幾霜::残日録::2008/06/05 (木)これも考えてみたらさほど難しいことはなかった。まず指定された外群のOTUを全て含むクレードの中で最も浅いクレードを探す。そのクレード直下の枝とクレード直上の枝が新しい有根系統樹の根点直下の枝となる。クレード直下の枝とそこに繋がっているクレードを出力する有根系統樹に加えたら、逆にクレード直上の枝を遡っていきつつ続けて加えていく。入力系統樹の根点まで到達したら、たどってきたクレード以外を加えて完成。おしまい。 まぁ実際に実装するのはけっこう面倒なんだが、Treefinderの系統樹読み込みと処理って結構遅いので自前で実装した方が良いかもしれない。
