Overview of Genome Assembly Algorithms
This document provides an overview of Illumina sequencing, including: - Illumina sequencing uses a sequencing by synthesis (SBS) approach with reversible terminator chemistry. All four fluorescently labeled bases are present in each sequencing cycle. - Key steps include library construction, cluster generation, bridge amplification on the flow cell, and single-base sequencing imaging. - Multiplexi
de Bruijn Graph を使った de novo アセンブリの発想がすごい件 - ほくそ笑む
Velvet や ABySS などの代表的な de novo アセンブリツールでは、アルゴリズムに de Bruijn Graph というのを使っているそうです。どうやってアセンブルしているんだろう？と興味を持っていたので、元ネタの An Eulerian path approach to DNA fragment assembly を読んでみたんですが、その発想のすごさに度肝を抜かれました。せっかくなので、ここで簡単に説明してみたいと思います。 ケーニヒスベルクの橋 まずはグラフ理論の説明から。グラフ理論は、18世紀にオイラーという数学者が「ケーニヒスベルクの橋」という問題を解くために考え出したといわれています。 「ケーニヒスベルクの橋」は、次のような問題です。 18世紀の初めごろにプロイセン王国の首都であるケーニヒスベルクという大きな町があった。この町の中央には、プレーゲル川という大き
相同性検索プログラムFASTAとBLASTに関する調査報告
相同性検索プログラムFASTAとBLASTに関する調査報告 永松 秀人, 廣安 知之, 三木 光範 ISDL Report No. 20030608006 2003年 9月 8日 Abstract 本レポートでは, 相同性検索のためのプログラムであるFASTAとBLASTに関するアルゴリズム, ならびに類似性の判断となる指標について述べる. FASTA, BLASTともに高速性実現のため, ハッシュテーブルを用いた検索, 領域を限定したSmith-Watermanアルゴリズムの適用が行われている. また, 類似性の指標には, 同一残基率（アラインメントされた領域に対する一致した領域の割合）, スコア（BLOSUMやPAMなどのスコア行列によって計算されるスコア値）, E-value（スコアの統計的有意性）が用いられる. 特に, スコアとE-valueが重要であり, スコアが高く,
RNA二次構造の予測アルゴリズム
RNAの二次構造，タンパクの二次構造，遺伝子の構造など，原理的には観察することが可能であったとしても，そのためには経済的，時間的コストがかかります．そこで，配列に基づいてこれらの構造を予測する手法が開発されています． 分子生物学におけるRNAの重要性が強く認識されるようになっています．セントラルドグマに直接に関わるrRNA, mRNA, tRNAだけでなく，ncRNA(non-coding RNA; タンパクではないが機能をもつRNA)，RNA editingやRNAiが様々な生命現象に関わっていることが示唆されています． [練習] RNAファミリーのデータベースRfamで興味のあるRNAを探してみましょう． RNAの二次構造は，相補的な塩基のペアであるAU, GC，もしくはGUが水素結合により対合することにより形成されます．それらの構造は，A: hairpin loop, B: inte
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
処理を実行中です
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
Amazon.co.jp: 生命複雑系からの計算パラダイム―アントコロニー最適化法・DNAコンピューティング・免疫システム (相互作用科学シリーズ): 大内東, 山本雅人, 川村秀憲, 柴肇一, 高柳俊明, 當間愛晃, 遠藤聡志: 本
