「こころ」は遺伝子でどこまで決まるのか―パーソナルゲノム時代の脳科学 (宮川 剛) - Loud Minority
ゲノムと脳の関係は，私自身の興味でもあり，楽しく読めました． また，著者の宮川先生の研究で作成されている「網羅的行動テストバッテリー」は，私が大学院生だったか，助手時代だったか忘れましたが，参加させていただいた科学研究費の会議で，その話を拝見し「これはすごい！」と感動したのを覚えています．多くの発表が遺伝子ひとつに着目する中，「データを網羅的に取る」という意味の重要性を本当に理解している研究者なのだと，その時思いました． 本書の中は，ゲノムと行動の関係について，入門からスタートし，体験談を含めつつ，分かっている事を順に説明しています．前半が入門，中盤は23andmeによる検査の話を挟みつつ，後半はSNPs(一塩基置換)と行動に関して，分かっている事を列挙している形です．これから，まだまだ分かることは増えていくでしょうが，現時点でのパーソナルゲノム時代に向けて分かっている事を整理してある本と
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析（第２版） - Loud Minority
著者の樋口さんより献本頂きました．ありがとうございます． この本が合う人は明確です． Rで何が出来るか眺めたい． Rを使い始めて，使い方を検索エンジンで検索したが，全然見つからない（入れるべき単語が分からない） RJpWikiとか眺めたけど，専門用語っぽいものがわからないので，俯瞰したい． 理論はどうでもよいので，Rで出来そうな事を一通り見てみたい というタイプの人です．これ一冊でRが1から10まで分かる事はありませんし，データ解析のイロハが分かる事もありません．ましてや，バイオインフォマティクスが何かにも答えてはくれません．例題も時々DNAの塩基配列やBioconductor(Rを用いたバイオデータ解析用の一連のコマンド群)が出てきますが，例題として出ている感じです． なので，はじめから最後まで通して読むのではなく，辞書的に使う本です．特に図を眺めて，自分の目的にあった検索用語を調べるた
次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ - Loud Minority
2010/5/25．EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました． 少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります． 主に2つの用途があると思います． ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
遺伝子のプロモータ配列を簡単に得るスクリプト - Loud Minority
遺伝子のプロモータを得るだけのために、各種ゲノム配列を準備するのは面倒。NCBI のE-Utils利用すると、ゲノム配列の準備とかしなくても、プロモータ配列が得られます*1。 準備するもの ruby rubygems xmlsimple ネットワーク環境 プロモータを得たい遺伝子のNCBI Gene ID(群) 使い方 引数にプロモータを得たい遺伝子のNCBI Gene IDをカンマ区切りで列挙します。 以下の様にすると、3つのIgG (FCGR1A(2212), FCGR2B(2213),FCGR3A(2214))のプロモータを取得して表示します(転写開始点から上流250bp, 転写開始点下流50bpの計300bp)。 % ruby get_promoter_seqs.rb 2212,2213,2214取る領域を変更したい場合はスクリプト内のPROMLEN(取る配列の長さ)とPROMIN
Systems Biology: Networks @ CSH 雑感 - Loud Minority
Cold Spring Harbor Laboratory のミーティングシリーズの一つ、Systems Biology: Networksに行ってきました。基本的にClosedなミーティングなので、ここでは、論文として公開されている情報にポインタが張れるレベルの内容を記載します。（興味がある方は、私が理解した＆覚えている範囲でお伝えしますので、個人的に連絡ください。CSHのミーティングでは、personal communicationでの伝達は認められています） 私自身は主として生命科学に応用を持つアルゴリズムやソフトウエアの開発が主な研究対象なので、Systems Biologyを専門にしているわけではありません。そういう意味で、今回のミーティングは、私の研究にぴったり合っている内容ではありませんでした。それでも、自分が開発した手法がどのように活かせるか、どのような手法を開発するのが良
バイオ系雑誌に載った機械学習/計算機科学の解説記事 - Loud Minority
主に計算機科学の機械学習・データマイニング系の説明で、バイオの雑誌に載った解説記事です。ツールを使いこなす人が、中身を知りたかったり、作る人に変身したい場合や、情報科学(機械学習、データマイニング系）の人が、ゲノム解析などでどうやって利用されているのかを知るのに良いとおもう。追加する記事募集です。 決定木の解説 What are decision trees? Carl Kingsford & Steven L Salzberg Nature Biotechnology 26, 1011 - 1013 (2008) http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/abs/nbt0908-1011.html EMアルゴリズムの解説 What is the expectation maximization algorithm? Chuong B Do & Se
統計学入門：統計書に挫折した人が統計の心を知る本 - Loud Minority
完全独習 統計学入門posted with amazlet at 08.08.17小島 寛之 ダイヤモンド社 売り上げランキング: 699 Amazon.co.jp で詳細を見る 感動しました。統計書を読み始めて、確率やら大数の法則やら測度論で挫折した人、多いと思います。授業でも途中でドロップアウトしてしまって、社会に出た後「勉強してればー」と思った人もいるでしょう。そんな人で、でも、統計の神髄を知る"とっかかり"が欲しい人に非常に良い本です。また、統計を利用しているけど、先輩が言うまま、マニュアルのまま、な人が統計の心を知りたい時に読む本としても良いと思います。 しかし、簡単な本という事ではありません。確かに、数学の詳細は端折って書かれており、数学の知識もほぼ入りませんが、必要なところは書かれています。そして、理解せずに読むと先につまずく（理解できない）のは他の数学書同様です。つまり、必
リサーチハック本？：素人のように考え、玄人として実行する(金出武雄・著) - Loud Minority
