SGE tutorial – Universität Innsbruck
Submitting jobs (qsub) To use the compute nodes in our HPC clusters, you submit jobs to the batch job scheduling system SGE (formerly Sun Grid Engine, now its open source successor Son of Grid Engine). As a user you may want to become familiar with the following commands: qsub, qstat, qdel, qhost and qsh, which are briefly described in the following sections. For more information see the respectiv
UNIX今日の技 - FrontPage
1 Contents 研究紹介 プログラミング公開物, RubyGems, RubyGems.org/ippei94da FileRenamer Sculd Gomiko Madowu VaspUtils Tefil Tabmani Rakefile for Latex document UNIX今日の技 Ruby教育文書 はじめてのプレゼンテーション GridEngine運用 Apache メモ Linux メモ 2 最新記事 2.1 ftp コマンドの ls でファイルリストが取得できない問題[2022-03-02] 職場のftp サーバ(仮に ftp.example.com とする)にログインできるが、 ls が正常に実行されない。 #正常 ftp> ls 200 PORT command successful. Consider using PASV. 150 Here comes
Basement Sun Grid Engine Quick Start
Using Sun Grid Engine 6 If you share a cluster with other users, a batch schedule allows for optimal sharing among users. Grid Engine is a robust batch scheduler that can handle large workloads across entire organizations. You can find more detailed information in the Administrators Guide (pdf), the Users Guide, and Release Notes. Basic Commands At a basic level, Sun Grid Engine (SGE) is very easy
Ãッãƒã‚¸ãƒ§ãƒ–投入システムSunGridEngine を用ã„ã計算機ã®åˆ©ç” - 生物情報解析システム
Ãッãƒã‚¸ãƒ§ãƒ–投入システムSunGridEngine を用ã„ã計算機ã®åˆ©ç”
Simple-Job-Array-Howto - GridWiki
Array jobs for clusters running SGE Last modified by: --fx 2010-05-07 This document is based on a PDF written by Kevin Thornton, modified and reproduced on this Wiki with his permission. The problem A common problem is that you have a large number of jobs to run, and they are largely identical in terms of the command to run. For example, you may have 1000 data sets, and you want to run a single pr
Grid Engine Configuration Recipes
This is a somewhat-random collection of commonly-required configuration recipes. It is written mainly from the point of view of high performance computing clusters, and some of the configuration suggestions may not be relevant in other circumstances or for old versions of gridengine. See also the other howto documents. Suggestions for additions/corrections are welcome (to d.love @ liverpool.ac.uk)
Galaxyに入門してみた #3 - kouchanの日記
bio, python | 00:52 | 前回の続き。 Galaxyをクラスター構成にジョブ管理システムを導入して、Galaxy Toolの実行を分散させます。当初Sun Grid Engineを使用するつもりだったのですが、インストールが思いの外ややこしかったのでTORQUEでいくことにしました。 TORQUEのセットアップTORQUE Resource Manager - Basic Configurationを参考に、ジョブを管理するヘッドノード（pbs_server）および計算ノード（pbs_mom）をインストールしました。パッケージに同梱されているtorque.setupを使ってpbs_serverを初期化すると、batchというデフォルトキューがひとつ作成されるのでこれを使用します。このキューのwalltime（ジョブ実行時間の上限）を変更する場合は以下のようにします。 %
galaxyカスタマイズ方法 – ynlab.info
ynlab.info Genome Informatics Laboratory, National Institute of Genetics, ROIS 1.galaxyでのqsubの設定方法 galaxyサイトでは、こちらを参照。 https://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/Config/Cluster 私達のサーバーは、Sun Grid Engineでその場合は、 galaxy-dist/universe_wsgi.iniを以下のように記述するようです。 # The URL for the default runner to use when a tool doesn’t explicity define a # runner below. #default_cluster_job_runner = local:/// defa
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CRAN - Package qsub
#1017 (IZ76: testsuite has to create host_alias file) – Son of Grid Engine
Sun Grid Engine installation on Ubuntu Server
Limulus Sun Grid Engine Quick Start
Kill an SGE job "already in deletion", as user
SGE-Quick-Reference_v3
StephansBlog - GridWiki
GIS and Remote Sensing Unit at FEM-CRI - Cluster Grid Engine HOWTO: Job management
The Univa Grid Engine Scheduler Configuration: Why artificial load settings matters (2014-11-30)
HugeDomains.com
Runtime error - Takeruでこのようなものを動かしてみました
Grid Engine Internals