Kaggle Masterへの道：後編 ～金メダルまでの軌跡とMLBコンペのソリューション～ - Qiita
はじめに こんにちは。(株) 日立製作所の Lumada Data Science Lab. の諸橋 政幸です。 2021年9月にKaggleコンペ「MLB Player Digital Engagement Forecasting」にて金メダルを獲得し、念願の「Kaggle Master」に昇格しました！ 振り返りも兼ねて、これまでの取り組み内容をまとめました。 【前編】分析コンペをはじめたきっかけ、国内コンペ参戦からKaggle初参戦までをご紹介 【後編】チームメンバ、金メダルチャレンジ、MLBコンペのソリューションをご紹介 本編は「後編」 です。 ちなみに、前編を読んでない方は下記リンクから是非読んでみてください。 ⇒ Kaggle Masterへの道：前編 ～国内コンペ参戦からKaggle初参戦まで～ 頼もしいチームメンバ：齊藤拓磨さん コンペの取り組み説明に入る前に、チームメンバ
Kaggle Masterへの道：前編 ～国内コンペ参戦からKaggle初参戦まで～ - Qiita
コンペに興味を持ったきっかけ 2013年にビッグデータの流行りをきっかけに新部署が設立され、そこに異動することになりました。 大学は理学部の物理学専攻でしたし、就職してからも分析とは関係ない業務をしていたので、全くの素人からのスタートでした。 まずは基礎知識を得るために、統計学、機械学習、データマイニング、ディープラーニングなどの本を読み漁りました。当時はいまほど専門書がなかったこともあり、本屋にあるものを片っ端から買って読んでました。 そんなとき検索していて「分析コンペ」なるものの存在を知りました。 書籍を使った勉強に限界を感じていたこともあり、実力をはかるためにも参加してみました。 ちなみに私の場合、分析コンペは趣味として参加していて業務時間中にはやっていません。 コンペ初参加！ 魅力にハマる はじめはSIGNATE（シグネイト）のコンペに参加しました。SIGNATEは日本最大のデータ
Molby
Molby[English] Molby 対話型分子モデリングソフトウェア （Ruby インタプリタ内蔵） Version 1.0.2 永田 央 http://molby.osdn.jp/index.html 目次 はじめにMolbyとは？インストール著作権とライセンスチュートリアル第一段階：新しい分子を描く第二段階：分子を編集する第三段階：分子を編集する：カット・コピー・ペースト第四段階：縮環構造の作成第五段階：分子を編集する：属性テーブルを使う第六段階：分子力学計算によるエネルギー最小化第七段階：分子動力学計算第八段階：配位化合物のMM/MD計算第九段階：他の量子化学ソフトウェアとの連携第十段階：結晶構造を取り扱う第十一段階：組み込み Ruby インタプリタを使う付録Ruby 拡張リファレンスFilter Kit の使い方
antechamberを使ったMD用小分子化合物の電荷パラメータの作り方 - Qiita
AmberToolsに実装されているモジュールantechamberを使って、分子動力学シミュレーション用にあるリガンド小分子の電荷パラメータを決定してみます。 MDシミュレーションを行うとき、ふつうの20種類のアミノ酸や一部の核酸など、よく登場する分子については力場パラメータおよび電荷が設定されていることが多く、これらを簡単に利用することが可能です。しかし、そうは言っても、蛋白質は様々な小分子と結合して化学反応（いわゆる酵素反応）を行うことのがほとんどです。そのため、自分の標的とする蛋白質が結合する小分子の挙動も含めてシミュレーションしたい場合には、自分でパラメータを作ってやる必要があります。 小分子の設定ファイルを作る場合、基本的に必要なのは力場パラメータと電荷パラメータの2つです。力場パラメータとは、それぞれの原子間に存在する化学結合にかかる力のパラメータです。通常、この力のパラメー
GAMESS を使って RESP 電荷を計算する
