売上計上は発生主義に対して、支払調書は現金主義ですから1月ズレるのは仕方ないことですね。得意先が1社だけの場合とか、このズレのため、売上合計が支払調書の収入金額より少なくなることもあります。 国税庁HPの画面ではこの矛盾を受け付けないのでお困りなのだと思います。 回避方法としては、事業所得入力画面の下部、支払調書入力の「収入金額」欄に支払調書の収入金額ではなく、帳簿上の売上金額を入力する以外に方法はなさそうです。(源泉徴収税額はそのまま) 税務署では「オヤ?」と思われるはずですから、「発生主義により記載」とか手書きで注記をすればいいのかなと思います。 経験や、確信がある訳ではありません。締め切りも迫っていますし、他に方法がなければ上記の方法でいかがでしょうか。