次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ - Loud Minority
2010/5/25．EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました． 少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります． 主に2つの用途があると思います． ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
データ整備・解析のためのインフラ整備について - Loud Minority
この数ヶ月で，国内の複数の研究所の方々とお話しさせて頂く機会があったのですが，バイオインフォで重要と私が思っていている大量データを扱うためのインフラ整備が後手に回っている印象を受けました．色々な要因があるとは思うのですが，一つの側面についてのまとめと部外者視点の理想像で考えた問題提起です． 今後，当該分野が健全な発展を遂げられますように． 100401 BioinfoinfraView more presentations from sesejun.
情報系の人が生命科学者のモチベーションを知るのに有用かもしれない統合TV 10選 - Loud Minority
Entrez SNP を使い倒す（前編）PubMed/OMIMへの扉をひらく Entrez SNP を使い倒す（後編）下戸遺伝子の多型をさぐる 新たなる有用遺伝子候補を探索する 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009 遺伝子発現データの活用事例 biomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜2009 Biomartを使い倒す-マイクロアレイprobeIDの対応表を作る Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する OMIMを使い倒す 家族性乳がんの関連遺伝子をさぐる RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる おまけ． Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする 自然言語処理技術の活用実例
コーヒーマシン・センセオ(Senseo) - Loud Minority
http://www.senseo.com/jp/SenseoJP 利用できるYahoo!ポイントがあったので，買ってみた．1週間位使ったので雑感 1杯のコーヒーがそれなりの味で楽しめる エスプレッソではなく，あくまでコーヒーと思うべし． コーヒーメーカで1杯でつくるよりはおいしい 1杯で140ml位 使い勝手が良い ボタン一つで抽出できる ボタンを押して30秒で作れる．ただ，そのまえに水を沸騰させるために電源入れて90秒待ちが必要なので，正確には2つのボタン，2分で作成できる，か． ポッド（コーヒー豆を入れた袋）をセットするのも捨てるのも楽 コーヒーメーカー内に水が足りない時は，ボタンが高速点滅して教えてくれる ポッドの種類が少ない 味のバリエーションだけでなく，豆のレベルのバリエーションも欲しいかも どの味のポッドか分からなくなる 袋から出すと，全ての味のポッドが同じ見た目．色を違える
論文での情報収集 - Loud Minority
毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています（昨年と今年）。 自分で公開するのも恥ずかしい、とんでもない駄文ですが、誰かの役に立てばと思い、研究室向けに公開した文章をこちらにも掲載します。今年は、論文の情報収集の話にしてみました。ちなみに、昨年は、インターネットの情報収集の話をしました。1年経って状況も変わったので、アップデートしてあります。http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20080404/p1 - この文章では、個人的には、なんだか当たり前の事を書いています。書いて公開するのを躊躇する位のレベルです。しかし、「この論文読んでみて？」とか「この章読んでみて？」とお願いした時や、輪講の時、その論文や本で参照さ
線形回帰、カーネル線形回帰をRで実装する - Loud Minority
http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20090401/p1 で紹介したカーネル多変量解析本の続き。 演習があるべきだ、と言ったが一般にカーネル法だと、与えられた点の数だけ次元を持つ正方行列を扱うので、演習を作っても手で解くのがつらい。だから、こんな風にソースコードを入れてみるのは、どうかと思ったので、このエントリを書いてみた。 線形回帰からカーネル線形回帰までをRで書いてみる(行列扱うのが楽なので）。式番号は、カーネル多変量解析の本に出てくる式番号である（まだ式番号をつけていないところが多いので、後日つけます付けました。2009/4/3）。 まずは単なるXYプロット。正規分布を鋭角にした感じの点20個。図1.3(P9)の点を真似た。 x1 <- c(-2,-1.69,-1.5,-1.3,-1.1,-0.9,-0.7,-0.48,-0.42,-0.05,0.09,0.
Systems Biology: Networks @ CSH 雑感 - Loud Minority
Cold Spring Harbor Laboratory のミーティングシリーズの一つ、Systems Biology: Networksに行ってきました。基本的にClosedなミーティングなので、ここでは、論文として公開されている情報にポインタが張れるレベルの内容を記載します。（興味がある方は、私が理解した＆覚えている範囲でお伝えしますので、個人的に連絡ください。CSHのミーティングでは、personal communicationでの伝達は認められています） 私自身は主として生命科学に応用を持つアルゴリズムやソフトウエアの開発が主な研究対象なので、Systems Biologyを専門にしているわけではありません。そういう意味で、今回のミーティングは、私の研究にぴったり合っている内容ではありませんでした。それでも、自分が開発した手法がどのように活かせるか、どのような手法を開発するのが良
バイオ系雑誌に載った機械学習/計算機科学の解説記事 - Loud Minority
主に計算機科学の機械学習・データマイニング系の説明で、バイオの雑誌に載った解説記事です。ツールを使いこなす人が、中身を知りたかったり、作る人に変身したい場合や、情報科学(機械学習、データマイニング系）の人が、ゲノム解析などでどうやって利用されているのかを知るのに良いとおもう。追加する記事募集です。 決定木の解説 What are decision trees? Carl Kingsford & Steven L Salzberg Nature Biotechnology 26, 1011 - 1013 (2008) http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/abs/nbt0908-1011.html EMアルゴリズムの解説 What is the expectation maximization algorithm? Chuong B Do & Se
public_timeline で情報収集・・・失敗 - Loud Minority
twitterのpublic_timelineを取得しようかとおもったのですが、 20件しか表示してくれない 1分に1度しか更新してくれない 一晩まわしてたら、アクセス制限されたぽ！ 以下、60秒毎にpublic_timelineを取得するために、作成したプログラムなど。public_htmllineをjsonで取得してsqliteに入れてます。DB内の文字数とか、適当です。DBに保存するだけなのに、RailsのActiveRecordを使っています ^^; createdb.sql CREATE TABLE tweets ( 'id' INTEGER PRIMARY KEY NOT NULL, 'user_id' INTEGER, 'favorited' VARCHAR(255), 'truncated' VARCHAR(255), 'text' TEXT, 'message_id' I
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