本記事はこちら（https://qiita.com/Ag_smith/items/430e9efb32a855d4c511）を参考にGAMESS を利用して分子動力学計算用の RESP 電荷を計算する方法についてのメモです。 想定している環境今どきでそこそこ良いスペックの Mac（Catalina） PyMOL（ファイルを眺めたり変換するだけなのでオープンソース版でも可） Molby のインストールMolby は分子構造を作成するためのソフト。Gaussian でいうところの GaussView 的に使える。GAMESS の入力ファイルをわかりやすく作ってくれる。Molby の公式サイト（http://molby.osdn.jp/doc/ja/index.html）からファイルをダウンロードしてインストールするだけ。 GAMESS のインストールGAMESS (US) の公式サイト（htt
第一原理電子状態計算の「実務者にとっての本筋」を知る一冊──近刊『動かして理解する 第一原理電子状態計算』まえがき公開｜森北出版
2020年9月中旬発行予定、『動かして理解する 第一原理電子状態計算』（前園涼、市場友宏 共著）の「まえがき」を、発行に先駆けて公開します。 ＊＊＊ 『動かして理解する 第一原理電子状態計算』まえがき文：前園涼、市場友宏 電子状態計算は、技術としてよく「枯れて」きており、利便性のよいパッケージが整備され、すでに理論専攻者の手を離れて、産業界での開発・実務現場に広く普及を遂げました。マテリアルゲノムやマテリアルズインフォマティクスといったコンセプトに象徴される、「機械学習/人工知能技術と結びついた網羅的な新材料探索」もブームとなっており、産業界や実験系研究室の現場で導入への需要が急速に伸びています。これら現場の指導者層には、自身は計算科学の非専攻者ではあるけれども、メンバーの若手技術者や研究室新入生にその素養を身につけさせたいと考えている方が多くいます。筆者は共同研究活動のなかでこうした方々
NHK大河ドラマとはまったく違う…源頼朝が弟･義経の死に際して史実としてやったこと ドラマでは首の入った黒櫃を抱きしめて泣いたが…
頼朝が壇ノ浦の戦いで求めていたこと 源義経は、壇ノ浦合戦において平家を滅亡させました。義経は平家討伐の功労者といっても良いでしょう。しかし、彼は最終的には異母兄・源頼朝に疎まれ、死の淵に追い込まれることになります。それはなぜなのでしょうか？ 1185年3月24日（旧暦）、義経軍は長門国赤間関の壇ノ浦において、平家を滅亡させます。平家によって京都から連行された安徳天皇はこの時、入水し、海中に没するのです。同じく京都から持ち去られていた三種の神器の一つである宝剣も水中に沈んでしまいます。 頼朝は西国に派遣していた異母弟の源範頼のりよりに対し、「安徳帝と三種の神器を確保するため、よく考えて戦をしなければいけない」と書状で諭しています（鎌倉時代後期の歴史書『吾妻鏡』）。ところがそのもくろみを、達することはできませんでした。 義経の度重なる失態 義経からの平家滅亡の知らせを鎌倉の頼朝が聞いたのが、4
【知らないと損！】Rを10倍効率化してくれる魔法のTips12選
こんにちは、すきとほる疫学徒です。 R Tipsでは、私自身の備忘録も兼ねて、おすすめのRパッケージを紹介します。 80％くらいは備忘録が目的なので、殴り書きになりますことをお許しください。 1. パイプラインのショートカットRをRたらしめる機能、そうそれはパイプライン。 おそらく、全世界のRユーザーによる入力頻度No1のコードでしょう。 %>% そんなパイプラインですが、ショートカットによって一発で入力できることはご存じでしたか？ Mac: Command + Shift + m Windows: Ctrl + Shift + m です。 2. 一括ソートコードを書いていると、書いたり消したりしてるうちに先頭行の位置がばらばらになり、視認性が悪くなってしまうことがあると思います。 そんな時、みなさんどうしてますか？ 「一つひとつスペースと削除で直してるよ」 「放置してるよ」 いろんな声が
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RESP FAQ
Generating parameters using RESP charges from GAMESS-US - Docswiki
筋トレを習慣化できない人が「まず無視すべきこと」10選（ライフハッカー［日本版］） - Yahoo!ニュース