Mapreduce and Hadoop Algorithms in Bioinformatics Papers | Abhishek Tiwari
Purely inspired by Atbrox’s list of academic papers for Mapreduce & Hadoop Algorithms. Unlike computer science where applications of Mapreduce/Hadoop are very much diversified, most of published implementations in bioinformatics are still focused on the analysis and/or assembly of biological sequences. As usual this list will be updated time to time. If you find that any important paper that is mi
Mapreduce and Hadoop Algorithms in Bioinformatics Papers | Abhishek Tiwari
In the spider-web of facts, many a truth is strangled Purely inspired by Atbrox’s list of academic papers for Mapreduce & Hadoop Algorithms. Unlike computer science where applications of Mapreduce/Hadoop are very much diversified, most of published implementations in bioinformatics are still focused on the analysis and/or assembly of biological sequences. As usual this list will be updated time to
HDFS File System Shell Guide
The FileSystem (FS) shell is invoked by bin/hadoop fs <args>. All FS shell commands take path URIs as arguments. The URI format is scheme://autority/path. For HDFS the scheme is hdfs, and for the local filesystem the scheme is file. The scheme and authority are optional. If not specified, the default scheme specified in the configuration is used. An HDFS file or directory such as /parent/child can
Hadoopのインストールとサンプルプログラムの実行
前回はGoogleの基盤技術とそれに対応するオープンソースソフトウェアとして、Hadoop & hBaseを紹介しました（図1 参照）。今回はHadoopを1台にインストールし、サンプルプログラムを動かします。次にHDFSとMapReduceのアーキテクチャを解説します。最後にサンプルプログラムのソースコードを解説します。 2. Hadoopの概要 Hadoopは主にYahoo! Inc.のDoug Cutting氏によって開発が進められているオープンソースソフトウェアで、GoogleFileSystemとMapReduceというGoogleの基盤技術のオープンソース実装です。Hadoopという名前は開発者の子供が持っている黄色い象のぬいぐるみの名前に由来しています。HadoopはHDFS（Hadoop Distributed File System）、Hadoop MapReduce F
Hadoop HDFSコマンド実行メモ（0.20.1）
# 全体のhelpを見る $ bin/hadoop dfs -help # コマンド単体のヘルプを見る $ bin/hadoop dfs -help ls -ls <path>: List the contents that match the specified file pattern. If path is not specified, the contents of /user/<currentUser> will be listed. Directory entries are of the form dirName (full path) <dir> and file entries are of the form fileName(full path) <r n> size where n is the number of replicas specified for the
Quick Start
The purpose of this document is to help you get a single-node Hadoop installation up and running very quickly so that you can get a flavour of the Hadoop Distributed File System (see HDFS Architecture) and the Map/Reduce framework; that is, perform simple operations on HDFS and run example jobs. Supported Platforms GNU/Linux is supported as a development and production platform. Hadoop has be
第28回 RubyとHadoopで分散処理 Hadoop Streamingの仕組み | gihyo.jp
はじめに Hadoopとは、Googleの基盤技術であるMapReduceをJavaでオープンソース実装したもので、分散処理のフレームワークです。Hadoopを使うと、1台のサーバでは時間の掛かるような処理を、複数のサーバで分散処理させることができます。「処理を割り振ったサーバが壊れた場合どうするか」などの耐障害性の問題もHadoopが管理してくれるため、利用者は処理のアルゴリズムのみに集中することができるのです。素晴らしいですね。最近ではYahoo!やはてななど、様々な企業でも利用されるようになってきています。 Hadoop導入の背景 筆者はクックパッド株式会社に勤めています。open('http://cookpad.com'); return false;">クックパッドというサイトが有名だと思いますが、他にも携帯版クックパッドであるopen('http://m.cookpad.co
suz-lab.com - suz lab リソースおよび情報
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クックパッドとHadoop - クックパッド開発者ブログ
はじめまして。今年の5月に入社した勝間@さがすチームです。 入社してからは、なかなか大変なことも多いですが、最近はお酒好きが集まって月曜から飲み合う 「勝間会」なるものも発足して、仕事面でも仕事以外の面でも密度の高い毎日を過ごしています！ さて、僕は「さがす」チーム所属ということで、普段はレシピを「さがす」ユーザの満足度を上げるために、 クックパッドの検索まわりについて、いろいろな開発を行っています。 一方で、ユーザの「さがす欲求」について深く知るために、大規模なデータ解析を行い、欲求の分析を行う機会も増えてきました。 ところが、クックパッドのログは膨大な数があるので、一口のデータ解析と言っても通常のバッチ処理だと間に合わないため、 分散処理環境の必要性が高まってきました。 そこで、まずは手軽に試せる分散処理の王道ということで、最近ではHadoopを使ったデータ解析環境を整備しています。
hadoop - Open Blog - The New York Times
Oh, OSCON, we really do heart you here at NYTimes.com. You provide such great opportunities to mingle with developers and hear about all the new and exciting open-source technologies. This year, we were very excited to talk about our freshly open-sourced cloud management system, Nimbul. We also shared our stories about moving the NYTimes.com community platform to Amazon EC2. If you missed our pres
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