Macでバイオインフォマティクス
use Bio::DB::Fastaを使って、FASTAファイル中から指定したIDの配列をFASTA形式で出力させます。 サンプルではスクリーン出力にしてあります。 #!/usr/bin/perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::Fasta; #スクリーンに出力 $seq_out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*STDOUT, '-format' => 'fasta'); $file = "sample.fasta"; $id = $ARGV[0]; $db = Bio::DB::Fasta->new($file); $seqobj = $db->get_Seq_by_id($id); $seq_out->write_seq($seqobj); ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FastA
VMD - Visual Molecular Dynamics
VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD supports computers running MacOS X, Unix, or Windows, is distributed free of charge, and includes source code. (more details...) VMD can load and display the results of ab initio simulations done with packages such as CPMD, GAMESS, Gaussian, ES
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