ma_koのブックマーク / 2010年10月27日

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2010年10月27日のブックマーク (2件)

次世代シーケンシング用サンプル調製技術と製品
これまでGOクラブで紹介してきたように、次世代シーケンサーも進歩し、便利になった。一方で、次世代シーケンシング用のライブラリー作製・調製は、以前より大量のサンプルの処理をマニュアルで実施しなければならないために大変な作業となり、かつエラーが発生する可能性も高い。今回のGOクラブでは、次世代シーケンシング用のサンプル調製を楽にする技術や製品を紹介する。 Beckman Coulter Genomics が開発した“SPRIworks Fragment Library System”は、次世代シーケンサー用ライブラリーを作製する処理、すなわちPCR増幅・シーケンシング反応前の処理を全自動で実施できる。System I とSystem II が販売されているが、機器は同一で、カートリッジとメソッドカードを交換するだけで、Illumina GAIIシーケンサー用のライブラリーとRoche-454
ma_ko 2010/10/27
pippin prep は SEQAnswers でチラホラ見かけた

Research

ngs
リンク
日本人ゲノム（２） - aggren0xの日記
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/abs/ng.691.html ちなみにこの研究のための計算は、東大医科研ヒトゲノム解析センターのスパコンシステムを用いて行われたようです。結果について使用したサンプルはHapMapでも用いられた日本人ゲノムNA18943。これは理研の自前ではなくCoriell Instituteというところから購入したものだが、もともとは理研-医科研で収集したものという複雑さ。ちなみにcell lineなのでmutationは、間違いなく入っている。ここは少し気になるところ。次世代シークエンサーを用いて、この日本人ゲノムをのべ121ギガベース読んだらしい。ヒトゲノム長が3ギガベースだから、実際の配列の40倍以上読んでいる。前回書いたように、次世代シークエンシングでは短いリードをアセンブルしてヒトゲノムを構
ma_ko 2010/10/27
SNP 周りで言うと dbSNP のビルドが129なのに注目。129までは 1000 genomes の取り込みがない (PG10の取り込みはあるかも?) から、頻度の低い Polymorphism がクリーニングがされない。つまり3,132,608 SNVs が日本人特異的とはまだまだ…
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