第2世代高速シーケンサー(Illumina, SOLiD, 454)とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください! SNP検出で前回、NQSを書いた。 クオリティスコアについては、様々な閾値で設定することができるが、文献で見たことがあるのは、 “11-base NQS 20/15 threshold” というもの。 これはSNP検査対象の塩基を中心に前後5ベース、の計11ベースのクオリティを見て、 中心は