Genomic Analysis with Hail on Amazon EMR and Amazon Athena | Amazon Web Services
AWS Big Data Blog Genomic Analysis with Hail on Amazon EMR and Amazon Athena UPDATE: Hail version 0.2 (stable) represents over a year of great work by the community. It includes new capabilities, numerous fixes and improved performance. We’ve updated the CloudFormation template in this post to allow you to launch an Amazon EMR cluster with Hail v0.2. Genomics analysis has taken off in recent year
「最強生物」クマムシ、衝撃のDNA構成が判明
クマムシは驚くべき能力の持ち主だ。渇水などの過酷な状況でも生き抜くことができる。（PHOTOGRAPH BY ROBERT PICKETT, VISUALS UNLIMITED/CORBIS） 水生の無脊椎動物であるクマムシは地球上で最もたくましい動物と考えられている。緩歩（かんぽ）動物と総称されるこの小さな生物は、凍えるような寒さや長期の渇水、大量の放射線に耐えられるだけではない。知られている限り、真空でも生き延びられる唯一の動物だ。（参考記事：「宇宙生物学とクマムシと私」） この目に見えないほど小さな怪物の体は何でできているのだろう？ クマムシは存在自体が驚きだが、この疑問の答えも衝撃的だ。 さまざまな生物のDNAをミックス 11月23日付の科学誌「米科学アカデミー紀要（PNAS）」に掲載された論文によると、クマムシには全体の17.5％にも相当する大量の外来DNAが含まれているという。
People more likely to marry others with similar genetics, CU-Boulder researchers find
People are more likely to marry others with similar genes, new research led by the University of Colorado’s Boulder campus has found. The researchers compared married pairs to non-coupled pairs and found that spouses are more genetically similar than two randomly selected individuals. Scientists long have known that people tend to marry those who are similar to them in religion, age, race, income,
パームオイルの生産増に期待！アブラヤシの種子殻遺伝子が見つかった！(Nature, 2013)
2013-07-31 バイオ燃料の生産増に期待！パームオイルの量を決定する遺伝子が見つかった！(Nature, 2013) 科学 夏になりましたね！夏といえば海！海といえばヤシ！ヤシといえばアブラヤシ！ アブラヤシいぇーい！！！！ と言うわけでNature誌に「SEEDSTICKのホモログである種皮遺伝子がアブラヤシの油量を調節する」という論文が報告されました。簡単にご紹介いたします。 The oil palm SHELL gene controls oil yield and encodes a homologue of SEEDSTICK (Nature, 2013) ヤシには色々な種類がある単子葉植物であるヤシは熱帯地方を中心に約3333種が存在します。古来より多くの種が様々な方法で利用されており、ヤシは人類にとって欠かすことの出来ない植物の一つです*1。ヤシで一番有名なのはココ
ミトコンドリア病治療を含めた人工授精の倫理的課題: 極東ブログ
ミトコンドリア病治療含めた人工授精について、英国議会での承認を目指すというニュースが27日のBBC（参照）や28日のガーディアン（参照）で話題となっていた。確かにこれは倫理的な課題がありそうだなと私も思い関心を持ったが、いち日本人としては、日本ではこれは話題になりそうにないなとも思っていた。 日本で報道はないかもしれない。ブログに書くべきだろうかとためらっていたが、昨日付で共同の報道があった。邦文で読みやすいので紹介し、簡単にメモ程度であるが言及してみたい。 共同「他人の卵子に核移植、英が体外受精で実用化検討」（参照）より。なおこの報道は英メディアの伝聞なので、全文引用する。 遺伝性のミトコンドリア病の予防などを目的に、受精卵の核を、別の女性から提供され核を取り除いた卵子に移植して胚を作る体外受精の方法について、英政府が実用化のため、来年の議会での承認を目指し検討を進めていることが28日分
性別が7つある生き物とその決定機構 - 蝉コロン
2013-05-08 性別が7つある生き物とその決定機構 ヒトの性は2種類だ。集団に男女半々ずつとすると100人いたら交配相手の候補は50人ということになる。じゃあ7種類の性があったらどうなるのか！これも集団中に各性別が均等にいるとすると相手候補は100人中およそ85.7人になるのだ！！！！！！なんてお得！！！！！！よりどりみどり！！！！！！引く手あまた！！！！！！みどりあまた。 まあそれ言い出したら全員雌雄同体が一番お得かもしれないな……。なんかそれもつまらなそうだけど……。 テトラヒメナTetrahymena thermophilaには7つの性がある。「オス」と「メス」以外になにか名称があったら面白かったのにI,II,III,IV,V,VI,VIIと呼ばれています。味気ない。そのテトラヒメナの性決定の仕組みがちょっと明らかになったそうなので紹介します。 基礎知識 テトラヒメナはこう
アメリカ人男性から未知のタイプのY染色体発見→Y染色体アダムの年代が塗り変わる - Not so open-minded that our brains drop out.
