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分子動力学法(Molecular Dynamics method)の調査 中尾 昌広,廣安 知之,三木 光範 ISDL Report No. 20070610011 2008年 3月 17日 Abstract 本レポートでは,分子動力学法(MD:Molecular Dynamics method)の概要を述べ,TINKERを用いてタンパク質の立体構造に対するMDシミュレーションを行った.その結果,MDシミュレーションのパラメータの1つである温度が低いほど良好な結果が得られたが,温度が低いほどタンパク質の立体構造は初期状態からほとんど変化しなかった.温度のパラメータに関して,さらに考察が必要である. 1 はじめに タンパク質は生命活動において,非常に重要な役割を担っている.タンパク質の機能は,その立体構造により決定できるため,計算機シミュレーションを用いてタンパク質の立体構造を予
単純な系における分子動力学シミュレーションの例: 単一のCu原子のCu (001) 表面への堆積。それぞれの円は単一原子の位置を示す。現在のシミュレーションにおいて用いられる実際の原子的相互作用は図中の2次元剛体球の相互作用よりも複雑である。 分子動力学法は生物物理学的系をシミュレーションするためにしばしば用いられる。ここで描かれているのは水の100 psシミュレーションである。 分子動力学法(ぶんしどうりきがくほう、英: molecular dynamics、MD法)は、原子ならびに分子の物理的な動きのコンピューターシミュレーション手法である。原子および分子はある時間の間相互作用することが許され、これによって原子の動的発展の光景が得られる。最も一般的なMD法では、原子および分子のトラクジェクトリは、相互作用する粒子の系についての古典力学におけるニュートンの運動方程式を数値的に解くことによ
このページでは、Vine Linux 3.0 に私の本業であるX線結晶構造解析のためのプログラムをインストールしたときの事を書き残しておきます(現在更新中です。以前の Vine Linux 2.6 へのインストールはこちらをごらんください)。 一般的な注意として、Vine 3.0になってからフルインストールしてもヘッダーファイルやstatic libraryの入った *-devel 開発用サブパッケージがインストールされません。そのためコンパイルをおこなうと依存関係で色々なエラーがでます。Vine Linux 3.0 Tips に書いてあるように、apt-get script install-devel.lua をおこなって、すでにシステムにインストールされているパッケージに対応する *-devel 開発用サブパッケージをインストールしておいたほうが、インストール作業が楽
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>>662 ほわー…… 2分間ぐらい、ぼけーっと見てしまった。 わたしもやってみたいけど、首の骨変な風におりそうで怖い。 でも、ほわー…… なんか憧れちゃう。
社団法人日本漫画家協会は、アメリカ連邦裁判所がGoogleブックサーチ集団訴訟に対して出した和解案を受け入れず、協会員のマンガ作品をGoogleが無断で使用することを拒否する、との声明を発表した。 Googleブックサーチ集団訴訟とは、本を無断でスキャンして検索可能にするGoogleブックサーチサービスに対し、米国作家協会らが著作権侵害にあたるとして起こした裁判。 アメリカ連邦裁判所は、ブックサーチで得た利益の63%をGoogleが著作者に支払うことなどを盛り込んだ和解案を提示し、これを米国作家協会が受け入れたことで、2008年に一応の決着をみていた。 問題はこの裁判が、クラスアクションというアメリカの法制度で行なわれたことだ。これは同じ被害を受けた人が多数いるとき、他の被害者の承諾を受けずとも、ひとつの裁判で複数の訴訟を解決できる制度。 極端な例を挙げれば、100人が同じ詐欺被害に遭った
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