人工DNAを複製可能な生物ができた！ | Chem-Station (ケムステ)
先日の「つぶやき」で、ポリメラーゼで高精度複製可能な人工DNA塩基対の創製と、天然を凌駕する人工核酸アプタマーの創製に関する研究をご紹介しました。いずれも『DNA塩基の種類を増やすことで、自然界に無い機能拡張を行える』という仮説に端を発した取り組みです。 とはいえ、これらのお話は全て試験管内（in vitro）で行われたもの。次なる目標は、いよいよ生命体内部（in vivo）で人工DNAの複製を行わせることにあります。 このたび米国スクリプス研究所・Romesberg率いる研究チームが、人工塩基対含有DNAを複製可能とする大腸菌の創製に成功し、見事Nature掲載の栄誉を獲得しました[1]。 世界最先端で繰り広げられる競争 以前紹介した平尾グループと今回の主役・Romesbergグループは、いずれも高性能な人工塩基対を独自開発しています。 Romesbergらの開発したd5SICS-dNa
The Nobel Prize in Chemistry 2013
English English (pdf) Swedish Swedish (pdf) 9 October 2013 The Royal Swedish Academy of Sciences has decided to award the Nobel Prize in Chemistry for 2013 to Martin Karplus Université de Strasbourg, France and Harvard University, Cambridge, MA, USA Michael Levitt Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA and Arieh Warshel University of Southern California, Los Angeles, CA, USA “fo
【速報】ノーベル化学賞2013は「分子動力学シミュレーション」に！ | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 【速報】ノーベル化学賞2013は「分子動力学シミュレーション」に！ 2013/10/10 一般的な話題, 化学者のつぶやき 投稿者: webmaster 速報：スウェーデンの王立科学アカデミーは９日、２０１３年のノーベル化学賞のをマーティン・カープラス（仏ストラスブール大学）、マイケル・レビット（米スタンフォード大学）、アリー・ワーシェル（米・南カリフォルニア大学）の３氏に贈ると発表した。 今年のノーベル化学賞は理論分野から！3人の化学者に贈られることが決定しました。受賞理由は ”for the development of multiscale models for complex chemical systems” 「複雑な化学システムのマルチスケールモデル開発」 簡単にいえば、タンパク質や生体分子の振る舞いをコンピュータで計算しシミュレーションする方法を開発した先駆者達
2013年ノーベル化学賞は多階層シミュレーション（QM/MM計算）の３人に - 生物物理計算化学者の雛
さきほど2013年ノーベル化学賞が発表され、 Martin Karplus, Michael Levitt, Arieh Warshel の３人が「for the development of multiscale models for complex chemical systems (複雑な化学系のマルチスケールモデルの開発に対して)」の仕事で受賞しました。 受賞した３人とも分子動力学シミュレーションで世界的に使われているプログラムパッケージ「CHARMM」の開発に携わっています。（私はCHARMMは使ったことが無く、あまり詳しくはないのですが） ちなみにCHARMMと双璧をなすもう一つの有名なプログラムパッケージ「AMBER」の開発者である Peter Kollman は既に亡くなられており、もしご存命でしたら今回受賞されていたかもしれません。 マルチスケール（多階層）モデルのシミュ
朝日新聞デジタル：微生物でレアメタル回収 芝浦工業大・山下教授ら - テック＆サイエンス
回収されたレアメタルのセレン（矢印）と微生物の電子顕微鏡写真＝山下光雄教授提供 【合田禄】微生物を使って工業廃水に含まれるレアメタル（希少金属）の一つ「セレン」を回収する技術を、芝浦工業大の山下光雄教授らが開発した。集めたセレンは資源として利用できるため、事業化が期待される。 セレンは銅鉱石などに少量含まれるレアメタル。太陽光パネルの原料や、ガラスの着色・脱色剤として使われる。水に溶けると毒性があり、摂取しすぎると神経障害などを引き起こす。 山下教授らは、セレンを精錬する工場近くの汚泥の中から、水に溶けたセレン酸や亜セレン酸をセレンに変える微生物を発見。工業廃水の中で培養したところ、７８・８％のセレンを回収することができた。 続きを読む関連記事南ア株 景気減速と裏腹の上昇6/14（アフリカはいま）砂漠化がテロを生む 消える村、流れる若者5/26（ニュースがわからん！）携帯電話やゲーム
