理化学研究所は11月18日、水やタンパク質など分子の動きのシミュレーションに特化した専用計算機「MDGRAPE-4A」を開発したと発表した。1秒間に約1300兆回(1.3ペタフロップス)の計算が可能で、タンパク質と薬剤、水分子などを合わせた計10万個の原子の動きを、現実的な時間で解析できる。「創薬の可能性を広げるもの」と理研は期待を掛ける。 理研の研究チームは、原子間に働く力の計算に特化したアルゴリズムと専用ハードウェアを開発。専用計算のプロセッサには、オープンソースのアーキテクチャ「RISC-V」を採用した。「RISC-Vをベースとする実用大規模システムとしては世界初」(理研)という。 これにより、汎用のスパコンではこれまで計算に1年3カ月掛かっていた10万個の原子の100マイクロ秒間のシミュレーションを、3カ月に短縮できるとしている。 創薬探索をスパコンで計算するメリットの一つは、新薬
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