑えるショウジョウバエのボルバキア"とはなんじゃろなと思って調べてみた。 ボルバキアについては当ブログでも紹介しているので過去
巨大ウイルスと新たなドメイン（超界）の可能性 - 蝉コロン
科学, 海洋生物, ウイルス, ゲノム「動物」とか「植物」といった分け方は「界」です。全部で5界あります。そしてその上位に「ドメイン」というのがある。「超界」ともいいます、かっこいい！神様、界王様、界王神様とインフレを起こしてネタが無くなった感じがする！ 今のところ、真核生物、原核生物、アーキアの3ドメインがあります。ウイルスは生物じゃないのでどこにも入らない。ところが最近、新たな勢力4th domainの可能性を示唆する事実が、近年発展の著しいメタゲノム解析から得られたのです。初めて完璧超人が現れたときのようなわくわくがありますね。 真核生物、原核生物、アーキア我々が属している真核生物はDNAが核という構造で包まれています。これに対して細菌が属す原核生物にはそういう核構造がないのが特徴。そして比較的新しいドメインがアーキアです。古細菌とも言いますが、カタカナでアーキアと言ったほうが何だか
DNAがくるっと丸まってポーンと飛んでってウシの模様が変わる - 蝉コロン
科学, 動物DNA Circles Cause Cow Coat Color Changes the Biology of Genomes meetingという学会での報告。 Belgian blue*1という牛の不思議です。知ってる人多いかもしれない。Belgian blueは筋肉ムキムキ牛として有名です。下の写真は普通のムキムキBelgian blue。by FaceMePLS今回話題のScience記事の画像はそんなにムキムキに見えないけど豆タンクみたいな感じします。黒い牛で背中に白い線がある。 ポスドクのDurkinさんはデータベース使って染色体の重複領域を調べるような研究をしていた。いろんな動物で見ていたみたいだけど、あるとき牛9頭で重複領域にKIT遺伝子が含まれていることに気づいたんだって。KITは血球系やってる人ならc-kitでおなじみだけれど、毛色にも関係する遺伝子だったり
「疲労ウイルス」の否定 - 蝉コロン
科学XMRVというウイルスが慢性疲労症候群の原因ではないかという報告が以前にあった。一年前のScience誌Detection of an Infectious Retrovirus, XMRV, in Blood Cells of Patients with Chronic Fatigue Syndrome | Science/AAAS マウスに感染するウイルスにMLV (murine leukemia virus: マウス白血病ウイルス)というのがあって、それが何らかの理由で(tropismが変わって)人にも感染するようになったのがXMRV (xenotropic murine leukemia virus-related virus: 普通訳さないと思うけど「異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス」?)。 このウイルスが慢性疲労症候群患者101人のうち68人の末梢血から見つかった
半導体を使ったDNAシークエンサー - 蝉コロン
科学半導体シーケンサ Ion Torrent - Applied Biosystems参照:http://www.nature.com/news/2010/101214/full/news.2010.674.htmlLife Technologies社のイオンパーソナルゲノムマシーン(Ion PGM)シークエンサーのご紹介です。US$49,500ということで415万円くらいか。シークエンサーとしてはかなり安いよね。これに250ドルの使い捨て半導体チップを使います。 元々Ion Torrentというとこが開発してて、ここの創設者Jonathan Rothbergは次世代シーケンサーでおなじみのPyrosequencerを作った454 Life Sciencesの創設者でもあったらしい。なんかすごいな。 原理はポリメラーゼ活性で塩基(A,G,C,T)が取り込まれるときのpH(つまり水素イオン濃
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