化学物質だけでiPS細胞を作る！マウスでなんと遺伝子導入なしに成功 | Chem-Station (ケムステ)
わたしたち人類は、化学の方法論が確立して以来、多種多様、膨大な数の分子を見つけ、また新たに合成してきました。この広大な化合物空間に不可能を可能に変える奇跡の組み合わせがいまだ眠っていると考えられています。 遺伝子導入なしにiPS細胞を作る。今まで多くの人が、それは難しいだろうと考えていました。導入する遺伝子を一部だけ代替したり、あるいは作成効率や作成時間を改善したりすることはできても、全部ひっくるめて取りかえる条件はそう簡単には見つからないし、そもそもあるかどうかも分からない、と。 そして、化学物質だけでiPS細胞の作成を達成。そんな、驚愕の成果[1]が公表されました。山中因子4つのいずれも使用せず、したがってウイルスを使うなど遺伝子導入なしに、マウス体細胞からiPS細胞の作成に成功したようです。7種類の化合物を使った場合は効率0.2パーセントであり、効率はさらに10分の1未満に下がるもの
洗剤を入れたアルミ缶が電車内で爆発 | Chem-Station (ケムステ)
ケムステニュース 洗剤を入れたアルミ缶が電車内で爆発 2012/10/21 ケムステニュース, 化学一般, 安全・規制 コメント: 0 投稿者: ペリプラノン 以前ドライアイスをペットボトルに入れて遊んでいたところ爆発して大けがをしたというニュースを取り上げたことがありますが、今度は洗剤で爆発のニュースです。お隣の国では予想もしないような色々なものが爆発するそうですが、こちらは化学反応が引き起こしたもののようです。 ２０日午前０時１５分頃、東京都文京区本郷の東京メトロ丸ノ内線本郷三丁目駅のホームに停車中の電車内で、都内に住む２０歳代の飲食店アルバイト女性が持っていた業務用アルカリ性洗剤の入ったアルミ缶が突然、破裂した。 警視庁や東京消防庁によると、缶を持っていた女性を含む乗客の２０～４０歳代の男女１６人が手や顔にやけどのような症状を訴え、うち９人が病院に搬送されたが、いずれも軽傷だという。
3Dプリンターで制作された組み立て・分解が可能な立体タンパク質分子モデル
タンパク質の内部と表面構造を見たり触ったりできるようにした立体モデルを3Dプリンターで制作することに北陸先端科学技術大学院大学・マテリアルサイエンス研究科の川上勝准教授が成功。今までは簡素な球棒モデルやクリスタルレーザー彫刻、CGなどで見ていたタンパク質を、実際に手にとって表面の特徴を感じながら理解することが可能になりました。 北陸先端科学技術大学院大学｜ニュース｜[プレスリリース]３Ｄ印刷技術を応用した新たな分子模型の製造方法を開発－複雑なタンパク質の構造、機能の直観的な理解が可能な教材、研究用ツールに応用－ また、この模型を作る技術は特許申請済みで、3D印刷に加えて「消失型鋳型」という技術を使用し表面をお菓子のグミのような透明で弾力のある素材で覆うことで強度を高めつつ、表面構造を再現することができるようになっています。今回は実物を借りることができたので、ペタペタと触りながらその姿を撮影
小学生が開発！ 「化学法則」テーマのカードゲームが人気 - 日経トレンディネット
「Chemistry Quest ケミストリークエスト」1500円。分子の組み合わせをまとめたヒントシートも付属しており、まったく化学が分からない人でも楽しめる（画像クリックで拡大） 化学の法則を利用したユニークな対戦型カードゲーム「Chemistry Quest ケミストリークエスト」が、今人気を博している。酸素、水素、窒素、炭素の4種類の原子を模した計48枚のカードを使用。対戦相手と自分の山札から3枚ずつカードを場に出し、それを使って、水や二酸化炭素などの分子を交互に作っていく……というのが基本的なルール。作った分子に使われたカードの枚数がそのまま点数となるため、できるだけ原子数が多い分子を作るのが勝利のコツだ。 開発元はケミストリー・クエスト（神奈川県相模原市）。社長の米山維斗君は、なんと小学生というから驚きだ。 「学校の友人が自分でカードゲームを作っているのを見て、自分でも何か作ろ
pc-chem.info
