時系列データベースの論文を書いた - ゆううきブログ
先週、第11回インターネットと運用技術シンポジウム (IOTS2018)にて、投稿した論文の発表をしてきました。 IOTSは査読付の国内の研究会であり、2年前に招待講演をさせていただいた研究会でもあります情報処理学会でウェブオペレーション技術について招待講演した話 - ゆううきブログ。 実は、そのときに、来年論文を投稿するぞと意気込んでいました。 実際にはそこから2年かかりましたが、この度論文を投稿することができました。 予稿 HeteroTSDB: 異種混合キーバリューストアを用いた自動階層化のための時系列データベースアーキテクチャ スライド 実務から研究へ 今回投稿した論文の内容は、Mackerelで開発した時系列データベースに関するものです。 これらはすでにAWS Summit Tokyo 2017、Web System Architecture研究会で発表済みのものになります。 時
MolGAN: An implicit generative model for small molecular graphs
Deep generative models for graph-structured data offer a new angle on the problem of chemical synthesis: by optimizing differentiable models that directly generate molecular graphs, it is possible to side-step expensive search procedures in the discrete and vast space of chemical structures. We introduce MolGAN, an implicit, likelihood-free generative model for small molecular graphs that circumve
Crystal structures of the gastric proton pump - Nature
The gastric proton pump—the H+, K+-ATPase—is a P-type ATPase responsible for acidifying the gastric juice down to pH 1. This corresponds to a million-fold proton gradient across the membrane of the parietal cell, the steepest known cation gradient of any mammalian tissue. The H+, K+-ATPase is an important target for drugs that treat gastric acid-related diseases. Here we present crystal structures
コネクトームをシーケンサーに掛けたい - fantom_zona’s diary
今年読んだ一番好きな論文2017の12月21日の記事です。 初めまして。kira_kira_worldです。合成生物学と基礎医学が好きな学部生です。この企画は以前から見ていて、ずっと見る専だったんですが、今年は景品欲しさに登録してみました。 紹介論文 紹介する論文は、"Using high-throughput barcode sequencing to efficiently map connectomes"です。バーコード技術(後述)を使ってコネクトームを決定する方法を考えましたっていう論文です。 前置き Wikipediaの"コネクトーム"というページを引用しますと、 「コネクトーム（connectome）とは、生物の神経系内の各要素（ニューロン、ニューロン群、領野など）の間の詳細な接続状態を表した地図、つまり神経回路の地図のこと。」 とのことです。今回の論文の中では、コネクトームと
タンパク質の進化と温度の話 [今年読んだ一番好きな論文2017] - バイオ系だけどプログラミング始めました
今年読んだ一番好きな論文2017にエントリーしたので、論文紹介の記事をブログに書いてみようと思います。 adventar.org このブログで論文紹介もしたいなあと思っていたんですけど、就活と研究で色々忙しくって書けてなかったのでこれを機にもうちょっと書きたいです。 ブログではImageJのこととかPythonのこととか書いていますが、僕の専門はタンパク質とかなので、紹介するのもタンパク質のお話になります。 さて、今回紹介したいのは、この論文です。 Evolutionary drivers of thermoadaptation in enzyme catalysis Science 20 Jan 2017: Vol. 355, Issue 6322, pp. 289-294 DOI: 10.1126/science.aah3717 science.sciencemag.org 進化の歴史
![タンパク質の進化と温度の話 [今年読んだ一番好きな論文2017] - バイオ系だけどプログラミング始めました](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/be8cc457e07b6c23e228ad8b8c030fad58a074aa/backend=imagemagick;height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Fcdn.image.st-hatena.com%2Fimage%2Fscale%2Fd2bf11e37cddfa9a7f10305095c567cee300ff36%2Fbackend%3Dimagemagick%3Bversion%3D1%3Bwidth%3D1300%2Fhttps%253A%252F%252Fcdn-ak.f.st-hatena.com%252Fimages%252Ffotolife%252Fs%252Fshatoshi%252F20171212%252F20171212172822.jpg)
学術論文の査読システムが崩壊の危機に瀕している | BioMedサーカス.com - 医学生物学研究の総合ポータルサイト