いわゆる"Y染色体アダム"に関する興味深い論文*1が発表された。この研究結果が直接的に示したのは、Y染色体アダムはこれまでの研究の推定よりも、かなり昔の人物だっただろうということだ。それ自体は予てからこの問題に関心をもっていた人でなければ、どうということは無いように聞こえるかもしれない。私が個人的に面白いと感じたのは、むしろこの発見の経緯とこの結果が示唆する人類の起源についての興味深い仮説の方だ。 "Y染色体アダム"とは誰か この話を本格的に始めるとなかなか本題に入れない。ここでは簡単な説明に留めることにしよう。詳細で厳密な説明は、例えばリチャード・ドーキンス著の『祖先の物語』の上巻で確認してほしい。 祖先の物語 ~ドーキンスの生命史~ 上 作者: リチャード・ドーキンス,垂水雄二出版社/メーカー: 小学館発売日: 2006/08/31メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 45回この
ゲノム解読巡る野望 : 渡辺千賀の起業報告ｆｒｏｍシリコンバレー : 起業 : ジョブサーチ : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
23andMeは、個人向けにゲノム解読サービスを提供するベンチャーです。 ウェブサイトで登録して料金を支払うと、小さな箱が郵送されて来ます。そこに入っている容器に唾液を入れて送ると１～２ヵ月後にサイト上で解析結果を見ることができるようになるというもの。染色体が23組あることが社名の由来です。 23andMeの創業者は、グーグル創業者のセルゲイ・ブリンの奥さんのアン・ウォジスキ。お姉さんのスーザン・ウォジスキが、グーグルを創業したばかりのセルゲイ・ブリンとラリー・ペイジに自宅ガレージを貸したことで出会ったとのこと。（ちなみに、その家は2006年にグーグルが記念に購入。）アン・ウォジスキは、スタンフォード大学の物理学教授を父に持ち、本人はイェール大学で生物を専攻、ニューヨークのヘルスケア系のヘッジファンドで働いた後、セルゲイ・ブリンと出会い結婚。結婚式はマジシャンのデビッド・カッパーフィール
ヒトゲノム計画のリーダーだけど何か質問ある？ | AMAの世界
こんにちは。私の名前はエリック・ランダー。ハーバード大学とMITが共同で運営している、ブロード研究所の所長であり創設者だ。私はヒトゲノム計画のリーダーの一人であり、国際ゲノムプロジェクトの中核を指揮していた。（訳注: ヒトゲノム計画は2003年に完了した） また2008年から、オバマ大統領の科学技術諮問委員会（PCAST）の共同委員長を務めている。科学技術に関してホワイトハウスにアドバイスをするところだ。健康問題、高度生産システム、エネルギー政策、情報技術、ナノテクノロジー、そして国家安全保障などについて。 自身の研究のほかに、MITで生物学入門の講義を20年間担当している。もうすぐ、大学とK-12の科学教師との連携に関する教育実験を始める予定だ。 ここ5ヵ月は、MITとハーバードが共同で行なっているEdXの一部であるオンライン講義の改訂を準備してきた。オンラインで無料で受講できる、初の基
R&Dレポート 「6つの遺伝的気質の特徴」
ノルアドレナリン関連遺伝子が関与し、興奮や緊張を求める行動を志向すると考えられる。また、他者報酬によりドーパミンや脳内麻薬オピオイドを得る「他者報酬依存の遺伝子」があると考えられる。 セロトニンとノルアドレナリン関連の両遺伝子が関与し、報酬物質より自信物質セロトニンを得るための行動をとると考えられる。他方で緊張や興奮をもたらす行動を避けることなく、エネルギッシュで冷静な対応をすると考えられる。 快感物質ドーパミンや鎮静物質ＧＡＢＡとの結合が困難な受容体遺伝子を持つため、沈静と報酬を求めて、内的満足を志向する行動をとると考えられる。また、自己満足や、他者への慈愛による自己報酬でドーパミンを得ようとする「自己報酬依存の遺伝子」があると考える。 報酬経路の神経細胞に快感物質ドーパミンとの結合が困難な受容体である「報酬不全の遺伝子」の存在が考えられる。ドーパミンを求めて生真面目に報酬を得るための行
ウェブリブログ：サービスは終了しました。
「ウェブリブログ」は 2023年1月31日 をもちましてサービス提供を終了いたしました。 2004年3月のサービス開始より19年近くもの間、沢山の皆さまにご愛用いただきましたことを心よりお礼申し上げます。今後とも、BIGLOBEをご愛顧賜りますよう、よろしくお願い申し上げます。 ※引っ越し先ブログへのリダイレクトサービスは2024年1月31日で終了いたしました。 ※10秒後にBIGLOBEのおすすめページに遷移します
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Parallelizing Genome Variant Analysis
https://www.stagen.co.jp/00590-3%3Fcc%3Dy%253Fcc%253Dy)
Inheritance of Stress-Induced, ATF-2-Dependent Epigenetic Change
Know your genome: what we can all gain from personal genetics | Anne Wojcicki
Smoking fathers pass on damaged DNA to their children raising the risk of cancer
Evolution's third replicator: Genes, memes, and now what?
ichan::Weblog - Ruby on Rails Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース , 11分で遺伝子発現データベースで用いたデータの作成 , 11..
RecA - Wikipedia
Amazon.co.jp: 生命の持ち時間は決まっているのか: 使い捨ての体老化理論が開く希望の地平: トムカークウッド (著), Kirkwood,Tom (原名), 元彦,小沢 (翻訳): 本
