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Rによる主成分分析
主成分分析とは多次元のデータを低次元データに縮約する方法のことである。Rで主成分分析を行うパッケー... 主成分分析とは多次元のデータを低次元データに縮約する方法のことである。Rで主成分分析を行うパッケージには"princomp"と"prcomp"の2種類が存在するが、"prcomp"の方が圧倒的に使い易い。実際の中身の計算に大きな違いはないが、"prcomp"ならサンプル数と変数の数を意識することなく使える。以下のエクセルファイルに示されるような20種類のアミノ酸に対し10項目、すなわち10次元のデータを2次元に縮約する。ここで、エクセルの項目名は列も行にもスペースは入ってはいけない。例えばアンダーバー等を用いて、"Melting point"ではなく"Melting_point"のようにする。もし、スペースが入ると今後の作業 (read.table)でエラーが出る。 まず、以下の選択範囲で示すように表全体をコピーする。 次に、Rコンソール上で以下のように打ち込むことでオブジェクト"data