[2019/8/23] 遅ればせながら、接続をSSL化しました。httpでアクセスするとhttpsにリダイレクトされるようになっていますが、お手数でなければブックマークの変更をお願いします。 [2016/7/17] いくつかの記事を再アップロードしました。当時の公開日時のままですので(古いものだと2006年に書いたものもありますね…もう10年も前ですか！)、ページ上部のメニューから辿ってみてください。反応解析については、元々書いたのが古すぎるので、現在の環境で再度計算して記事にしていきたいと思います。 私が最初に備忘録的に計算化学のことを書き連ね始めたのが2001年頃。当時はインターネット上に日本語の情報が乏しく、当サイトの情報には多少の意義があったように感じます。しかし時は流れて2015年。もはや多くのページは意義がほとんど失われました。 例えば、今であれば下記のようなサイトをご覧になっ
茨城の女子高生が快挙！ | Chem-Station (ケムステ)
Rebirth of a Dead Belousov-Zhabotinsky Oscillator Onuma, H.; Okubo, A.; Yokokawa, M.; Endo, M.; Kurihashi, A.; Sawahata, H. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 14137-14142. DOI: 10.1021/jp200103s 茨城県立水戸第二高等学校の数理学同好会に所属していた女子高生らの発見がJournal of Physical Chemistry A誌に掲載されるという快挙を成し遂げました。 水戸第二高等学校はスーパーサイエンスハイスクール(SSH)にも指定されており、理系の教育に力をいれておられるようです。本研究内容は日本化学会関東支部主催の第26回(2009)化学クラブ研究発表会などでも報告されていましたので、既にご覧になった方も多
Avogadro
Avogadro is an advanced molecular editor designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible rendering and a powerful plugin architecture. Cross-Platform: Molecular builder/editor for Windows, Linux, and Mac OS X. Free, Open Source: Easy to install and all source code is available under the GNU GPL
独学Linux : 分子の立体構造を描くAvogadro
8月26 分子の立体構造を描くAvogadro カテゴリ:Graphics ずっと前に，OSX用の分子のモデリングソフト《iMol》を記事にしましたが，《Avogadro》という同じようなソフトがあるみたいです。Windows版・Linux版・Mac版がすべて揃っています。Linux版は，Debian/Ubuntu用のdebパッケージ，openSUSE用のrpm，ソースファイルの３種類です。 参照：OSXで分子モデル！ 使い方はiMolよりも難しい感じがしますが，実体に近い半透明の曲面を重ね書きできたりして，専門家でなくても結構遊べます。 ←外観からしてKDE用のアプリのような…(QTを使ってるだけかな？)。自動回転する機能もあり，教育用にはもってこいですね。 【Avogadroのインストール方法(Ubuntu Hardy)】こちら↓が公式のダウンロードサイト Get Avogadro U
2008-08-03
まあ、どのくらいの数の化学オタがそういう彼女をゲットできるかは別にして、 「オタではまったくないんだが、しかし自分のオタ趣味を肯定的に黙認してくれて、 その上で全く知らない化学の世界とはなんなのか、ちょっとだけ好奇心持ってる」 ような、ヲタの都合のいい妄想の中に出てきそうな彼女に、化学のことを紹介するために 見せるべき10物質を選んでみたいのだけれど。 （要は「脱オタクファッションガイド」の正反対版だな。彼女に化学を布教するのではなく 相互のコミュニケーションの入口として） あくまで「入口」なので、時間的に過大な負担を伴うマニアックな物質は避けたい。 できれば教科書に出てる物質、少なくともニュートンムックにとどめたい。 あと、いくら化学的に基礎といっても古びを感じすぎるものは避けたい。 化学好きが『水』は外せないと言っても、それはちょっとさすがになあ、と思う。 そういう感じ。 彼女の設定は
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The Nobel Prize in Chemistry 2013
「原子結合の変化」可視化に成功
日化辞Web：JSTの有機化合物辞書DB「日本化学物質辞書」検索サービス 化学構造検索、名称検索
asahi.com（朝日新聞社）：ヨウ素で「クロスカップリング」実現 立命館大教授ら - サイエンス
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