CMUの金出先生の本。研究者のためのビジネス書、啓蒙書、と言うべきか。ライフハックならぬリサーチハックと言うべきか。 素人のように考え、玄人として実行する―問題解決のメタ技術 (PHP文庫)posted with amazlet at 08.05.22金出 武雄 PHP研究所 売り上げランキング: 16613 Amazon.co.jp で詳細を見る 本の中には48の短編ストーリーが書かれており、それぞれ、ざっくばらんに研究者は何を考え、どのように行動しているのか（すべきか）が書かれている。 人工知能・ロボット系の用語が突然現れるので、分野違いの方には多少とまどう事もあると思うが、研究者一般に通ずる話がほとんど。 研究者を目指す人、研究者の卵の人、研究者としての初心に立ち返りたい人など、一読してみることをお勧めする。 特に印象に残ったのは次の内容 アイディアを人に話すと盗まれないか アイディ
OS X Serverのセットアップ - Loud Minority
OS X Serverをデスクトップとして利用してみようとおもふ。 インストールログ Firefox addon FireGestures https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/6366 FireBug http://www.getfirebug.com/ WebDeveloper https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/60 Remember The Milk http://www.rememberthemilk.com/services/gmail/ DragDropUpload https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/2190 ブックマーク ライブブックマークに、google.com（キーワードg）と、maps.google.c
Keynote4(iWork'08) で Linkback が使える - Loud Minority
iWork'08が出たので，アップグレードしてみました． 気掛かりは，LaTeXit!などで作成した数式，図形の再編集ができるLinkback(WindowsのPowerpointで言うところの，TeXPoint(http://texpoint.necula.org/)の汎用版)が使えるかどうか，ですが以下の2つを普通にインストールすれば使えました．ので，リンクだけ・・・ Keynote Linkback Plugin http://commons.ucalgary.ca/~king/projects/keynoteplugins/linkback/ Keynote3用ですが，4でも今のところ不具合無く，使えています LaTeXiT http://ktd.club.fr/programmation/latexit_en.php TeXで数式を書いて，D&DでKeynoteなどに貼れる．
hamachiがいい！ - 家のiTunesライブラリを職場で聞こう - Loud Minority
hamachi (http://www.hamachi.cc/) は，設定が超楽なVPNソフト．softetherとかOpenVPNとかの類いといえば良いだろうか．特徴として 設定は(特にWindows版では）メッセンジャーやiChatを設定する手間＋αくらい． Mac, Linux, WindowsのどのOSでも動くのが嬉しい． 互いに別のPrivate Addressを使ってる2台の間でも，ポートの開放設定無く繋がる． どれくらいの帯域まで出るかは試していないが，256kbpsで録音したiTunes上の曲は途切れることなく取れる． Windowsファイル共有で1MB/s強．PPTPより高速のようだ．http://d.hatena.ne.jp/gae/20070108/1168229687 家->職場で30GBのファイル転送（！）を行ったところ5時間程度．平均1.67MB/sだな（プロト
Bootcamp + Parallels WS - Loud Minority
BootcampでインストールしたWindowsをParallels Workstation (Build 3000番台以降)から起動できるというので，友人に勧めたら，早速インストールし，快適だと言われたので，自分でも入れてみる．（弱．因に，実際インストールしたのは昨年末） Bootcamp-1.1.2をDLして，インストール パーティションを切る・・・が，邪魔なブロックがあって切れない． iDefrag をインストールして，デフラグ 無事バーティションを切る． マニュアルに従って，素直にWin XPをインストール 一通りインストールした後，Macに戻り，Parallelsを起動．ディスクでBootcamp deviceを選んだら，あっさり起動． 全く苦労なし．普通にMacのFS上にParallelsのディスクを置くのに比べると，微妙に遅い感じ．ディスクアクセスのせい？ 今まで，Paral
MacでTeXの図を簡単に作る - Loud Minority
(2008/01/30: 最終更新。ebbはxbbに、dvipdfmは、dvipdfmxに置き換えました。) Keynote で図を作る．図をクリップボードにコピーする． Previewで「クリップボードから新規作成」して，望みの画像が作成できたら，別名で保存（fig.pdfとしましょう） % xbb fig.pdf を実行．画像の情報（fig.xbb）を作成する． 普通に \includegraphics{fig.pdf} を行う． TeXの文章では，\usepackage[dvipdfmx]{graphicx} を行っておく pdfを作る時に，dvipdfmx を使ってTeXからPDFを直接作る．
TeXでプログラムのソースを印刷する - Loud Minority
CTANに登録されている listings (http://www.atscire.de/index.php?nav=products/listings ) 環境を使うことで、プログラムをTeXで印刷可能。配布パッケージ(listings-1.3.zip)の中にあるpdfのマニュアルが充実している(CTANにあるlistingのマニュアル http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/listings/listings-1.3.pdf )。 インストールは、listings-1.3.zipをダウンロードして、展開。展開した中のinsファイルに大して、 % platex listings-1.3.ins でstyleや、cfgファイルが出来上がるので、TeXのパスの通ったところに入れるか、作っているTeXファイルと同じディレクトリに
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