2008-01-29
文献管理ソフトは、pdf ファイルの名前を pmid.pdf にするのが多そうだけど、手作業はめんどい。 => 誰か変換スクリプトを〜。 => ktkr http://www.geocities.jp/researcherinus/perl1 => うまく text 抽出できない場合がある => 自分で書けないもんだろうか？ => Ruby で pdf から text 抽出どうやるのか見つからなかった ところが寝る前に HMDT3版を読んでいたら RubyCocoa*1 で pdf からの text 抽出が載っていた ので、ちょっと Nature とかの pdf から text 抽出して doi を抜き出せるか試してみた。 #!/usr/bin/env ruby # # Created by mako on 2008-01-29. # What? # This_script.rb extr
gcc -sharedがOSXでは使えないのでgcc -bundleで - 気の向くままに
完全に自分用メモです。 gcc libcsv.c -c -o libcsv.o gcc -shared libcsv.o -o libcsv.so i686-apple-darwin8-gcc-4.0.1: unrecognized option '-shared'時たま、この問題にぶつかる。 shared libraryは拡張子が".so"。 OSXはNextStepの流れから（？）、共有ライブラリが.bundle（例外もありそう）となっていて、gcc -sharedがoptionとして存在してない。 libcsvでこの問題に出会ったので、以下のようにすると解決した。 Makefileの libcsv.so: libcsv.o $(CC) -shared $< -o $@を libcsv.so: libcsv.o $(CC) -bundle $< -o $@とするとうまくmakeできる。
ESSで括弧の補完をする - 気の向くままに
Mac の R.app とかだとしてくれるので‥ESS でもしてもらいたいです。 .emacs に以下を書けば良さげ。 (add-hook 'ess-mode-hook (lambda () (define-key ess-mode-map "\"" 'electric-pair) (define-key ess-mode-map "\'" 'electric-pair) (define-key ess-mode-map "(" 'electric-pair) (define-key ess-mode-map "[" 'electric-pair) (define-key ess-mode-map "{" 'electric-pair))) (add-hook 'inferior-ess-mode-hook (lambda () (define-key inferior-ess-mode-
2004-07-04
結局perlで集計してテーブルを作ってから、その後に一気にRに読み込ませて計算させると速いことが分かった。 メモしとくと text <- read.table("/bioinfo/R/macrobox/short.data") for (i in 1:150) { if(i %% 2 != 0){ #奇数行はコメント扱いでプリント print(text[i,]) } if(i %% 2 == 0){ #偶数行はFisherにまわす a <- scan("/bioinfo/R/macrobox/short.data", skip=i-1, nlines=1) dim(a) <- c(2,2) print(a) print(fisher.test(a)) # a=0 # print(a) } } short.dataは 000359 vs 000364 1vs1 1 3 4 6 みたいな「コメ
2004-09-26
用意したdata: Cancer A B 0 1 0 1 1 1 0 1 0 （注：Cacerが0 or 1の値をとる目的変数、AとBが説明変数ってことで） >R <- R起動 >hoge <- read.table("hogehoge",header=T) >ff <- formula(paste("Cancer",paste(names(hoge[3]),sep(collapse?かも)="+"),sep="~")) >ff （Cancer ~ Bと表示されればOK） >glm(ff,data=hoge,family=binomial(link=logit)) pasteとformulaを使うといけた。これ以外にもあるのかも知れないが見つけていない。 formulaのhelpは役に立ちそうだ。 「paste(names(hoge[3]),collapse="+"」のhoge[3]をho
2005-03-02
トラブル内容: 検索ウィンドウでバックスラッシュ（円マーク）が入力出来ない。 解決法: ことえりメニューから言語環境を開いて、入力メニューから[U.S.]を外す。 miを起動させると打てるようになっている。[U.S.]を戻す。 なぜだか起きるこのトラブル。私固有の問題らしく、ググッても見つからない。 Preferencesを捨てても直らないのでかなり困っていたのだが、これで直った。 確かな原因は不明だが、miというよりキーボード側の問題？と思ったのでこうしてみた。 また起きるかもしれないのでメモ。 list.files() すぐ忘れる(^^;
RでSAS風の表集計 - 気の向くままに
CrossTable{gmodels}を使う。行や列で見たときのパーセンテージが出せる。 パッと人に見せる時には良いと思う。 > CrossTable(infert$education, infert$induced, digits=1, expected=F, prop.r=T, prop.c=F, prop.t=F, prop.chisq=F, format="SPSS") Cell Contents |-------------------------| | Count | | Row Percent | |-------------------------| Total Observations in Table: 248 | infert$induced infert$education | 0 | 1 | 2 | Row Total | -----------------|--
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2006-07-27