学術論文の査読システムが崩壊の危機に瀕している 査読（英語ではPeer-Review）とは、同分野の研究者が他者の研究内容を評価することを示します。研究活動をする上で、ほとんどの研究者は自身の研究成果を発表する前段階の論文査読は避けては通れません。論文の査読は、研究成果が世に出る前にその内容が科学的に正しいかどうかを判断する目的で使われており、科学分野にとって必要不可欠なシステムです。 しかしここ数年、特にバイオ系の学術雑誌に投稿された論文の査読プロセスが、非常に好ましくない状況に陥っています。好ましくない状況というのは「投稿された論文が同分野の研究者によりその研究内容を科学的に評価される」という査読システムの根本が崩壊寸前であるということです。 何故そのようなことが起きてしまったのでしょうか。1番の原因は、現在の査読プロセスに種々の問題が含まれていることが挙げられます。そこで本オピニオン
CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data - BMC Bioinformatics
Single-cell RNA sequencing, one of the most significant advances in recent genomics [1], is fast becoming the norm in whole-transcriptome expression profiling, providing unique insights into the exact state of individual cells throughout biological processes, such as cell differentiation or tumorigenesis. In opposition to traditional batch sequencing, single-cell expression measurements are not af
There is No Now - ACM Queue
March 10, 2015 Volume 13, issue 3 PDF There is No Now Problems with simultaneity in distributed systems Justin Sheehy "Now." The time elapsed between when I wrote that word and when you read it was at least a couple of weeks. That kind of delay is one that we take for granted and don't even think about in written media. "Now." If we were in the same room and instead I spoke aloud, you might have a
Papers We Love
We're please to present Rylan Talerico on Zep: A Temporal Knowledge Graph Architecture for Agent Memory - Paper: https://arxiv.org/pdf/2501.13956 ---- Papers We Love NYC would like to thank Datadog for making the NY Chapter events possible. Learn more about a career at Datadog: https://careers.d... Michael Vaughn on EXE: Automatically Generating Inputs of Death [PWL NYC]
4700万件の研究論文を「科学の発展」のためタダで読めるようにしている海賊版サイト「Sci-Hub」
by Daniel Borman 「世界初の論文海賊版サイト」をうたうのが「Sci-Hub」というサイトです。研究論文はその多くがネット上では一部しか読めないように制限されていますが、Sci-Hubでは「その制限が科学の発展を阻害している」という考えのもと、制限なしで論文を読めるようにしているとのこと。 Sci-Hub: removing barriers in the way of science https://sci-hub.ac/ 研究論文は他の研究者に読んでもらうために書かれた特別な刊行物で、新たな研究結果や実験のことが詳細に記された貴重な一次資料でもありますが、ネットで公開されるときには閲覧制限がかかっていることが多々あります。 こうした制限を飛ばして、すべての論文を誰でも自由に読めるようにするというのがSci-Hubの目的。プロジェクトは2011年9月5日にスタートし、毎日数
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The labs growing human embryos for longer than ever before
sci-hub.tw
The role of protein in weight loss and maintenance
Recent loss of closed forests is associated with Ebola virus disease outbreaks - Scientific Reports
Dapper, a Large-Scale Distributed Systems Tracing Infrastructure
Germ line–inherited H3K27me3 restricts enhancer function during maternal-to-zygotic transition | Science
Tissue-based map of the human proteome | Science
Evolutionary-guided de novo structure prediction of self-associated transmembrane helical proteins with near-atomic accuracy - Nature Communications
Technical Publications | Akamai: The Leader in Web Application Acceleration and Performance Management, Streaming Media Services and Content Delivery
Analysis of Long-Running Replicated Systems (pdf)