結局perlで集計してテーブルを作ってから、その後に一気にRに読み込ませて計算させると速いことが分かった。 メモしとくと text <- read.table("/bioinfo/R/macrobox/short.data") for (i in 1:150) { if(i %% 2 != 0){ #奇数行はコメント扱いでプリント print(text[i,]) } if(i %% 2 == 0){ #偶数行はFisherにまわす a <- scan("/bioinfo/R/macrobox/short.data", skip=i-1, nlines=1) dim(a) <- c(2,2) print(a) print(fisher.test(a)) # a=0 # print(a) } } short.dataは 000359 vs 000364 1vs1 1 3 4 6 みたいな「コメ
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