今日のDBCLSは人が多かった & 可視化の意義とはなんぞや - 糞ネット弁慶
色々人が集まったので多かった感じ。 お昼の焼き魚おいしかった… というわけで、昨日今日と「可視化」について考えたりtwitterを読んだりしている。DBCLSでバイオインフォの分野をのぞき見るようになったが、この分野は比較的可視化のツールが充実しているように思う。SpotFire(no title)やCytoscape(Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization）だったり、Rのパッケージでも様々あったり。 しかし、バイオインフォは難儀なものでバイオな人とインフォな人が同居してたりするのでその中でも見解が少しずつ違ったりしているように見える。可視化に関して言うと、生物系の人にとっては「可視化によって得られたそのグラフから何が言えるのか」となり、インフォの人からすれば「可視化
ScriptingPlugins - Cytoscape Wiki
This document is for experimental implementation of Cytoscape scripting framework. To use scripting engines, you need the following: Cytoscape 2.6.1 or later ScriptEngineManager plugin 0.04 or later You need to restart Cytoscape after you install Scripting Engines from Plugin Manager You can run scripts from Plugins → Execute Scripts... → (engine name). These plugins are still experimental, but if
Cytoscape: Analyzing and Visualizing Network Data
This is a minor bug-fix release that should work with all 2.6.0 plugins. There are no API changes, however we have added a new centralized logging facility. See Help->Error Console to see Cytoscape's startup messages and any warnings or errors that occur during operation. Some Bugs that have been fixed include: Topology filter performance XGMML loading consistency Mac usability issues (Updated
Cytoscape + R + igraph
2011年11月(1) 2011年01月(1) 2010年06月(1) 2010年04月(1) 2010年03月(3) 2009年12月(2) 2009年10月(1) 2009年08月(3) 2009年04月(3) 2009年03月(5) 2008年10月(2) 2008年09月(2) 2008年08月(1) 2008年07月(8) 2008年05月(1) 2008年04月(12) 2008年03月(5) 2008年02月(5) 2007年11月(5) 2007年10月(4) Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタ
平成１４年度未踏ソフトウェア創造事業（未踏ユース） 採択案件評価 2-16(西尾)
６．テーマ概要 このプロジェクトは，4次元的な情報を可視化することが出来るJavaアプレットを開発することが目的である． そのために，まず3次元のグラフを，直感的な操作で回転し任意の方向から見ることが出来る汎用的なアプレットを作成する．このアプレットによって，今までインターネット上では2次元的な画像に変換して掲載せざるを得なかった3次元的なデータを，3次元のまま掲載できるようになる．このような機能の需要は高い． そして，そのアプレットを4次元情報の可視化ができるように拡張する．4次元に拡張することで3次元上に分布するスカラー場，2次元平面上のベクトル場，複素関数などを描画することが可能になる．また，ゲノムの情報を4次元の曲線で表現する独自の可視化手法によって塩基含有率の偏りなどの情報をわかりやすく可視化することができるようになる． 余裕があれば高次元ではローカルミニマムに陥りにくい
Welcome to E-Cell Project — Index
Welcome to E-Cell Project E-Cell Project is an international research project aiming to model and reconstruct biological phenomena in silico, and developing necessary theoretical supports, technologies and software platforms to allow precise whole cell simulation. What's E-Cell Project? E-Cell Project develops general technologies and theoretical supports for computational biology with the grand
E-Cell Simulation Environment 3D
Cell simulation realizes theoretical experiments in silico to enhance our understanding of dynamic cellular activities through integrative systems biology approaches. E-Cell 3D introduces a whole new dimension for the understanding of dynamic behaviors of complex cellular systems, with dazzling visualization using cutting-edge 3D graphics. This visualization approach allows the user to capture the
VMD - Visual Molecular Dynamics
VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD supports computers running MacOS X, Unix, or Windows, is distributed free of charge, and includes source code. (more details...) VMD can load and display the results of ab initio simulations done with packages such as CPMD, GAMESS, Gaussian, ES
Open-bio.jp
オープンバイオ研究会 オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group 通称 Open Bio Japan 略称 (O|B|J) See wiki for details. 目的 海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック／コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りな
GeneIcon -HOME-
GeneIcon®について GeneIcon®は「データを文章中に表現する」という新コンセプトの元に開発されたアカデミックフリーツールです。 学術論文やWebページ中の遺伝子名、要素IDに関連するデータをドキュメント中に"直接"展開するため、文章作成者さえ気がつかない、文章に内在した文脈とデータの関係を探ることができます。 (ex.1) 「論文中」の「遺伝子名」に対応する「組織特異的遺伝子発現パターン」を埋め込んだ例 (ex.2) 「Ｗｅｂページ中」の「生物種名」に対応する「生物画像」を埋め込んだ例 GeneIcon®の特徴 ・ アカデミックフリーのツールとして提供 （より多くの方に利用して頂くため、学術目的のご利用に関しては無償です） ・ FirefoxプラグインとしてWindows, Mac, Linuxに対応 ・ 対応辞書・・・生物種別遺伝子名、疾患関連遺伝子名、生物
Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization
NRNB and Cytoscape Introduction to the National Resource for Network Biology How to Cite Cytoscape Cytoscape project needs your support! Please cite the original Cytoscape paper when you use Cytoscape. This is critical to sustaining our federal funding. Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T. Cytoscape: a software environment for integrated mod
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Cytoscape: Now and Future
Visualization of protein sequence features using JavaScript and SVG with pViz.js | Bioinformatics
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