Computational Ethology：バイオインフォマティクスと動物行動学の融合 : ライフサイエンス 領域融合レビュー
2015年2月20日 福永津嵩・岩崎 渉 （東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 生物化学講座バイオインフォマティクス研究室） email：福永津嵩，岩崎 渉 領域融合レビュー, 4, e003 (2015) DOI: 10.7875/leading.author.4.e003 Tsukasa Fukunaga & Wataru Iwasaki: Computational ethology: integration of bioinformatics and ethology. 要 約 動物行動学は，動物が示す行動を総合的に理解することをめざす学問分野である．その新たな周辺領域として，いま，動物の行動に関するデータを大規模かつ高解像度に取得し，情報科学的な手法を活用して行動の特徴や群れの社会構造などにせまる“computational ethology”が現われつつある．このレビューで
文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム
代表的なタンパク質配列とその機能のデータベース． タンパク質配列に自動的に機能アノテーションを加えたTrEMBL(2011年9月時点で1,688万件)と，そのデータを文献情報などを利用して吟味し高品質のアノテーションを付けたSwiss-Prot（同53万件)が公開されている． Swiss-Protはアノテータ作業を要するため，最新の研究結果を反映していないことがある． 実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したもの． PrositeとBLOCKSの2種類のアミノ酸配列モチーフデータベースと，タンパク質立体構造データベースPDBを用い，各エントリー中のモチーフ位置を決めている．
文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム
アミノ酸配列のスタンダードなマルチプルアラインメントを作ってくれるサイト．入力データの（総残基数）が５万に制限されている．出力はシンプルなテキスト形式
複数の文献を一望化し横断的読みを実装するコンテンツ・マトリクスという方法
このステップはすべての文献について最後までやり切っておく。 すると、たとえば以下のような表（マトリクス）ができる。 （クリックで拡大） この作業は、能動的に目次・見出しを読む通すことで読解のための背景情報を頭にインプットすると同時に、取り扱う全文献の内容を１枚に集約するための外部記憶（外部表象）を用意するものである。 これで取り扱うすべての文献を一望できる基礎ができたことになる。以降の作業は、この表（マトリクス）に加筆することが中心となる。 もちろん、目次や見出しを拾うだけでは内容がよく分からない文献も少なくないだろう。 たとえば標準的な構成の論文から拾ってきた場合、見出しと配列順はほとんど同じになって、論文の内容について有益な情報は含まれていないかもしれない。 また古い文献では、見出しがなく、ただ「一」「二」…と数字が振られているだけだったりするが、この場合も同様である。 これらの文献に
文献管理から解放されることを夢見る科学研究者 | SPARC Japan NewsLetter No.13
筆者のブログ「５号館のつぶやき」 Mendeley に出会って興奮しながら使っている時の様子が「生々しく」記されている。 2010年の春のことだったと思います。Mendeley というフリーの文献（引用）管理ソフトに出会い、ものすごい衝撃を受け、しばらくはそれにどっぷりと浸かる日々が続いていたのですが、いつの間にか使わなくなってしまいました。その原因は、調子に乗って Mendeley に論文の pdf ファイルを登録し続けて、ある日1ギガバイトを越えてしまったところで、Mendeley からフリーではこれ以上使い続けることはできないというメッセージをもらってしまったからです。もちろん、そこで有料のコースに変更して使い続けることもできたのですが、いくら安価だと言っても使うかどうかの決断をする前に有料のコースを選択するという勇気もなく、結局そのまま放置するということになってしまいました。しかし
研究助成金や補助金をもらえる機関や団体の一覧
日本学術振興会 科学研究費助成事業 科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金／科学研究費補助金）は、人文・社会科学から自然科学まで全ての分野についての学術研究の発展を目的とする「競争的研究資金」です。審査を経て、研究助成が行われます。 民間団体の助成金 iPSアカデミアジャパン株式会社 未来ある若手研究者の創造的な研究を支援することで、iPS細胞関連技術を更に普及・発展させることを目的とする助成金です（iPSアカデミアジャパン研究助成）。 公益財団法人 日本科学協会 一般科学研究、海洋・船舶科学研究、実践研究の助成を行っています。 公益財団法人 武田科学振興財団 科学技術に関する独創的、先端的な研究に助成金を贈呈しています。 公益財団法人 松下幸之助助記念財団 研究者助成、日本人留学生支援、外国人留学生支援を行っています。 公益財団法人 小田急財団 都市の快適化、都市型公共交通機関、観光
光トポグラフィを用いたADHDの客観的診断方法の基礎を確立－自治医大 | QLifePro
ADHDの中心症状を個人レベルで可視化に成功 自治医科大学は7月7日、同大小児科と中央大学らの共同研究グループが、光を用いた無侵襲の脳機能イメージング法である光トポグラフィを利用して、注意欠如・多動症（ADHD）の中心症状（落ち着きがない・待てない）を個人レベルで可視化することに成功したと発表した。 画像はリリースより 従来、ADHDの診断と治療効果の検討は行動観察が中心であり、子どもらしさと症状の判別が困難であった。その結果として気づきの遅れにつながり、学習の遅れや引きこもりなど、さらなる問題を生じる可能性が高まっており、ADHDの症状を判別するための客観的な手法が求められていた。 他施設の大規模調査を行い、実際の診断利用への足がかりへ 同グループが行った実験では、「落ち着きがない、待てない」などのADHDの症状をはかるのに適した行動抑制ゲーム（Go／Nogo課題）約6分間を6～14歳の
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