分子動力学法（Molecular Dynamics method）の調査

分子動力学法（Molecular Dynamics method）の調査 中尾 昌広，廣安 知之，三木 光範 ISDL Report No. 20070610011 2008年 3月 17日 Abstract 本レポートでは，分子動力学法（MD：Molecular Dynamics method）の概要を述べ，TINKERを用いてタンパク質の立体構造に対するMDシミュレーションを行った．その結果，MDシミュレーションのパラメータの１つである温度が低いほど良好な結果が得られたが，温度が低いほどタンパク質の立体構造は初期状態からほとんど変化しなかった．温度のパラメータに関して，さらに考察が必要である． 1 はじめに タンパク質は生命活動において，非常に重要な役割を担っている．タンパク質の機能は，その立体構造により決定できるため，計算機シミュレーションを用いてタンパク質の立体構造を予

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AMBER，CHARMm，GROMOS，NAMD，MARBLE)などは並列コンピュータで計算が可能になっているため，PCクラスタシステム上で動作させることで高速化を行う

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分子動力学法の概要。欠点など。

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Molecular Dynamicsの概要